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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Smooth Muscle Gamma Actin (ACTG2) Mutant R257C | |||||||||
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![]() | Filament / Actin / Smooth Muscle / CYTOSOLIC PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() myosin filament / mesenchyme migration / Smooth Muscle Contraction / filopodium / cell periphery / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lamellipodium / cell body / cytoskeleton / blood microparticle ...myosin filament / mesenchyme migration / Smooth Muscle Contraction / filopodium / cell periphery / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lamellipodium / cell body / cytoskeleton / blood microparticle / hydrolase activity / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å | |||||||||
![]() | Palmer NJ / Carman PJ / Ceron RH / Dominguez R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Smooth Muscle Gamma Actin (ACTG2) Filament Mutant R257C 著者: Ceron RH / Baez-Cruz FA / Palmer NJ / Carman PJ / Boczkowska M / Heuckeroth RO / Ostap EM / Dominguez R | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 32.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 76 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1000.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1000 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8v2zMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42938_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42938_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : ACTG2 R257C Filament
全体 | 名称: ACTG2 R257C Filament |
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要素 |
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-超分子 #1: ACTG2 R257C Filament
超分子 | 名称: ACTG2 R257C Filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: ACTG2 filaments, purified from Expi293 cells |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Actin, gamma-enteric smooth muscle
分子 | 名称: Actin, gamma-enteric smooth muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 41.881762 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MCEEETTALV CDNGSGLCKA GFAGDDAPRA VFPSIVGRPR HQGVMVGMGQ KDSYVGDEAQ SKRGILTLKY PIE(HIC)GI ITN WDDMEKIWHH SFYNELRVAP EEHPTLLTEA PLNPKANREK MTQIMFETFN VPAMYVAIQA VLSLYASGRT TGIVLDS GD ...文字列: MCEEETTALV CDNGSGLCKA GFAGDDAPRA VFPSIVGRPR HQGVMVGMGQ KDSYVGDEAQ SKRGILTLKY PIE(HIC)GI ITN WDDMEKIWHH SFYNELRVAP EEHPTLLTEA PLNPKANREK MTQIMFETFN VPAMYVAIQA VLSLYASGRT TGIVLDS GD GVTHNVPIYE GYALPHAIMR LDLAGRDLTD YLMKILTERG YSFVTTAERE IVRDIKEKLC YVALDFENEM ATAASSSS L EKSYELPDGQ VITIGNERFC CPETLFQPSF IGMESAGIHE TTYNSIMKCD IDIRKDLYAN NVLSGGTTMY PGIADRMQK EITALAPSTM KIKIIAPPER KYSVWIGGSI LASLSTFQQM WISKPEYDEA GPSIVHRKCF UniProtKB: Actin, gamma-enteric smooth muscle |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 0.168 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Actin F-buffer | |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Blot Force: 0 Blot Time: 2.5 s. | |||||||||||||||||||||
詳細 | ACTG2 F-actin in the ADP state. R257C mutation |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1021 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |