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万見
- EMDB-42956: CryoEM Structure of Diffocin - precontracted - Baseplate - focuse... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42956
タイトルCryoEM Structure of Diffocin - precontracted - Baseplate - focused refinement on triplex region
マップデータ
試料
  • 複合体: Diffocin
    • タンパク質・ペプチド: TRI-2 (CD1371)
    • タンパク質・ペプチド: TRI-1 (CD1372)
    • タンパク質・ペプチド: Spike (CD1369)
    • タンパク質・ペプチド: Tape measure protein (CD1366)
    • タンパク質・ペプチド: Tube tail (CD1367)
    • タンパク質・ペプチド: Sheath initiator (CD1370)
    • タンパク質・ペプチド: Sheath (CD1363)
    • タンパク質・ペプチド: Tube (CD1364)
    • タンパク質・ペプチド: Hub-Hydrolase (CD1368)
キーワードPhage tail-like / bacteriocin / baseplate / pre-contraction / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function, DUF2577 / Protein of unknown function (DUF2577) / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / Protein of unknown function DUF2634 / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / Protein of unknown function (DUF2634) / : / Phage tail tube protein / XkdM-like superfamily / Phage tail tube protein ...Protein of unknown function, DUF2577 / Protein of unknown function (DUF2577) / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / Protein of unknown function DUF2634 / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / Protein of unknown function (DUF2634) / : / Phage tail tube protein / XkdM-like superfamily / Phage tail tube protein / : / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF2577 family protein / Phage portal protein / XkdP-like protein / DUF2634 domain-containing protein / Base plate protein / Base plate protein / C40 family peptidase / Phage tail sheath protein / Phage-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cai XY / He Y / Zhou ZH
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI085318 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Atomic structures of a bacteriocin targeting Gram-positive bacteria.
著者: Xiaoying Cai / Yao He / Iris Yu / Anthony Imani / Dean Scholl / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
要旨: Due to envelope differences between Gram-positive and Gram-negative bacteria, engineering precision bactericidal contractile nanomachines requires atomic-level understanding of their structures; ...Due to envelope differences between Gram-positive and Gram-negative bacteria, engineering precision bactericidal contractile nanomachines requires atomic-level understanding of their structures; however, only those killing Gram-negative bacteria are currently known. Here, we report the atomic structures of an engineered diffocin, a contractile syringe-like molecular machine that kills the Gram-positive bacterium Clostridioides difficile. Captured in one pre-contraction and two post-contraction states, each structure fashions six proteins in the bacteria-targeting baseplate, two proteins in the energy-storing trunk, and a collar linking the sheath with the membrane-penetrating tube. Compared to contractile machines targeting Gram-negative bacteria, major differences reside in the baseplate and contraction magnitude, consistent with target envelope differences. The multifunctional hub-hydrolase protein connects the tube and baseplate and is positioned to degrade peptidoglycan during penetration. The full-length tape measure protein forms a coiled-coil helix bundle homotrimer spanning the entire diffocin. Our study offers mechanical insights and principles for designing potent protein-based precision antibiotics.
履歴
登録2023年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月28日-
マップ公開2024年8月28日-
更新2024年8月28日-
現状2024年8月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42956.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.10730729 - 0.19504143
平均 (標準偏差)0.0010434823 (±0.01174838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_42956_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42956_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42956_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Diffocin

全体名称: Diffocin
要素
  • 複合体: Diffocin
    • タンパク質・ペプチド: TRI-2 (CD1371)
    • タンパク質・ペプチド: TRI-1 (CD1372)
    • タンパク質・ペプチド: Spike (CD1369)
    • タンパク質・ペプチド: Tape measure protein (CD1366)
    • タンパク質・ペプチド: Tube tail (CD1367)
    • タンパク質・ペプチド: Sheath initiator (CD1370)
    • タンパク質・ペプチド: Sheath (CD1363)
    • タンパク質・ペプチド: Tube (CD1364)
    • タンパク質・ペプチド: Hub-Hydrolase (CD1368)

+
超分子 #1: Diffocin

超分子名称: Diffocin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)

+
分子 #1: TRI-2 (CD1371)

分子名称: TRI-2 (CD1371) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 39.603281 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列: MYSDQTYEVI KNRTLENINL DIYKGEGSFL NNMVSGNNLE LSKIYLELSK MHKMAFIQDT YNQFLDKRVN EFGVYRKLGT ESNGEVEFI GEKGTVINNG TIISYRDLLF VVIKDVTIGS EEGDNSPVQA LEVGKKYNLP TNCEFKLVDN ISGVTKITNT R SFEGGTDI ...文字列:
MYSDQTYEVI KNRTLENINL DIYKGEGSFL NNMVSGNNLE LSKIYLELSK MHKMAFIQDT YNQFLDKRVN EFGVYRKLGT ESNGEVEFI GEKGTVINNG TIISYRDLLF VVIKDVTIGS EEGDNSPVQA LEVGKKYNLP TNCEFKLVDN ISGVTKITNT R SFEGGTDI ETDEELKERF YKIQRNQATS GNKAHYEEWA LEVDGVYNVK VYPRWDGPGT VKVLIFGKNN QAVDTETIER CQ QHIDEEK PIGPTITVVT PLPIEISISA VMKLEDGYTL DNVKESFLES INTYFRDIRG EIIYTKVMGI LINTTGVHDL SNL LINGST DNITINEDKI PSVTTVNFSE VENQ

UniProtKB: Base plate protein

+
分子 #2: TRI-1 (CD1372)

分子名称: TRI-1 (CD1372) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 26.473488 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列: MKLIDKLPSF DRNYIVEEIQ GAYDTELNIL KEDIDDTFNQ LFVDTATWGL DMWEDILCIE KKELDFDTRR SNIKAKMRSR GTSTIEVIK SICEAYTKSE TDIKVYSDEF TFVLSFIANN CDYKTLLDCS DMIERVKPAH LLHYLEPIIL DKSMVYCGGG M VCSEEVKV ...文字列:
MKLIDKLPSF DRNYIVEEIQ GAYDTELNIL KEDIDDTFNQ LFVDTATWGL DMWEDILCIE KKELDFDTRR SNIKAKMRSR GTSTIEVIK SICEAYTKSE TDIKVYSDEF TFVLSFIANN CDYKTLLDCS DMIERVKPAH LLHYLEPIIL DKSMVYCGGG M VCSEEVKV HPYFEPIIKC SAVVNCGAGM ISREEIKVYP LSIKCIENNC KINIAIANDT GVENVVVYPK SEVV

UniProtKB: Base plate protein

+
分子 #3: Spike (CD1369)

分子名称: Spike (CD1369) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 12.626413 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列:
MANPINEFIG IIREEGKYHN QPSFFIGKIK SKLPDLKIET NNIILEKEDI LIDSWMIDRQ LETFDTETNQ EHQHEVKNPF IDNFESGDM VIMFRIGEKF AVVSKLVSL

UniProtKB: DUF2577 family protein

+
分子 #4: Tape measure protein (CD1366)

分子名称: Tape measure protein (CD1366) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 89.157289 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列: MGNVREEGIN MYLTDNYTPK MNQIISVTDN FRRATVAVSL STNVMASSIK NSIGSASNRV NSLNSSLRKV QTTASSVSST MTKLSSSIN AVSGVIGSLN GSIMRLAITI AMIIDYFNKL IQKKNEFNSN IMIILIFKAK SDEVEKTKNK LLGNLKKIGG K IWNIVIKA ...文字列:
MGNVREEGIN MYLTDNYTPK MNQIISVTDN FRRATVAVSL STNVMASSIK NSIGSASNRV NSLNSSLRKV QTTASSVSST MTKLSSSIN AVSGVIGSLN GSIMRLAITI AMIIDYFNKL IQKKNEFNSN IMIILIFKAK SDEVEKTKNK LLGNLKKIGG K IWNIVIKA KDMTKRVISS ILGKLKQVEK RPYQGSINLK DMVSSAMGRI LPKLMLFKNT FWSGVIAIKD MASGIISKVF PK LRLFAGK VWSGAIAVKD MASGILGSIK GKISDLTNGA TIGVAVKKGV DLLGQEQNQK VVLESVMKRN TGKVNQIDVD DYY GSLVRM ANDTPFDPED VVAMGTKAKM ISNITGGKKE KDITQAMVDV RALNMNTSSE QDVSAAFLSA AKGNMESLNT LVGE NYKTF DEALEGISVK QMGLAKEMSN TIPGIISGAQ TSINNGLKSI VKPFDDILGQ GLKKIKTFIE SGLGNLAGLS EKMAG KIGN VMNGKIIIGN KYDQMQSRSV KNGKEFSDST QYRISNEAEK RKMMVENKQE RFENHAATMI GNAPKAIVNA GSTLLQ NID FTALIDSLLP VVNLVNNLLD SINNKSPIAQ GLISIFGTIV TTAFQLIGPV VEAVSPIITR IFTFLGEYAP QINNFIE TL GVIWKTVWET LGPLLETGWK IIEPILGAFF NILDKVCKIV KDICKWWQTM INKIKNGSIT GTVLNLVEKS KKNYKDNP Y AGTKAGDSGK AYSGKKGNNA FGLNYVPYND YQTRLHEGEM VLTKQEANQY RSRKNGGNIN IAKLADTIVI REEADIEKI TSKLVASIQL AQLGGVL

UniProtKB: Phage-related protein

+
分子 #5: Tube tail (CD1367)

分子名称: Tube tail (CD1367) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 16.234616 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列:
MEMWLRQAED RFRFPVFPSS FSINGKAAVN SSSILKIGEI ATFGGVALKS ISISSFFPNK DYTFCDYTGF PSPYDCVNKI EKWMKEGFI LRFTITETNI NMEVIIEGFS YEERDGTRDV YFTLDLKEYK RIKIPKVTPK Q

UniProtKB: XkdP-like protein

+
分子 #6: Sheath initiator (CD1370)

分子名称: Sheath initiator (CD1370) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 16.549959 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列:
MSTIFPFIGV PEDYILPKTE ELPIFREVAW DFEKDEPILE KGDFKIIEKK EALKVWIYKC IKTNRYEHEI YSLEYGTELS ELIGQKYTK GLTESEASRF IKEALLINPY ILEVNVKSAN FNRDILSANV KVSTIYGEVE INV

UniProtKB: DUF2634 domain-containing protein

+
分子 #7: Sheath (CD1363)

分子名称: Sheath (CD1363) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 39.26843 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列: MAIGLPSINI SFKELATTVK ERSARGIIAM VLKDAKALGL NEIHEKEDIP VDLSAENKEY INLALMGNVN TPNKLLVYVI EGEADIQTA LDFLETKEFN YLCMPKAVEA DKTAIKNWII KLRDIDKVKV KAVLGKVVGN HEGIINFTTE DVLVGEKKYS V DEFTSRVA ...文字列:
MAIGLPSINI SFKELATTVK ERSARGIIAM VLKDAKALGL NEIHEKEDIP VDLSAENKEY INLALMGNVN TPNKLLVYVI EGEADIQTA LDFLETKEFN YLCMPKAVEA DKTAIKNWII KLRDIDKVKV KAVLGKVVGN HEGIINFTTE DVLVGEKKYS V DEFTSRVA GLIAGTPLSQ SVTYTKLSDV VDIPKMTKVD AESRVNKGEL ILIKEAGAIR IARGVNSLTE LTAEKGEMFQ KI KIVDTLD IIHSDIRKVI IDDYIGKVTN SYDNKCLLIV AIKSYLEELE KSALIESDST VEIDFEAQKS YLKSKGVDLS YMT LQEIKE ANTGSKVFLK AKIKVLDAME DIDLSIEI

UniProtKB: Phage tail sheath protein

+
分子 #8: Tube (CD1364)

分子名称: Tube (CD1364) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 16.028353 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列:
MANMEARNVM SGTWGELWLD GNKVAEVKKF QAKMEFTKED IIIAGQMGTD TKYMGYKGKG SITLYHVSSR MHKLIGEKIK RGSEPRFVA ISKLNDPDSY GAERIAVKNI AFDDLTLADW EVGVKGEIEA PFTFTEYDFL DII

UniProtKB: Phage portal protein

+
分子 #9: Hub-Hydrolase (CD1368)

分子名称: Hub-Hydrolase (CD1368) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 65.426082 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列: MIKIWVHIKN GSIYDITDIV DKVSWSGDYK SPSRTLEFSI IQSSFDNVFQ QIDIPIASTV CFYVDEKELF RGMIINRSKD SSSNEISFV SKDMGFLLTQ SEVSYNFKDK LVEDIAKQVF AENRLSVGII AKTNVKYTKM FIGVNGYDTI MSAYTEASKK T KKKYMIEA ...文字列:
MIKIWVHIKN GSIYDITDIV DKVSWSGDYK SPSRTLEFSI IQSSFDNVFQ QIDIPIASTV CFYVDEKELF RGMIINRSKD SSSNEISFV SKDMGFLLTQ SEVSYNFKDK LVEDIAKQVF AENRLSVGII AKTNVKYTKM FIGVNGYDTI MSAYTEASKK T KKKYMIEA NLDKFNVIEK GTVTLSVMFE EGFNIINTTF SESMENVKNK VIVVDQYGSK ISEKIDNEIF KEVNVIMQKV IQ QQENQDV DIDSEFNGIE KSCSLKGYGD VSCITGRGVK VKDSYTKLVG LFYIDTDKHT WQNGEYQIEL ELNFQNLMDE KSA GQDEPK EESNLGGEDY AGGKEFTAEF TAYCPRKEEG GDTDCRKKKL DPSKKTCAAP MVGKYEQTYY TKEFLNKHPL LNYG DEIQV ITGVSGRDGV YKVNDVGPAI TIEKNGTYHI DILFGNVEEA SKFGRRKGKI IIGGYSGNVS DKAKIVISEA KKHLG KPYK WGGNGPSSFD CSGLMVYCFK KVNVSLPRTS NQQSKKGKKV EQKNLQAGDL VFFHNPVSHV GLYIGNGEFL HAPQKG DVV KISKLSSRRD FNTARRVL

UniProtKB: C40 family peptidase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116539
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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