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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42981 | |||||||||
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タイトル | Prefusion-stabilized Respirovirus type 3 Fusion protein | |||||||||
マップデータ | Final refinement volume. DeepEMhancer sharpened. Used to build coordinates. | |||||||||
試料 |
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キーワード | fusion protein / viral glycoprotein / membrane fusion / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Human respirovirus 3 (ウイルス) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Johnson NV / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Universal paramyxovirus vaccine design by stabilizing regions involved in structural transformation of the fusion protein. 著者: Johannes P M Langedijk / Freek Cox / Nicole V Johnson / Daan van Overveld / Lam Le / Ward van den Hoogen / Richard Voorzaat / Roland Zahn / Leslie van der Fits / Jarek Juraszek / Jason S ...著者: Johannes P M Langedijk / Freek Cox / Nicole V Johnson / Daan van Overveld / Lam Le / Ward van den Hoogen / Richard Voorzaat / Roland Zahn / Leslie van der Fits / Jarek Juraszek / Jason S McLellan / Mark J G Bakkers / 要旨: The Paramyxoviridae family encompasses medically significant RNA viruses, including human respiroviruses 1 and 3 (RV1, RV3), and zoonotic pathogens like Nipah virus (NiV). RV3, previously known as ...The Paramyxoviridae family encompasses medically significant RNA viruses, including human respiroviruses 1 and 3 (RV1, RV3), and zoonotic pathogens like Nipah virus (NiV). RV3, previously known as parainfluenza type 3, for which no vaccines or antivirals have been approved, causes respiratory tract infections in vulnerable populations. The RV3 fusion (F) protein is inherently metastable and will likely require prefusion (preF) stabilization for vaccine effectiveness. Here we used structure-based design to stabilize regions involved in structural transformation to generate a preF protein vaccine antigen with high expression and stability, and which, by stabilizing the coiled-coil stem region, does not require a heterologous trimerization domain. The preF candidate induces strong neutralizing antibody responses in both female naïve and pre-exposed mice and provides protection in a cotton rat challenge model (female). Despite the evolutionary distance of paramyxovirus F proteins, their structural transformation and local regions of instability are conserved, which allows successful transfer of stabilizing substitutions to the distant preF proteins of RV1 and NiV. This work presents a successful vaccine antigen design for RV3 and provides a toolbox for future paramyxovirus vaccine design and pandemic preparedness. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42981.map.gz | 184.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42981-v30.xml emd-42981.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_42981.png | 91.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42981.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_42981_additional_1.map.gz emd_42981_half_map_1.map.gz emd_42981_half_map_2.map.gz | 203.9 MB 200.3 MB 200.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42981 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42981 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42981_validation.pdf.gz | 762.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42981_full_validation.pdf.gz | 762 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42981_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42981_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42981 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42981 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8v5aMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final refinement volume. DeepEMhancer sharpened. Used to build coordinates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Final refinement volume. Sharpened map, not DeepEMhancer sharpened.
ファイル | emd_42981_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Final refinement volume. Sharpened map, not DeepEMhancer sharpened. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_42981_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_42981_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of...
全体 | 名称: Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of nanobody 4C06 |
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要素 |
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-超分子 #1: Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of...
超分子 | 名称: Trimeric Human Respirovirus 3 Fusion Protein bound to 3 copies of nanobody 4C06 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 232.5 KDa |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.147891 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPISILLIIT TMIMASHCQI DITKLQHVGV LVNSPKGMKI PQNFETRYLI LSLIPKIEDS NSCGDQQIKQ YKRLLDRLII PLYDGLRLM KDVIVTNQES NENTDPRTER FFGGVIGTIA LGVATSAQIT AAVALVEAKQ ARSDIEKLKE AIRDTNKAVQ S VQSSVGPP ...文字列: MPISILLIIT TMIMASHCQI DITKLQHVGV LVNSPKGMKI PQNFETRYLI LSLIPKIEDS NSCGDQQIKQ YKRLLDRLII PLYDGLRLM KDVIVTNQES NENTDPRTER FFGGVIGTIA LGVATSAQIT AAVALVEAKQ ARSDIEKLKE AIRDTNKAVQ S VQSSVGPP IVAIKSVQDY VNKEIVPSIA RLGCEAAGLQ LGIALTQHYS ELTNIFGDNI GSLIEKGIKL QGIASLYRTN IT EIFTTST VDKYDIYDLL FTESIKVRVI DVDLNDYSIT LQVRLPLLTR LLNTQIYKVD SISYNIQNRE WYIPLPSHIM TKG AFLGGA DVKECIEAPS SYICPSDPGF VLNHEMESCL SGNISQCPRT TVTSDIVPRY AFVNGGVVAN CITTTCTCNG IGNR INQPP DQGVKIITHK ECNTIGINGM LFNTNKEGTL AFYTPDDITL NNSVALNPID ISIELNKAKS DLEEVKEWIR RVNQK LDSI GSGEPEA UniProtKB: Fusion glycoprotein F0 |
-分子 #2: Camelid nanobody 4C06
分子 | 名称: Camelid nanobody 4C06 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 12.487816 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCSASGSLST IKALGWYRRA PGRERELVAS ITSAGETNYA DSAKGRFTVS TDNAKNTVDL RMNSLKPED TAVYYCYAES FVLNIYWGQG TQVTVSSG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 193265 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |