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- EMDB-43190: HIV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43190
タイトルHIV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: IV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
    • タンパク質・ペプチド: B16_d77.5 mouse Fab heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: B16_d77.5 mouse Fab light chain Fv
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードmouse antibody / germline targeting / HIV-1 / vaccine design / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ozorowski G / Torres JL / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782/INV-002916 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UMI A1144462 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: mRNA-LNP HIV-1 trimer boosters elicit precursors to broad neutralizing antibodies.
著者: Zhenfei Xie / Ying-Cing Lin / Jon M Steichen / Gabriel Ozorowski / Sven Kratochvil / Rashmi Ray / Jonathan L Torres / Alessia Liguori / Oleksandr Kalyuzhniy / Xuesong Wang / John E Warner / ...著者: Zhenfei Xie / Ying-Cing Lin / Jon M Steichen / Gabriel Ozorowski / Sven Kratochvil / Rashmi Ray / Jonathan L Torres / Alessia Liguori / Oleksandr Kalyuzhniy / Xuesong Wang / John E Warner / Stephanie R Weldon / Gordon A Dale / Kathrin H Kirsch / Usha Nair / Sabyasachi Baboo / Erik Georgeson / Yumiko Adachi / Michael Kubitz / Abigail M Jackson / Sara T Richey / Reid M Volk / Jeong Hyun Lee / Jolene K Diedrich / Thavaleak Prum / Samantha Falcone / Sunny Himansu / Andrea Carfi / John R Yates / James C Paulson / Devin Sok / Andrew B Ward / William R Schief / Facundo D Batista /
要旨: Germline-targeting (GT) HIV vaccine strategies are predicated on deriving broadly neutralizing antibodies (bnAbs) through multiple boost immunogens. However, as the recruitment of memory B cells ...Germline-targeting (GT) HIV vaccine strategies are predicated on deriving broadly neutralizing antibodies (bnAbs) through multiple boost immunogens. However, as the recruitment of memory B cells (MBCs) to germinal centers (GCs) is inefficient and may be derailed by serum antibody-induced epitope masking, driving further B cell receptor (BCR) modification in GC-experienced B cells after boosting poses a challenge. Using humanized immunoglobulin knockin mice, we found that GT protein trimer immunogen N332-GT5 could prime inferred-germline precursors to the V3-glycan-targeted bnAb BG18 and that B cells primed by N332-GT5 were effectively boosted by either of two novel protein immunogens designed to have minimum cross-reactivity with the off-target V1-binding responses. The delivery of the prime and boost immunogens as messenger RNA lipid nanoparticles (mRNA-LNPs) generated long-lasting GCs, somatic hypermutation, and affinity maturation and may be an effective tool in HIV vaccine development.
履歴
登録2023年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43190.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.044 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.5334893 - 0.9979694
平均 (標準偏差)0.00006571457 (±0.027427295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 417.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43190_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_43190_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_43190_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d...

全体名称: IV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab
要素
  • 複合体: IV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
    • タンパク質・ペプチド: B16_d77.5 mouse Fab heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: B16_d77.5 mouse Fab light chain Fv
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: IV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d...

超分子名称: IV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: RM20A3 Fab heavy chain

分子名称: RM20A3 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.511111 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDG DTAVYYCATG GMSSALQSSK YYFDFWGQGA LVTVSS

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分子 #2: RM20A3 Fab light chain

分子名称: RM20A3 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.5088 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ALTQPPSVSG SPGQSVTISC TGTSSDIGSY NYVSWYQQHP GKAPKLMIYD VTQRPSGVSD RFSGSKSGNT ASLTISGLQA DDEADYYCS AYAGRQTFYI FGGGTRLTVL GQPKASPTVT LFPPSSEEL

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分子 #3: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.221656 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYTEKLR SMMKGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYTEKLR SMMKGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV IIRSENI TNNAKNILVQ LNTPVQINCT RPNNNTVKSI RIGPGQAFYY TGDIIGHIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFAQSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #4: Transmembrane protein gp41

分子名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.134324 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #5: B16_d77.5 mouse Fab heavy chain Fv

分子名称: B16_d77.5 mouse Fab heavy chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.972703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSIS SGHWWSWVRQ SPGKGLEWIG TIYHSGSANY NPSLKSRVTI SVDKSKNQFS LKLTSVTAA DTAVYFCARN AILIFGVIAF GEYYFCGMDV WGQGTTVTVS S

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分子 #6: B16_d77.5 mouse Fab light chain Fv

分子名称: B16_d77.5 mouse Fab light chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.012308 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT IFCRASDTVD ISGDSFMHWY QQKPGQPPNL LIYRASNLQS GIPARFSGSG SRADFTLTID PVEADDVAT YYCQQSSEDP LTFGAGTKLE LK

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 36 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: local refinement / 使用した粒子像数: 39822
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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