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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42943 | |||||||||
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タイトル | Structure of the human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1) | |||||||||
マップデータ | Sharpened map resulting from local refinement in cryosparc | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA interference / transmembrane protein / cholesterol or dsRNA uptake family. / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NNS virus cap methyltransferase / RNA transmembrane transporter activity / GDP polyribonucleotidyltransferase / RNA transport / cholesterol binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / double-stranded RNA binding / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm ...NNS virus cap methyltransferase / RNA transmembrane transporter activity / GDP polyribonucleotidyltransferase / RNA transport / cholesterol binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / double-stranded RNA binding / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / lysosome / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Navratna V / Kumar A / Rana JK / Mosalaganti S | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024 タイトル: Structure of the human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1) reveals the conformational flexibility of its lipid binding domain. 著者: Vikas Navratna / Arvind Kumar / Jaimin K Rana / Shyamal Mosalaganti / 要旨: In , inter-cellular transport of the small non-coding RNA causing systemic RNA interference (RNAi) is mediated by the transmembrane protein SID1, encoded by the gene in the systemic RNA interference- ...In , inter-cellular transport of the small non-coding RNA causing systemic RNA interference (RNAi) is mediated by the transmembrane protein SID1, encoded by the gene in the systemic RNA interference-defective () loci. SID1 shares structural and sequence similarity with cholesterol uptake protein 1 (CHUP1) and is classified as a member of the cholesterol uptake family (ChUP). Although systemic RNAi is not an evolutionarily conserved process, the gene products are found across the animal kingdom, suggesting the existence of other novel gene regulatory mechanisms mediated by small non-coding RNAs. Human homologs of gene products - hSIDT1 and hSIDT2 - mediate contact-dependent lipophilic small non-coding dsRNA transport. Here, we report the structure of recombinant human SIDT1. We find that the extra-cytosolic domain (ECD) of hSIDT1 adopts a double jelly roll fold, and the transmembrane domain (TMD) exists as two modules - a flexible lipid binding domain (LBD) and a rigid TMD core. Our structural analyses provide insights into the inherent conformational dynamics within the lipid binding domain in cholesterol uptake (ChUP) family members. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42943.map.gz | 167.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42943-v30.xml emd-42943.xml | 22.5 KB 22.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42943_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42943.png | 91.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42943.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_42943_additional_1.map.gz emd_42943_additional_2.map.gz emd_42943_half_map_1.map.gz emd_42943_half_map_2.map.gz | 88.2 MB 994 KB 164.9 MB 164.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42943 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42943 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42943_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42943_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42943_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42943_validation.cif.gz | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42943 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42943 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8v38MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map resulting from local refinement in cryosparc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: UnSharpened map resulting from local refinement in cryosparc
ファイル | emd_42943_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | UnSharpened map resulting from local refinement in cryosparc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Mask Used for refinement during local refinement refinement...
ファイル | emd_42943_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Mask Used for refinement during local refinement refinement of symmetry expanded particles in cryosparc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map resulting from Local refinement in cryosparc
ファイル | emd_42943_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map resulting from Local refinement in cryosparc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map resulting from Local refinement in cryosparc
ファイル | emd_42943_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map resulting from Local refinement in cryosparc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)
全体 | 名称: Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1)
超分子 | 名称: Human systemic RNAi defective transmembrane protein 1 (hSIDT1) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Full length human SIDT1 expressed as a recombinant fusion protein with N-terminal GFP, in mammalian cells |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: Lysosomes / 細胞中の位置: Lysosomal membrane |
分子量 | 理論値: 123.9 KDa |
-分子 #1: SID1 transmembrane family member 1,RNA-directed RNA polymerase L
分子 | 名称: SID1 transmembrane family member 1,RNA-directed RNA polymerase L タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NNS virus cap methyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 124.098141 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH ...文字列: MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH FQLRTNVAFH FTASPSQPQY FLYKFPKDVD SVIIKVVSEM AYPCSVVSVQ NIMCPVYDLD HNVEFNGVYQ SM TKKAAIT LQKKDFPGEQ FFVVFVIKPE DYACGGSFFI QEKENQTWNL QRKKNLEVTI VPSIKESVYV KSSLFSVFIF LSF YLGCLL VGFVHYLRFQ RKSIDGSFGS NDGSGNMVAS HPIAASTPEG SNYGTIDESS SSPGRQMSSS DGGPPGQSDT DSSV EESDF DTMPDIESDK NIIRTKMFLY LSDLSRKDRR IVSKKYKIYF WNIITIAVFY ALPVIQLVIT YQTVVNVTGN QDICY YNFL CAHPLGVLSA FNNILSNLGH VLLGFLFLLI VLRRDILHRR ALEAKDIFAV EYGIPKHFGL FYAMGIALMM EGVLSA CYH VCPNYSNFQF DTSFMYMIAG LCMLKLYQTR HPDINASAYS AYASFAVVIM VTVLGVVFGK NDVWFWVIFS AIHVLAS LA LSTQIYYMGR FKIDLGIFRR AAMVFYTDCI QQCSRPLYMD RMVLLVVGNL VNWSFALFGL IYRPRDFASY MLGIFICN L LLYLAFYIIM KLRSSEKVLP VPLFCIVATA VMWAAALYFF FQNLSSWEGT PAESREKNRE CILLDFFDDH DIWHFLSAT ALFFSFLVLL TLDDDLDVVR RDQIPVFAAA FESRLEVLFQ GPAAAAVSKG EELFTGVVPI LVELDGDVNG HKFSVSGEGE GDATYGKLT LKFICTTGKL PVPWPTLVTT LTYGVQCFSR YPDHMKQHDF FKSAMPEGYV QERTIFFKDD GNYKTRAEVK F EGDTLVNR IELKGIDFKE DGNILGHKLE YNYNSHNVYI MADKQKNGIK VNFKIRHNIE DGSVQLADHY QQNTPIGDGP VL LPDNHYL STQSKLSKDP NEKRDHMVLL EFVTAAGITL GMDELYKSGG SGWSHPQFEK UniProtKB: SID1 transmembrane family member 1, RNA-directed RNA polymerase L |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa / 詳細: 15 mA current | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | hSIDT1 in digitonin micelle, purified by Strep-Tactin affinity chromatography |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 17000 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Made using Model angelo |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-8v38: |