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- EMDB-42524: Cryo-EM Structure of Full-Length Spike Protein of Omicron XBB.1.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42524
タイトルCryo-EM Structure of Full-Length Spike Protein of Omicron XBB.1.5
マップデータ
試料
  • 複合体: SAR-CoV-2 Spike Protein Omicron XBB.1.5 Variant
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV2 / Spike Protein / Omicron / XBB.1.5 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Huynh KW / Chang JS / Fennell KF / Che Y / Wu H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2024
タイトル: Preclinical characterization of the Omicron XBB.1.5-adapted BNT162b2 COVID-19 vaccine.
著者: Kayvon Modjarrad / Ye Che / Wei Chen / Huixian Wu / Carla I Cadima / Alexander Muik / Mohan S Maddur / Kristin R Tompkins / Lyndsey T Martinez / Hui Cai / Minah Ramos / Sonia Mensah / ...著者: Kayvon Modjarrad / Ye Che / Wei Chen / Huixian Wu / Carla I Cadima / Alexander Muik / Mohan S Maddur / Kristin R Tompkins / Lyndsey T Martinez / Hui Cai / Minah Ramos / Sonia Mensah / Brittney Cumbia / Larissa Falcao / Andrew P McKeen / Jeanne S Chang / Kimberly F Fennell / Kevin W Huynh / Thomas J McLellan / Parag V Sahasrabudhe / Wei Chen / Michael Cerswell / Miguel A Garcia / Shilong Li / Rahul Sharma / Weiqiang Li / Kristianne P Dizon / Stacy Duarte / Frank Gillett / Rachel Smith / Deanne M Illenberger / Kari Sweeney Efferen / Annette B Vogel / Annaliesa S Anderson / Uğur Şahin / Kena A Swanson /
要旨: As SARS-CoV-2 evolves, increasing in potential for greater transmissibility and immune escape, updated vaccines are needed to boost adaptive immunity to protect against COVID-19 caused by circulating ...As SARS-CoV-2 evolves, increasing in potential for greater transmissibility and immune escape, updated vaccines are needed to boost adaptive immunity to protect against COVID-19 caused by circulating strains. Here, we report features of the monovalent Omicron XBB.1.5-adapted BNT162b2 vaccine, which contains XBB.1.5-specific sequence changes, relative to the original BNT162b2 backbone, in the encoded prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike protein (S(P2)). Biophysical characterization of Omicron XBB.1.5 S(P2) demonstrated that it maintains a prefusion conformation and adopts a flexible, predominantly open, state, with high affinity for the human ACE-2 receptor. When administered as a 4th dose in BNT162b2-experienced mice, the monovalent Omicron XBB.1.5 vaccine elicited substantially higher serum neutralizing titers against pseudotyped viruses of Omicron XBB.1.5, XBB.1.16, XBB.1.16.1, XBB.2.3, EG.5.1 and HV.1 sublineages and phylogenetically distant BA.2.86 lineage than the bivalent Wild Type + Omicron BA.4/5 vaccine. Similar trends were observed against Omicron XBB sublineage pseudoviruses when the vaccine was administered as a 2-dose series in naive mice. Strong S-specific Th1 CD4 and IFNγ CD8 T cell responses were also observed. These findings, together with real world performance of the XBB.1.5-adapted vaccine, suggest that preclinical data for the monovalent Omicron XBB.1.5-adapted BNT162b2 was predictive of protective immunity against dominant SARS-CoV-2 strains.
履歴
登録2023年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42524.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42524.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 540 pix.
= 405. Å		0.75 Å/pix.
x 540 pix.
= 405. Å		0.75 Å/pix.
x 540 pix.
= 405. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.55766976 - 0.91343385
平均 (標準偏差)0.00010673899 (±0.015793553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 405.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_42524_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_42524_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SAR-CoV-2 Spike Protein Omicron XBB.1.5 Variant

全体名称: SAR-CoV-2 Spike Protein Omicron XBB.1.5 Variant
要素
  • 複合体: SAR-CoV-2 Spike Protein Omicron XBB.1.5 Variant
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SAR-CoV-2 Spike Protein Omicron XBB.1.5 Variant

超分子名称: SAR-CoV-2 Spike Protein Omicron XBB.1.5 Variant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 428 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 142.729594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VNLITRTQSY TNSFTRGVYY PDKVFRSSVL HSTQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR FDNPALPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFG TTLDSKTQSL LIVNNATNVV IKVCEFQFCN DPFLDVYQKN NKSWMESEFR VYSSANNCTF EYVSQPFLMD L EGKEGNFK ...文字列:
VNLITRTQSY TNSFTRGVYY PDKVFRSSVL HSTQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR FDNPALPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFG TTLDSKTQSL LIVNNATNVV IKVCEFQFCN DPFLDVYQKN NKSWMESEFR VYSSANNCTF EYVSQPFLMD L EGKEGNFK NLREFVFKNI DGYFKIYSKH TPINLERDLP QGFSALEPLV DLPIGINITR FQTLLALHRS YLTPVDSSSG WT AGAAAYY VGYLQPRTFL LKYNENGTIT DAVDCALDPL SETKCTLKSF TVEKGIYQTS NFRVQPTESI VRFPNITNLC PFH EVFNAT TFASVYAWNR KRISNCVADY SVIYNFAPFF AFKCYGVSPT KLNDLCFTNV YADSFVIRGN EVSQIAPGQT GNIA DYNYK LPDDFTGCVI AWNSNKLDSK PSGNYNYLYR LFRKSKLKPF ERDISTEIYQ AGNKPCNGVA GPNCYSPLQS YGFRP TYGV GHQPYRVVVL SFELLHAPAT VCGPKKSTNL VKNKCVNFNF NGLTGTGVLT ESNKKFLPFQ QFGRDIADTT DAVRDP QTL EILDITPCSF GGVSVITPGT NTSNQVAVLY QGVNCTEVPV AIHADQLTPT WRVYSTGSNV FQTRAGCLIG AEYVNNS YE CDIPIGAGIC ASYQTQTKSH RRARSVASQS IIAYTMSLGA ENSVAYSNNS IAIPTNFTIS VTTEILPVSM TKTSVDCT M YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLKRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKYFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIE DLLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL ICAQKFNGLT VLPPLLTDEM IAQYTSALLA GTITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQFN SAIGKIQDSL SSTASALGKL QDVVNHNAQA LNTLVKQLSS KFGAISSVLN D ILSRLDPP EAEVQIDRLI TGRLQSLQTY VTQQLIRAAE IRASANLAAT KMSECVLGQS KRVDFCGKGY HLMSFPQSAP HG VVFLHVT YVPAQEKNFT TAPAICHDGK AHFPREGVFV SNGTHWFVTQ RNFYEPQIIT TDNTFVSGNC DVVIGIVNNT VYD PLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEVAKNLNE SLIDLQELGK YEQYIKWPWY IWLG FIAGL IAIVMVTIML CCMTSCCSCL KGCCSCGSCC KFDEDDSEPV LKGVKLHYTG GGGSGGGGSW SHPQFEKGGG GSGGG GSWS HPQFEK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 19 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris
150.0 mMSodium ChlorideNaCl
1.0 mMEDTA
0.02 %DDM

詳細: 25mM Tris (pH 7.5), 150mM NaCl, 1.0mM EDTA, 0.02% DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6700 / 平均露光時間: 2.05 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: Selectris Energy Filter was also used during data collection.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF Estimation / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-Initio Reconstruction in CryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91663
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-Initio Reconstruction / 詳細: Ab-Initio Reconstruction in CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 詳細: All refinement steps are done in CryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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