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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Atomic structure of Salmonella SipA/F-actin complex by cryo-EM | |||||||||
![]() | SipA/F-actin complex | |||||||||
![]() |
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![]() | actin / Salmonella / type III secretion system / SipA / CELL INVASION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / actin binding / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Niedzialkowska E / Runyan L / Kudryashova E / Kudryashov DS / Egelman EH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Stabilization of F-actin by Salmonella effector SipA resembles the structural effects of inorganic phosphate and phalloidin. 著者: Ewa Niedzialkowska / Lucas A Runyan / Elena Kudryashova / Edward H Egelman / Dmitri S Kudryashov / ![]() 要旨: Entry of Salmonella into host enterocytes relies on its pathogenicity island 1 effector SipA. We found that SipA binds to F-actin in a 1:2 stoichiometry with sub-nanomolar affinity. A cryo-EM ...Entry of Salmonella into host enterocytes relies on its pathogenicity island 1 effector SipA. We found that SipA binds to F-actin in a 1:2 stoichiometry with sub-nanomolar affinity. A cryo-EM reconstruction revealed that SipA's globular core binds at the groove between actin strands, whereas the extended C-terminal arm penetrates deeply into the inter-strand space, stabilizing F-actin from within. The unusually strong binding of SipA is achieved by a combination of fast association via the core and very slow dissociation dictated by the arm. Similar to P, BeF, and phalloidin, SipA potently inhibited actin depolymerization by actin depolymerizing factor (ADF)/cofilin, which correlated with increased filament stiffness, supporting the hypothesis that F-actin's mechanical properties contribute to the recognition of its nucleotide state by protein partners. The remarkably strong binding to F-actin maximizes the toxin's effects at the injection site while minimizing global influence on the cytoskeleton and preventing pathogen detection by the host cell. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 204 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 78.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.6 MB 200.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 881.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 881 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ueeMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | SipA/F-actin complex | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42161_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42161_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Salmonella SipA/F-actin complex
全体 | 名称: Salmonella SipA/F-actin complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Salmonella SipA/F-actin complex
超分子 | 名称: Salmonella SipA/F-actin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: Actin, alpha skeletal muscle
超分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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-超分子 #3: SipA
超分子 | 名称: SipA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 41.875633 KDa |
配列 | 文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG ...文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG VTHNVPIYEG YALPHAIMRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFVTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFENEMA TAASSSSL E KSYELPDGQV ITIGNERFRC PETLFQPSFI GMESAGIHET TYNSIMKCDI DIRKDLYANN VMSGGTTMYP GIADRMQKE ITALAPSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ITKQEYDEAG PSIVHRKCF UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle |
-分子 #2: Cell invasion protein SipA
分子 | 名称: Cell invasion protein SipA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.413857 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: TGETTSFDEV DGVTSKSIIG KPVQATVHGV DDNKQQSQTA EIVNVKPLAS QLAGVENVKT DTLQSDTTVI TGNKAGTTDN DNSQTDKTG PFSGLKFKQN SFLSTVPSVT NMHSMHFDAR ETFLGVIRKA LEPDTSTPFP VRRAFDGLRA EILPNDTIKS A ALKAQCSD ...文字列: TGETTSFDEV DGVTSKSIIG KPVQATVHGV DDNKQQSQTA EIVNVKPLAS QLAGVENVKT DTLQSDTTVI TGNKAGTTDN DNSQTDKTG PFSGLKFKQN SFLSTVPSVT NMHSMHFDAR ETFLGVIRKA LEPDTSTPFP VRRAFDGLRA EILPNDTIKS A ALKAQCSD IDKHPELKAK METLKEVITH HPQKEKLAEI ALQFAREAGL TRLKGETDYV LSNVLDGLIG DGSWRAGPAY ES YLNKPGV DRVITTVDGL HMQR UniProtKB: Cell invasion protein SipA |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PO4: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 25.0 mM / 構成要素 - 式: TRIS-HCl / 構成要素 - 名称: TRIS / 詳細: Buffer composition: 25 mM TRIS-H-Cl pH 8.0 2 mM DTT |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: 3 uL of sample was applied on Lacey grid, then sample was blotted for 3 seconds and plunge-froze in liquid ethane. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12452 / 平均露光時間: 5.58 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 112.075 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 53.656 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2) 詳細: Reconstruction algorithm: helical refinement and non-uniform refinement in cryoSPARC that is similar to IHRSR algorithm 使用した粒子像数: 1548993 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: 8D14 model was used for F-actin 1Q5Z model was used for SipA |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2) / 詳細: Maximum Likelihood |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | ![]() PDB-8uee: |