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- EMDB-42831: E. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical local reconstructi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42831
タイトルE. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical local reconstruction, 3.18 Angstrom
マップデータ
試料
  • 複合体: Escherichia coli acetyl-CoA carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: Biotin carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
  • リガンド: BIOTIN
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ACETYL COENZYME *A
キーワードcomplex / enzyme / biosynthesis of fatty acids / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate CoA-transferase complex / acetyl-CoA carboxytransferase / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / long-chain fatty acid biosynthetic process ...acetate CoA-transferase complex / acetyl-CoA carboxytransferase / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / mRNA binding / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase, alpha subunit / Acetyl co-enzyme A carboxylase carboxyltransferase-like / Acetyl-CoA biotin carboxyl carrier / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / : / Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal ...Acetyl-CoA carboxylase, alpha subunit / Acetyl co-enzyme A carboxylase carboxyltransferase-like / Acetyl-CoA biotin carboxyl carrier / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / : / Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta / Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha / Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase / Biotin carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Xu X / Silva de Sousa A / Boram TJ / Jiang W / Lohman RJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140290 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: E. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical local reconstruction, 3.18 Angstrom
著者: Xu X / Silva de Sousa A / Boram TJ / Jiang W / Lohman RJ
履歴
登録2023年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 299.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 428 pix.
= 493.2 Å		1.15 Å/pix.
x 428 pix.
= 493.2 Å		1.15 Å/pix.
x 428 pix.
= 493.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15234 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-2.0487115 - 3.009966
平均 (標準偏差)0.0024340912 (±0.04123563)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ428428428
Spacing428428428
セルA=B=C: 493.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_42831_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42831_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42831_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Escherichia coli acetyl-CoA carboxylase

全体名称: Escherichia coli acetyl-CoA carboxylase
要素
  • 複合体: Escherichia coli acetyl-CoA carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: Biotin carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
  • リガンド: BIOTIN
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ACETYL COENZYME *A

+
超分子 #1: Escherichia coli acetyl-CoA carboxylase

超分子名称: Escherichia coli acetyl-CoA carboxylase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha

分子名称: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: acetyl-CoA carboxytransferase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 34.956098 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: NFLDFEQPIA ELEAKIDSLT AVSRQDEKLD INIDEEVHRL REKSVELTRK IFADLGAWQI AQLARHPQRP YTLDYVRLAF DEFDELAGD RAYADDKAIV GGIARLDGRP VMIIGHQKGR ETKEKIRRNF GMPAPEGYRK ALRLMQMAER FKMPIITFID T PGAYPGVG ...文字列:
NFLDFEQPIA ELEAKIDSLT AVSRQDEKLD INIDEEVHRL REKSVELTRK IFADLGAWQI AQLARHPQRP YTLDYVRLAF DEFDELAGD RAYADDKAIV GGIARLDGRP VMIIGHQKGR ETKEKIRRNF GMPAPEGYRK ALRLMQMAER FKMPIITFID T PGAYPGVG AEERGQSEAI ARNLREMSRL GVPVVCTVIG EGGSGGALAI GVGDKVNMLQ YSTYSVISPE GCASILWKSA DK APLAAEA MGIIAPRLKE LKLIDSIIPE PLGGAHRNPE AMAASLKAQL LADLADLDVL STEDLKNRRY QRLMSYGYA

UniProtKB: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha

+
分子 #2: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase

分子名称: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.370667 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GHIVRSPMVG TFYRTPSPDA KAFIEVGQKV NVGDTLCIVE AMKMMNQIEA DKSGTVKAIL VESGQPVEFD EPLVVIE

UniProtKB: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase

+
分子 #3: Biotin carboxylase

分子名称: Biotin carboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: biotin carboxylase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 49.00023 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLDKIVIANR GEIALRILRA CKELGIKTVA VHSSADRDLK HVLLADETVC IGPAPSVKSY LNIPAIISAA EITGAVAIHP GYGFLSENA NFAEQVERSG FIFIGPKAET IRLMGDKVSA IAAMKKAGVP CVPGSDGPLG DDMDKNRAIA KRIGYPVIIK A SGGGGGRG ...文字列:
MLDKIVIANR GEIALRILRA CKELGIKTVA VHSSADRDLK HVLLADETVC IGPAPSVKSY LNIPAIISAA EITGAVAIHP GYGFLSENA NFAEQVERSG FIFIGPKAET IRLMGDKVSA IAAMKKAGVP CVPGSDGPLG DDMDKNRAIA KRIGYPVIIK A SGGGGGRG MRVVRGDAEL AQSISMTRAE AKAAFSNDMV YMEKYLENPR HVEIQVLADG QGNAIYLAER DCSMQRRHQK VV EEAPAPG ITPELRRYIG ERCAKACVDI GYRGAGTFEF LFENGEFYFI EMNTRIQVEH PVTEMITGVD LIKEQLRIAA GQP LSIKQE EVHVRGHAVE CRINAEDPNT FLPSPGKITR FHAPGGFGVR WESHIYAGYT VPPYYDSMIG KLICYGENRD VAIA RMKNA LQELIIDGIK TNVDLQIRIM NDENFQHGGT NIHYLEKKLG L

UniProtKB: Biotin carboxylase

+
分子 #4: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta

分子名称: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: acetyl-CoA carboxytransferase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 31.23457 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SWIERIKSNI TPTRKASIPE GVWTKCDSCG QVLYRAELER NLEVCPKCDH HMRMTARNRL HSLLDEGSLV ELGSELEPKD VLKFRDSKK YKDRLASAQK ETGEKDALVV MKGTLYGMPV VAAAFEFAFM GGSMGSVVGA RFVRAVEQAL EDNCPLICFS A SGGARMQE ...文字列:
SWIERIKSNI TPTRKASIPE GVWTKCDSCG QVLYRAELER NLEVCPKCDH HMRMTARNRL HSLLDEGSLV ELGSELEPKD VLKFRDSKK YKDRLASAQK ETGEKDALVV MKGTLYGMPV VAAAFEFAFM GGSMGSVVGA RFVRAVEQAL EDNCPLICFS A SGGARMQE ALMSLMQMAK TSAALAKMQE RGLPYISVLT DPTMGGVSAS FAMLGDLNIA EPKALIGFAG PRVIEQTVRE KL PPGFQRS EFLIEKGAID MIVRRPEMRL KLASILAKLM NLPAPNP

UniProtKB: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta

+
分子 #5: BIOTIN

分子名称: BIOTIN / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: BTN
分子量理論値: 244.311 Da
Chemical component information

ChemComp-BTN:
BIOTIN / ビオチン

+
分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #9: ACETYL COENZYME *A

分子名称: ACETYL COENZYME *A / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ACO
分子量理論値: 809.571 Da
Chemical component information

ChemComp-ACO:
ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMHEPES

詳細: 2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 2.01 sec. / 平均電子線量: 54.44 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 19.16 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 81.06 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 577289
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2f9y


詳細: 2F9Y, 1BDO, 3RV4
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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