[日本語] English
万見
- EMDB-42489: Bacillus niacini flavin monooxygenase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42489
タイトルBacillus niacini flavin monooxygenase
マップデータHomologous refinement map filtered by estimated local resolution
試料
  • 複合体: Flavin monooxygenase trimer
    • タンパク質・ペプチド: Flavin monooxygenase
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL
キーワードMonooxygenase / flavin binding / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種Neobacillus niacini (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Richardson BC / French JB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM124898 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Novel Class A Flavin Monooxygenase from .
著者: Brian C Richardson / Zachary R Turlington / Sofia Vaz Ferreira de Macedo / Sara K Phillips / Kay Perry / Savannah G Brancato / Emmalee W Cooke / Jonathan R Gwilt / Morgan A Dasovich / Andrew ...著者: Brian C Richardson / Zachary R Turlington / Sofia Vaz Ferreira de Macedo / Sara K Phillips / Kay Perry / Savannah G Brancato / Emmalee W Cooke / Jonathan R Gwilt / Morgan A Dasovich / Andrew J Roering / Francis M Rossi / Mark J Snider / Jarrod B French / Katherine A Hicks /
要旨: A gene cluster responsible for the degradation of nicotinic acid (NA) in has recently been identified, and the structures and functions of the resulting enzymes are currently being evaluated to ...A gene cluster responsible for the degradation of nicotinic acid (NA) in has recently been identified, and the structures and functions of the resulting enzymes are currently being evaluated to establish pathway intermediates. One of the genes within this cluster encodes a flavin monooxygenase (BnFMO) that is hypothesized to catalyze a hydroxylation reaction. Kinetic analyses of the recombinantly purified BnFMO suggest that this enzyme catalyzes the hydroxylation of 2,6-dihydroxynicotinic acid (2,6-DHNA) or 2,6-dihydroxypyridine (2,6-DHP), which is formed spontaneously by the decarboxylation of 2,6-DHNA. To understand the details of this hydroxylation reaction, we determined the structure of BnFMO using a multimodel approach combining protein X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM). A liganded BnFMO cryo-EM structure was obtained in the presence of 2,6-DHP, allowing us to make predictions about potential catalytic residues. The structural data demonstrate that BnFMO is trimeric, which is unusual for Class A flavin monooxygenases. In both the electron density and coulomb potential maps, a region at the trimeric interface was observed that was consistent with and modeled as lipid molecules. High-resolution mass spectral analysis suggests that there is a mixture of phosphatidylethanolamine and phosphatidylglycerol lipids present. Together, these data provide insights into the molecular details of the central hydroxylation reaction unique to the aerobic degradation of NA in .
履歴
登録2023年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42489.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Homologous refinement map filtered by estimated local resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 352 pix.
= 229.22 Å		0.65 Å/pix.
x 352 pix.
= 229.22 Å		0.65 Å/pix.
x 352 pix.
= 229.22 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65119 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.142
最小 - 最大-2.9861577 - 4.320865
平均 (標準偏差)0.0034011044 (±0.09255731)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 229.22 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Flavin monooxygenase trimer

全体名称: Flavin monooxygenase trimer
要素
  • 複合体: Flavin monooxygenase trimer
    • タンパク質・ペプチド: Flavin monooxygenase
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL

-
超分子 #1: Flavin monooxygenase trimer

超分子名称: Flavin monooxygenase trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Neobacillus niacini (バクテリア)
分子量理論値: 165 KDa

-
分子 #1: Flavin monooxygenase

分子名称: Flavin monooxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neobacillus niacini (バクテリア)
分子量理論値: 52.534094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: (MSE)GSSHHHHHH SSGENLYFQG H(MSE)EELIKEVQ SDVCIVGAGP AG(MSE)LLGLLLA KQGLEVIVLE QNGDFHRE Y RGEITQPRFV QL(MSE)KQLNLLD YIESNSHVKI PEVNVFHNNV KI(MSE)QLAFNTL IDEESYCARL TQPTLLSALL D KAKKYPNF ...文字列:
(MSE)GSSHHHHHH SSGENLYFQG H(MSE)EELIKEVQ SDVCIVGAGP AG(MSE)LLGLLLA KQGLEVIVLE QNGDFHRE Y RGEITQPRFV QL(MSE)KQLNLLD YIESNSHVKI PEVNVFHNNV KI(MSE)QLAFNTL IDEESYCARL TQPTLLSALL D KAKKYPNF KLLFNTKVRD LLREDGKVTG VYAVAKPGEQ INFTEDEVFE GNLNIKSRVT VGVDGRNST(MSE) EKLGNFEL E LDYYDNDLLW FSFEKPESWD YNIYHFYFQK NYNYLFLPKL GGYIQCGISL TKGEYQKIKK EGIESFKEKI LED(MSE)P ILKQ HFDTVTDFKS FVQLLCR(MSE)RY IKDWAKEEGC (MSE)LIGDAAHCV TPWGAVGSTL A(MSE)GTAVIAAD VIYK GFKNN DLSLETLKQV QSRRKEEVK(MSE) IQNLQLTIEK FLTREPIKKE IAPL(MSE)FSIAT K(MSE)PDITNLYK KLF TREFPL DIDESFIFHD ELVEAN

-
分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

-
分子 #3: 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL

分子名称: 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: DR9
分子量理論値: 746.991 Da
Chemical component information

ChemComp-DR9:
1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
50.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMdithiothreitol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4176 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3395411 / 詳細: Template based picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Crystal structure determined in same publication
最終 再構成使用したクラス数: 26 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 432941
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 50 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8urc:
Bacillus niacini flavin monooxygenase

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る