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- EMDB-42133: CryoEM structure of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (9... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42133
タイトルCryoEM structure of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (9 subunits) in complex with human VMAT2 and Amphetamine
マップデータ3.25A DEEPEMhancer cryoEM map of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase in complex with human VMAT2 and Amphetamin
試料
  • 複合体: Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase in complex with human VMAT2 and Amphetamin
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 6種
キーワードVMAT / SLC18 / vascular monoamine transporter / Cytochrome c oxidase-VMAT2 complex / Amphetamin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity ...serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / serotonin uptake / dopamine transport / dopaminergic synapse / monoamine transmembrane transporter activity / histamine secretion by mast cell / monoamine transport / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / : / cytochrome-c oxidase / neurotransmitter transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to amphetamine / post-embryonic development / secretory granule membrane / locomotory behavior / terminal bouton / response to toxic substance / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / chemical synaptic transmission / mitochondrial inner membrane / axon / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / dendrite / heme binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / : / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily ...Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / : / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Synaptic vesicular amine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Komagataella pastoris (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Ye J / Liu B / Li W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
American Heart AssociationEstablished Investigator Award 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryoEM structure of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (9 subunits) in complex with human VMAT2 and Amphetamin
著者: Ye J / Liu B / Li W
履歴
登録2023年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42133.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3.25A DEEPEMhancer cryoEM map of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase in complex with human VMAT2 and Amphetamin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0017383929 - 1.8811104
平均 (標準偏差)0.00077628606 (±0.021252051)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B of VMAT2-CCO-Amphetamin complex

ファイルemd_42133_half_map_1.map
注釈Half map B of VMAT2-CCO-Amphetamin complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of VMAT2-CCO-Amphetamin complex

ファイルemd_42133_half_map_2.map
注釈Half map A of VMAT2-CCO-Amphetamin complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase in complex with human ...

全体名称: Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase in complex with human VMAT2 and Amphetamin
要素
  • 複合体: Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase in complex with human VMAT2 and Amphetamin
    • タンパク質・ペプチド: Synaptic vesicular amine transporter
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 9
  • リガンド: (2S)-1-phenylpropan-2-amine
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase in complex with human ...

超分子名称: Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase in complex with human VMAT2 and Amphetamin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 225 KDa

+
分子 #1: Synaptic vesicular amine transporter

分子名称: Synaptic vesicular amine transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.749352 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MALSELALVR WLQESRRSRK LILFIVFLAL LLDNMLLTVV VPIIPSYLYS IKHEKNATEI QTARPVHTAS ISDSFQSIFS YYDNSTMVT GNATRDLTLH QTATQHMVTN ASAVPSDCPS EDKDLLNENV QVGLLFASKA TVQLITNPFI GLLTNRIGYP I PIFAGFCI ...文字列:
MALSELALVR WLQESRRSRK LILFIVFLAL LLDNMLLTVV VPIIPSYLYS IKHEKNATEI QTARPVHTAS ISDSFQSIFS YYDNSTMVT GNATRDLTLH QTATQHMVTN ASAVPSDCPS EDKDLLNENV QVGLLFASKA TVQLITNPFI GLLTNRIGYP I PIFAGFCI MFVSTIMFAF SSSYAFLLIA RSLQGIGSSC SSVAGMGMLA SVYTDDEERG NVMGIALGGL AMGVLVGPPF GS VLYEFVG KTAPFLVLAA LVLLDGAIQL FVLQPSRVQP ESQKGTPLTT LLKDPYILIA AGSICFANMG IAMLEPALPI WMM ETMCSR KWQLGVAFLP ASISYLIGTN IFGILAHKMG RWLCALLGMI IVGVSILCIP FAKNIYGLIA PNFGVGFAIG MVDS SMMPI MGYLVDLRHV SVYGSVYAIA DVAFCMGYAI GPSAGGAIAK AIGFPWLMTI IGIIDILFAP LCFFLRSPPA KEEKM AILM DHNCPIKTKM YTQNNIQSYP IGEDEESESD

UniProtKB: Synaptic vesicular amine transporter

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 58.857352 KDa
配列文字列: MNYINRWLFS TNAKDIAVLY FIFALFCGLL GSIMSLILRL ELSAPGNQIL MGNHQLFNVV ATAHAVLMVF FLVMPAAIGF FGNYLLPLM IGASDMSFAR LNNISFWLLP PALVSLLASA LIENGAGTGW TVYPPLAGVQ SHSGPSVDLA IFALHLTSIS S LLGAINFI ...文字列:
MNYINRWLFS TNAKDIAVLY FIFALFCGLL GSIMSLILRL ELSAPGNQIL MGNHQLFNVV ATAHAVLMVF FLVMPAAIGF FGNYLLPLM IGASDMSFAR LNNISFWLLP PALVSLLASA LIENGAGTGW TVYPPLAGVQ SHSGPSVDLA IFALHLTSIS S LLGAINFI TTTLNMRTIG MTMSKLPLFV WAVVFTSILL LLSLPVLSAG VTLLLLDRNF NTSFFEPAGG GDPILYQHLF WF FGHPEVY ILIIPGFGII SHIVSTYSKK PVFGAIGMVY AMGSIGFLGL LVWSHHMYTV GLDVDSRAYF TSATMVIAVP TGI KIFSWL ATLYGGSIRY TTPMLYAFAF LFLFTVGGLS GVVLSNASLD IAFHDTYYVI GHFHYVLSLG AVFSLFAGYY YWSP LITGL YYNNNLANIQ FWLLFIGTNV TFFPMHFLGL NGMPRRIPDY PDAFAGWNAI SSFGSLISII SVILFAYVIY DQLVN GLTN KQLSTNSLFK NPDFIESNII FNDNSIKSSS IDFLLTSPPL PHTFNTPAIQ S

