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万見
- EMDB-42232: CryoEM Structure of Maize Streak Virus (MSV) - Geminivirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42232
タイトルCryoEM Structure of Maize Streak Virus (MSV) - Geminivirus
マップデータ
試料Maize streak virus - [Nigeria] != Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria)

Maize streak virus - [Nigeria]

  • ウイルス: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
キーワードPlant / ssDNA / Icosahedron / capsid / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Geminivirus MSV 27Kd coat protein / Geminivirus AR1/BR1 coat protein / Geminivirus coat protein/nuclear export factor BR1 family / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者McKenna R / Bennett AB / Mietzsch M / Hull JA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF DMS 1563234 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The two states of Maize Streak Virus (MSV) Geminivirus Architecture
著者: McKenna R / Bennett AB / Mietzsch M / Hull JA
履歴
登録2023年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42232.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42232.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.01 Å/pix.
x 550 pix.
= 555.5 Å		1.01 Å/pix.
x 550 pix.
= 555.5 Å		1.01 Å/pix.
x 550 pix.
= 555.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 5.0
最小 - 最大-10.602963000000001 - 23.530087999999999
平均 (標準偏差)-0.000000009798859 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-275-275-275
サイズ550550550
Spacing550550550
セルA=B=C: 555.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42232_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42232_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Maize streak virus - [Nigeria]

全体名称: Maize streak virus - [Nigeria]
要素
  • ウイルス: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')

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超分子 #1: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria)

超分子名称: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Gemini capsid is a Pseudo T=1 icosahedron. The structure contains both protein and ssDNA.
NCBI-ID: 10823 / 生物種: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) / Sci species strain: isolate Nigeria / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Zea mays (トウモロコシ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)
株: isolate Nigeria
分子量理論値: 26.880529 KDa
組換発現生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
配列文字列: MSTSKRKRGD DSNWSKRVTK KKPSSAGLKR AGSKADRPSL QIQTLQHAGT TMITVPSGGV CDLINTYARG SDEGNRHTSE TLTYKIAID YHFVADAAAC RYSNTGTGVM WLVYDTTPGG QAPTPQTIFA YPDTLKAWPA TWKVSRELCH RFVVKRRWLF N METDGRIG ...文字列:
MSTSKRKRGD DSNWSKRVTK KKPSSAGLKR AGSKADRPSL QIQTLQHAGT TMITVPSGGV CDLINTYARG SDEGNRHTSE TLTYKIAID YHFVADAAAC RYSNTGTGVM WLVYDTTPGG QAPTPQTIFA YPDTLKAWPA TWKVSRELCH RFVVKRRWLF N METDGRIG SDIPPSNASW KPCKRNIYFH KFTSGLGVRT QWKNVTDGGV GAIQRGALYM VIAPGNGLTF TAHGQTRLYF KS VGN

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 11 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria) (ウイルス)
株: isolate Nigeria
分子量理論値: 2.669778 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 4 / 構成要素 - 濃度: 0.1 M / 構成要素 - 式: NaAc / 構成要素 - 名称: Sodium acetate
グリッドモデル: C-flat / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
実像数: 1408 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 3.6270000000000002 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.9470000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 1408
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8ugq:
CryoEM Structure of Maize Streak Virus (MSV) - Geminivirus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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