+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43083 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | S. aureus TarL H300N in complex with CDP-ribitol (single tetramer) | |||||||||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | glycosyltransferase / polymerase / monotopic / amphipathic / TRANSFERASE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CDP-ribitol ribitolphosphotransferase / CDP-ribitol ribitolphosphotransferase activity / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Li FKK / Worrall LJ / Strynadka NCJ | |||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM analysis of TarL, a polymerase in wall teichoic acid biogenesis central to virulence and antibiotic resistance. 著者: Franco K K Li / Liam J Worrall / Robert T Gale / Eric D Brown / Natalie C J Strynadka / 要旨: Wall teichoic acid (WTA), a covalent adduct of Gram-positive bacterial cell wall peptidoglycan, contributes directly to virulence and antibiotic resistance in pathogenic species. Polymerization of ...Wall teichoic acid (WTA), a covalent adduct of Gram-positive bacterial cell wall peptidoglycan, contributes directly to virulence and antibiotic resistance in pathogenic species. Polymerization of the WTA ribitol-phosphate chain is catalyzed by TarL, a member of the largely uncharacterized TagF-like family of membrane-associated enzymes. We report the cryo-electron microscopy structure of TarL, showing a tetramer that forms an extensive membrane-binding platform of monotopic helices. TarL is composed of an amino-terminal immunoglobulin-like domain and a carboxyl-terminal glycosyltransferase-B domain for ribitol-phosphate polymerization. The active site of the latter is complexed to donor substrate cytidine diphosphate-ribitol, providing mechanistic insights into the catalyzed phosphotransfer reaction. Furthermore, the active site is surrounded by electropositive residues that serve to retain the lipid-linked acceptor for polymerization. Our data advance general insight into the architecture and membrane association of the still poorly characterized monotopic membrane protein class and present molecular details of ribitol-phosphate polymerization that may aid in the design of new antimicrobials. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43083.map.gz | 57.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-43083-v30.xml emd-43083.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43083.png | 227.4 KB | ||
マスクデータ | emd_43083_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-43083.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_43083_half_map_1.map.gz emd_43083_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43083 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43083_validation.pdf.gz | 843.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_43083_full_validation.pdf.gz | 843.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43083_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43083_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43083 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32375 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_43083_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_43083_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_43083_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : S. aureus TarL H300N with CDP-ribitol and CHAPS
全体 | 名称: S. aureus TarL H300N with CDP-ribitol and CHAPS |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: S. aureus TarL H300N with CDP-ribitol and CHAPS
超分子 | 名称: S. aureus TarL H300N with CDP-ribitol and CHAPS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
-分子 #1: Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
分子 | 名称: Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: CDP-ribitol ribitolphosphotransferase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 68.510703 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVKSKIYIDK IYWERVQLFV EGHSENLDLE DSNFVLRNLT ETRTMKANDV KIDGNQFVCR FNVAILDNGY YLPEDKYLLV NEQELDYIA QLNPDVINDA YQNLKPEQEE EYNELETQNG KINFLLQTYL KEFRKGGISK KTVYTVTPEI SSDVNEFVLD V VVTTPEVK ...文字列: MVKSKIYIDK IYWERVQLFV EGHSENLDLE DSNFVLRNLT ETRTMKANDV KIDGNQFVCR FNVAILDNGY YLPEDKYLLV NEQELDYIA QLNPDVINDA YQNLKPEQEE EYNELETQNG KINFLLQTYL KEFRKGGISK KTVYTVTPEI SSDVNEFVLD V VVTTPEVK SIYIVRKYKE LRKYFRKQSF NTRQFIFKAI FNTTKFFHLK KGNTVLFTSD SRPTMSGNFE YIYNEMLRQN LD KKYDIHT VFKANITDRR GIIDKFRLPY LLGKADYIFV DDFHPLIYTV RFRRSQEVIQ VWNAVGAFKT VGFSRTGKKG GPF IDSLNH RSYTKAYVSS ETDIPFYAEA FGIKEKNVVP TGVPRTDVLF DEAYATQIKQ EMEDELPIIK GKKVILFAPT FRGS GHGTA HYPFFKIDFE RLARYCEKNN AVVLFKMHPF VKNRLNIADK HKQYFVDVSD FREVNDILFI TDLLISDYSS LIYEY AVFK KPMIFYAFDL EDYITTRDFY EPYESFVPGK IVQSFDALMD ALDNEDYEGE KVIPFLDKHF KYQDGRSSER LVRNLF GSK LVPRGSAAAA LEHHHHHHHH UniProtKB: Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL |
-分子 #2: CDP-ribitol
分子 | 名称: CDP-ribitol / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: V2V |
---|---|
分子量 | 理論値: 537.307 Da |
Chemical component information | ChemComp-V2V: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 9.3 mg/mL | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 19380 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 190753 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |