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- EMDB-42793: Aquaporin Z with ALFA tag and bound to nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42793
タイトルAquaporin Z with ALFA tag and bound to nanobody
マップデータEM map
試料
  • 複合体: Aquaporin Z with ALFA tag bound to nanobody
    • 複合体: Aquaporin Z with ALFA tag
      • タンパク質・ペプチド: Aquaporin Z
    • 複合体: nanobody
      • タンパク質・ペプチド: anti-ALFA nanobody
  • リガンド: CARDIOLIPIN
キーワードAqpZ / water channel / ALFA tag / cardiolipin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin Z / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stover L / Bahramimoghaddam H / Wang L / Zhou M / Laganowsky A
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138863 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM139876 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RM1GM145416 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2024
タイトル: Grafting the ALFA tag for structural studies of aquaporin Z.
著者: Lauren Stover / Hanieh Bahramimoghaddam / Lie Wang / Samantha Schrecke / Gaya P Yadav / Ming Zhou / Arthur Laganowsky /
要旨: Aquaporin Z (AqpZ), a bacterial water channel, forms a tetrameric complex and, like many other membrane proteins, activity is regulated by lipids. Various methods have been developed to facilitate ...Aquaporin Z (AqpZ), a bacterial water channel, forms a tetrameric complex and, like many other membrane proteins, activity is regulated by lipids. Various methods have been developed to facilitate structure determination of membrane proteins, such as the use of antibodies. Here, we graft onto AqpZ the ALFA tag (AqpZ-ALFA), an alpha helical epitope, to make use of the high-affinity anti-ALFA nanobody (nB). Native mass spectrometry reveals the AqpZ-ALFA fusion forms a stable, 1:1 complex with nB. Single-particle cryogenic electron microscopy studies reveal the octameric (AqpZ-ALFA)(nB) complex forms a dimeric assembly and the structure was determined to 1.9 Å resolution. Dimerization of the octamer is mediated through stacking of the symmetrically bound nBs. Tube-like density is also observed, revealing a potential cardiolipin binding site. Grafting of the ALFA tag, or other epitope, along with binding and association of nBs to promote larger complexes will have applications in structural studies and protein engineering.
履歴
登録2023年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42793.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 350 pix.
= 291.2 Å		0.83 Å/pix.
x 350 pix.
= 291.2 Å		0.83 Å/pix.
x 350 pix.
= 291.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.145
最小 - 最大-0.27925134 - 0.87088656
平均 (標準偏差)-0.0011669776 (±0.028166246)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 291.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Aquaporin Z with ALFA tag bound to nanobody

全体名称: Aquaporin Z with ALFA tag bound to nanobody
要素
  • 複合体: Aquaporin Z with ALFA tag bound to nanobody
    • 複合体: Aquaporin Z with ALFA tag
      • タンパク質・ペプチド: Aquaporin Z
    • 複合体: nanobody
      • タンパク質・ペプチド: anti-ALFA nanobody
  • リガンド: CARDIOLIPIN

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超分子 #1: Aquaporin Z with ALFA tag bound to nanobody

超分子名称: Aquaporin Z with ALFA tag bound to nanobody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 161 KDa

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超分子 #2: Aquaporin Z with ALFA tag

超分子名称: Aquaporin Z with ALFA tag / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: nanobody

超分子名称: nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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分子 #1: Aquaporin Z

分子名称: Aquaporin Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 26.710988 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFRKLAAECF GTFWLVFGGC GSAVLAAGFP ELGIGFAGVA LAFGLTVLTM AFAVGHISGG HFNPAVTIGL WAGGRFPAKE VVGYVIAQV VGGIVAAALL YLIASGKTGF DAAASGFASN GYGEHSPGGY SMLSALVVEL VLSAGFLLVI HGATDKFAPA G FAPIAIGL ...文字列:
MFRKLAAECF GTFWLVFGGC GSAVLAAGFP ELGIGFAGVA LAFGLTVLTM AFAVGHISGG HFNPAVTIGL WAGGRFPAKE VVGYVIAQV VGGIVAAALL YLIASGKTGF DAAASGFASN GYGEHSPGGY SMLSALVVEL VLSAGFLLVI HGATDKFAPA G FAPIAIGL ALTLIHLISI PVTNTSVNPA RSTAVAIFQG GWALEQLWFF WVVPIVGGII GGLIYRTLLR ASRLEEELRR RL TEPGGGP GASWSHPQFE K

UniProtKB: Aquaporin Z

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分子 #2: anti-ALFA nanobody

分子名称: anti-ALFA nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 13.599183 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGEVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCTASGVT ISALNAMAMG WYRQAPGERR VMVAAVSERG NAMYRESVQG RFTVTRDFTN KMVSLQMDN LKPEDTAVYY CHVLEDRVDS FHDYWGQGTQ VTVSS

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分子 #3: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM TRIS pH 7.4, 100mM NaCl, and 0.5% C8E4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1785869
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1rc2

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0) / 使用した粒子像数: 918328
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1rc2


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8uy6:
Aquaporin Z with ALFA tag and bound to nanobody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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