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #3: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 26.886889 KDa
配列文字列: DVPTPWGIFF QDSATPNMEG IIELHNNIMF YLVLILTFVS YILYTIIYNY SNATIVHKYM NHGQLIEIVW TTLPAVILLI IAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAIGLQW YWKYEYSDFI NDDGEIVEFE SYVIPEELLE DGQLRLLDVD ASVVVPVDTH I RFIVSSAD ...文字列:
DVPTPWGIFF QDSATPNMEG IIELHNNIMF YLVLILTFVS YILYTIIYNY SNATIVHKYM NHGQLIEIVW TTLPAVILLI IAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAIGLQW YWKYEYSDFI NDDGEIVEFE SYVIPEELLE DGQLRLLDVD ASVVVPVDTH I RFIVSSAD VIHDFCVPAL GVKVDASPGR LNQTSALIQR EGVYYGQCSE LCGVMHSAMP IKIEAVSLYE FINWLDEQ

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 30.561145 KDa
配列文字列: MRIQNRENLQ LFPFHLVTNS PWPLTTSLAL MSLALTLGLT MHGYIGNHLW LFLAISLVLS SIFLWVRDVV IEGTYLGDHT IAVRKGLNI GFMLFVLSEI LIFAALFWSY FHSAMGPTIE IGCQWPPVGI TSIKPTELPL LNTIILLASG ATVTWAHHSI L YKDRQGTL ...文字列:
MRIQNRENLQ LFPFHLVTNS PWPLTTSLAL MSLALTLGLT MHGYIGNHLW LFLAISLVLS SIFLWVRDVV IEGTYLGDHT IAVRKGLNI GFMLFVLSEI LIFAALFWSY FHSAMGPTIE IGCQWPPVGI TSIKPTELPL LNTIILLASG ATVTWAHHSI L YKDRQGTL VGLFITTLLI ILFVGCQVLE YTWATFTIAD SVFGSIFYAG TGLHFIHMVM LIVMLAICYA RMYFYHFTSN HH LGLETTI LYLHVLDIIW LFLYIVFYWW G

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit 4

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 12.970557 KDa
配列文字列:
QFKTATSIAE VEGLENLVGP GAKTGTVPTD LEQATGLERY ELLGKLEGIE VFDETPLEAV RKGTMKDPIL IDSYDDYRYV GCTGVPADS HNIEWLKPTT EKNARCWECG SVYKLNFL

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 5

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 14.51934 KDa
配列文字列:
NATVTNLEKR WEDLPETDQK DIISQLSERQ KLPWKDLTLS EKKAAWYISF GEWGPRRPVH TKEDKLYIFW GTVIGIVISA TIFGAFRYN RNVPKTMNRE WQAASDEYLK SKNAEPFTGY SQIQS

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 5B

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 6

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 11.851136 KDa
配列文字列:
EETYEEFSQR YEKEFDEAYD LFEVQRVLNN CFSYDIVPSP AVIGKALNAC RRVNDYATAV RVFEGLKHKV ETKEQYDAYL EELKDVREE LGIDLKEELF P

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial

+
分子 #8: Cytochrome c oxidase subunit 7

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 6.573613 KDa
配列文字列:
TATEKIIELQ KFYQSTNKPI YAAHPRSKYY LIPYFGLLGV SVAATLFYTG RACFGIKD

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 7

+
分子 #9: Cytochrome c oxidase subunit 8

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 5.456455 KDa
配列文字列:
DVGPYSNLPF KVKNRRVPYA VPHFLFFAIG MGIPFFACYV QLKRSGSI

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial

+
分子 #10: Cytochrome c oxidase subunit 9

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 6.490561 KDa
配列文字列:
SLTRIQGSVK RRILTDISVG LTLGFGFASY WWWGVHKPTV AHRENYYIEL AKKKKA

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial

+
分子 #11: (2S)-1-phenylpropan-2-amine

分子名称: (2S)-1-phenylpropan-2-amine / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: 1WE
分子量理論値: 135.206 Da
Chemical component information

ChemComp-1WE:
(2S)-1-phenylpropan-2-amine / d-アンフェタミン

+
分子 #12: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #13: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #14: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #15: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 5 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 63.0 K / 最高: 77.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 114678
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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