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- EMDB-42204: Multidrug efflux pump MtEfpA bound with inhibitor BRD8000.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42204
タイトルMultidrug efflux pump MtEfpA bound with inhibitor BRD8000.3
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Complex of Multidrug efflux pump MtEfpA with lipids and inhibitor BRD8000.3
    • タンパク質・ペプチド: Integral membrane efflux protein EFPA
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylpropyl)cyclopropane-1-carboxamide
キーワードmultidrug efflux pump / EfpA / mycobacterium / BRD8000.3 / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / transmembrane transporter activity / MFS transporter superfamily / membrane / MFS-type transporter EfpA
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Wang S / Liao M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structures of the Mycobacterium tuberculosis efflux pump EfpA reveal the mechanisms of transport and inhibition.
著者: Shuhui Wang / Kun Wang / Kangkang Song / Zon Weng Lai / Pengfei Li / Dongying Li / Yajie Sun / Ye Mei / Chen Xu / Maofu Liao /
要旨: As the first identified multidrug efflux pump in Mycobacterium tuberculosis (Mtb), EfpA is an essential protein and promising drug target. However, the functional and inhibitory mechanisms of EfpA ...As the first identified multidrug efflux pump in Mycobacterium tuberculosis (Mtb), EfpA is an essential protein and promising drug target. However, the functional and inhibitory mechanisms of EfpA are poorly understood. Here we report cryo-EM structures of EfpA in outward-open conformation, either bound to three endogenous lipids or the inhibitor BRD-8000.3. Three lipids inside EfpA span from the inner leaflet to the outer leaflet of the membrane. BRD-8000.3 occupies one lipid site at the level of inner membrane leaflet, competitively inhibiting lipid binding. EfpA resembles the related lysophospholipid transporter MFSD2A in both overall structure and lipid binding sites and may function as a lipid flippase. Combining AlphaFold-predicted EfpA structure, which is inward-open, we propose a complete conformational transition cycle for EfpA. Together, our results provide a structural and mechanistic foundation to comprehend EfpA function and develop EfpA-targeting anti-TB drugs.
履歴
登録2023年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42204.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 320 pix.
= 252.16 Å		0.79 Å/pix.
x 320 pix.
= 252.16 Å		0.79 Å/pix.
x 320 pix.
= 252.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.328
最小 - 最大-1.3486392 - 2.380884
平均 (標準偏差)-0.0003981459 (±0.05463562)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 252.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42204_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42204_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Multidrug efflux pump MtEfpA with lipids and inhibitor...

全体名称: Complex of Multidrug efflux pump MtEfpA with lipids and inhibitor BRD8000.3
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Complex of Multidrug efflux pump MtEfpA with lipids and inhibitor BRD8000.3
    • タンパク質・ペプチド: Integral membrane efflux protein EFPA
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylpropyl)cyclopropane-1-carboxamide

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超分子 #1: Complex of Multidrug efflux pump MtEfpA with lipids and inhibitor...

超分子名称: Complex of Multidrug efflux pump MtEfpA with lipids and inhibitor BRD8000.3
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: Integral membrane efflux protein EFPA

分子名称: Integral membrane efflux protein EFPA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 55.620098 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTALNDTERA VRNWTAGRPH RPAPMRPPRS EETASERPSR YYPTWLPSRS FIAAVIAIGG MQLLATMDST VAIVALPKIQ NELSLSDAG RSWVITAYVL TFGGLMLLGG RLGDTIGRKR TFIVGVALFT ISSVLCAVAW DEATLVIARL SQGVGSAIAS P TGLALVAT ...文字列:
MTALNDTERA VRNWTAGRPH RPAPMRPPRS EETASERPSR YYPTWLPSRS FIAAVIAIGG MQLLATMDST VAIVALPKIQ NELSLSDAG RSWVITAYVL TFGGLMLLGG RLGDTIGRKR TFIVGVALFT ISSVLCAVAW DEATLVIARL SQGVGSAIAS P TGLALVAT TFPKGPARNA ATAVFAAMTA IGSVMGLVVG GALTEVSWRW AFLVNVPIGL VMIYLARTAL RETNKERMKL DA TGAILAT LACTAAVFAF SIGPEKGWMS GITIGSGLVA LAAAVAFVIV ERTAENPVVP FHLFRDRNRL VTFSAILLAG GVM FSLTVC IGLYVQDILG YSALRAGVGF IPFVIAMGIG LGVSSQLVSR FSPRVLTIGG GYLLFGAMLY GSFFMHRGVP YFPN LVMPI VVGGIGIGMA VVPLTLSAIA GVGFDQIGPV SAIALMLQSL GGPLVLAVIQ AVITSRTLYL GGTTGPVKFM NDVQL AALD HAYTYGLLWV AGAAIIVGGM ALFIGYTPQQ VAHAQEVKEA IDAGEL

UniProtKB: MFS-type transporter EfpA

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分子 #2: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #3: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3...

分子名称: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylpropyl)cyclopropane-1-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: WJI
分子量理論値: 403.316 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52099
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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