[日本語] English
万見
- EMDB-42391: Microbacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild typ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42391
タイトルMicrobacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild type (cryo-EM)
マップデータrefinement map
試料
  • 複合体: C-glucosyl deglycosidase from Microbacterium testaceum
    • タンパク質・ペプチド: Sugar phosphate isomerase
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードbacterial C-glucosyl deglycosidase / C-C bond cleavage / C-glucosyl flavonoids / Microbacterium tetsaceum NS220 / plant endosymbiont / N-terminal DUF6379 beta-sandwich domain / C-terminal TIM-barrel domain / homodimer / LYASE
機能・相同性Domain of unknown function DUF6379 / C-glycoside deglycosidase beta subunit / : / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / isomerase activity / lyase activity / C-deglycosylation enzyme beta subunit
機能・相同性情報
生物種Microbacterium testaceum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Furlanetto V / Kalyani DC / Hallberg BM / Divne C
資金援助 スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Other governmentFormas 2017-00983 スウェーデン
Other governmentVR 2017-03877 スウェーデン
Other privateOscar and Lili Lamm Memorial Foundation DO2017-0020 スウェーデン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Microbacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild type (cryo-EM)
著者: Furlanetto V / Kalyani DC / Srivastava V / Hallberg BM / Ezcurra I / Divne C
履歴
登録2023年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42391.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42391.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈refinement map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 220 pix.
= 223.344 Å		1.02 Å/pix.
x 220 pix.
= 223.344 Å		1.02 Å/pix.
x 220 pix.
= 223.344 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0152 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.048668887 - 1.5150393
平均 (標準偏差)0.0012761841 (±0.024890034)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 223.34401 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: halfmap A

ファイルemd_42391_half_map_1.map
注釈halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmap B

ファイルemd_42391_half_map_2.map
注釈halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : C-glucosyl deglycosidase from Microbacterium testaceum

全体名称: C-glucosyl deglycosidase from Microbacterium testaceum
要素
  • 複合体: C-glucosyl deglycosidase from Microbacterium testaceum
    • タンパク質・ペプチド: Sugar phosphate isomerase
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

-
超分子 #1: C-glucosyl deglycosidase from Microbacterium testaceum

超分子名称: C-glucosyl deglycosidase from Microbacterium testaceum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: wild type
由来(天然)生物種: Microbacterium testaceum (バクテリア) / 株: NS220

-
分子 #1: Sugar phosphate isomerase

分子名称: Sugar phosphate isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Microbacterium testaceum (バクテリア) / 株: NS220
分子量理論値: 48.768133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: MLLERDLIQS VGFRNVREGG EITGFQFRVR MPSYRGMAAS LIDGIGVRIP GLVDVGPDVP LWTLQGQQYT LAELWDGDGV RWPLEDAAI IFVPLPGGLP DGVHELSIEL RLRMSYIPQE HQPSTYRVTK HVTLAPEASG APFRYGVSLY SYMSDYGTVM D LETAMASI ...文字列:
MLLERDLIQS VGFRNVREGG EITGFQFRVR MPSYRGMAAS LIDGIGVRIP GLVDVGPDVP LWTLQGQQYT LAELWDGDGV RWPLEDAAI IFVPLPGGLP DGVHELSIEL RLRMSYIPQE HQPSTYRVTK HVTLAPEASG APFRYGVSLY SYMSDYGTVM D LETAMASI ADLGATGIEI LGEAHVPNYP NPSDEWVEQW FALLSTYGLE PTNMGSWIDT RLHSSGPNGR DMTVEEGAAA LQ RDLRLAK RLGFRFVRPK IGVVSSDLIP HPIWTEVVEA SLPLAEELDV IICPEIHSPT PIKHEVVDDY IALIRRTGTK HFG LLLDTG IFQDRPIPLK PGELPGQRPA FLDGIHVDPN DVFDVIENVV FIQAKFHDID EELDDKQIPW EPVLKALKDA GYTG YLSSE YEGEREPWRS IEQVRRQHSL IRQIADRLAE

UniProtKB: C-deglycosylation enzyme beta subunit

-
分子 #2: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.15 mM MnCl2
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE
詳細monodisperse sample

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
詳細Data collected on the Karolinska Institutet's Krios G3i equipped with a cold-FEG
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 734119
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 詳細: Ab-initio
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: X-ray model of the same sample
得られたモデル

PDB-8un2:
Microbacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild type (cryo-EM)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る