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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43137 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Frameshift Stimulatory Element with Upstream Multibranch Loop | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA / Coronavirus / SARS-CoV-2 / Programmed -1 Ribosomal Frameshifting / -1 PRF / Frameshift Stimulatory Element / FSE / Attenuator Hairpin | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Peterson JM / Becker ST / O'Leary CA / Juneja P / Yang Y / Moss WN | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024 タイトル: Structure of the SARS-CoV-2 Frameshift Stimulatory Element with an Upstream Multibranch Loop. 著者: Jake M Peterson / Scott T Becker / Collin A O'Leary / Puneet Juneja / Yang Yang / Walter N Moss / 要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) frameshift stimulatory element (FSE) is necessary for programmed -1 ribosomal frameshifting (-1 PRF) and optimized viral efficacy. The ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) frameshift stimulatory element (FSE) is necessary for programmed -1 ribosomal frameshifting (-1 PRF) and optimized viral efficacy. The FSE has an abundance of context-dependent alternate conformations, but two of the structures most crucial to -1 PRF are an attenuator hairpin and a three-stem H-type pseudoknot structure. A crystal structure of the pseudoknot alone features three RNA stems in a helically stacked linear structure, whereas a 6.9 Å cryo-EM structure including the upstream heptameric slippery site resulted in a bend between two stems. Our previous research alluded to an extended upstream multibranch loop that includes both the attenuator hairpin and the slippery site-a conformation not previously modeled. We aim to provide further context to the SARS-CoV-2 FSE via computational and medium resolution cryo-EM approaches, by presenting a 6.1 Å cryo-EM structure featuring a linear pseudoknot structure and a dynamic upstream multibranch loop. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43137.map.gz | 15.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43137-v30.xml emd-43137.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43137_fsc.xml | 6.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43137.png | 132.1 KB | ||
マスクデータ | emd_43137_msk_1.map | 30.5 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-43137.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_43137_additional_1.map.gz emd_43137_half_map_1.map.gz emd_43137_half_map_2.map.gz | 28.6 MB 28.3 MB 28.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43137 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43137 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43137_validation.pdf.gz | 892.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43137_full_validation.pdf.gz | 891.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43137_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43137_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43137 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43137 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.133 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_43137_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_43137_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43137_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43137_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus
全体 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: PCR amplified and transcribed using T7 polymerase. / NCBI-ID: 2901879 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus / Sci species strain: Wuhan-Hu-1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Wuhan-Hu-1 |
-分子 #1: Frameshift Stimulatory Element with Upstream Multi-branch Loop
分子 | 名称: Frameshift Stimulatory Element with Upstream Multi-branch Loop タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 37.90141 KDa |
配列 | 文字列: GGGAACCCAU GCUUCAGUCA GCUGAUGCAC AAUCGUUUUU AAACGGGUUU CCGGUGUAAG UGCAGCCCGU CUUACACCGU GCGGCACAG GCACUAGUAC UGAUGUCGUA UACAGGGCU GENBANK: GENBANK: NC_045512.2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 36000 |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8vci: |