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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42766 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Caulobacter crescentus FljK flagellar filament (asymmetrical) | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | flagellin / flagellar filament / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region / Flagellin FljK 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) / Caulobacter vibrioides (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Sanchez JC / Montemayor EJ / Ploscariu NT / Parrell D / Baumgardt JK / Yang JE / Sibert B / Cai K / Wright ER | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Atomic-level architecture of Caulobacter crescentus flagellar filaments provide evidence for multi-flagellin filament stabilization 著者: Sanchez JC / Montemayor EJ / Ploscariu NT / Parrell D / Baumgardt JK / Yang JE / Sibert B / Cai K / Wright ER | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42766.map.gz | 483.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42766-v30.xml emd-42766.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42766_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42766.png | 70.1 KB | ||
マスクデータ | emd_42766_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-42766.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_42766_half_map_1.map.gz emd_42766_half_map_2.map.gz | 474.3 MB 474.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42766 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42766 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42766_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42766_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42766_validation.xml.gz | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42766_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42766 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42766 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8uxjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_42766_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42766_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42766_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FljK flagellar filament
全体 | 名称: FljK flagellar filament |
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要素 |
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-超分子 #1: FljK flagellar filament
超分子 | 名称: FljK flagellar filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) |
-分子 #1: Flagellin FljK
分子 | 名称: Flagellin FljK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000 |
分子量 | 理論値: 27.6629 KDa |
配列 | 文字列: LNSINTNAGA MIALQNLNGT NSELTTVQQR INTGKKIASA KDNGAIWATA KNQSATAASM NAVKDSLQRG QSTIDVALAA GDTITDLLG KMKEKALAAS DTSLNTASFN ALKSDFDSLR DQIEKAATNA KFNGVSIADG STTKLTFLAN SDGSGFTVNA K TISLAGIG ...文字列: LNSINTNAGA MIALQNLNGT NSELTTVQQR INTGKKIASA KDNGAIWATA KNQSATAASM NAVKDSLQRG QSTIDVALAA GDTITDLLG KMKEKALAAS DTSLNTASFN ALKSDFDSLR DQIEKAATNA KFNGVSIADG STTKLTFLAN SDGSGFTVNA K TISLAGIG LTTTSTFTTA AAAKTMIGTI DTALQTATNK LASLGTSSVG LDTHLTFVGK LQDSLDAGVG NLVDADLAKE SA KLQSLQT KQQLGVQALS IANQSSSSIL SLF UniProtKB: Flagellin FljK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |