[日本語] English
万見
- EMDB-42114: Cryo-EM structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42114
タイトルCryo-EM structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament
マップデータstructure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament
試料
  • 複合体: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament
    • タンパク質・ペプチド: Albonoursin synthase
    • タンパク質・ペプチド: Protein AlbB
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
キーワードcyclodipeptide oxidase / cyclic dipeptide oxidase / nitroreductase-like / enzyme filament / flavoenzyme / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


albonoursin synthase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, oxygen as acceptor / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF6092 / Family of unknown function (DUF6092) / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AlbB / Albonoursin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Andreas MP / Giessen TW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133325 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cyclodipeptide oxidase is an enzyme filament.
著者: Michael P Andreas / Tobias W Giessen /
要旨: Modified cyclic dipeptides represent a widespread class of secondary metabolites with diverse pharmacological activities, including antibacterial, antifungal, and antitumor. Here, we report the ...Modified cyclic dipeptides represent a widespread class of secondary metabolites with diverse pharmacological activities, including antibacterial, antifungal, and antitumor. Here, we report the structural characterization of the Streptomyces noursei enzyme AlbAB, a cyclodipeptide oxidase (CDO) carrying out α,β-dehydrogenations during the biosynthesis of the antibiotic albonoursin. We show that AlbAB is a megadalton heterooligomeric enzyme filament containing covalently bound flavin mononucleotide cofactors. We highlight that AlbAB filaments consist of alternating dimers of AlbA and AlbB and that enzyme activity is crucially dependent on filament formation. We show that AlbA-AlbB interactions are highly conserved suggesting that other CDO-like enzymes are likely enzyme filaments. As CDOs have been employed in the structural diversification of cyclic dipeptides, our results will be useful for future applications of CDOs in biocatalysis and chemoenzymatic synthesis.
履歴
登録2023年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42114.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8487 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-1.6960582 - 2.3135126
平均 (標準偏差)-0.000016420823 (±0.038507942)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 305.53198 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_42114_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_42114_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament

全体名称: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament
要素
  • 複合体: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament
    • タンパク質・ペプチド: Albonoursin synthase
    • タンパク質・ペプチド: Protein AlbB
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

-
超分子 #1: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament

超分子名称: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア)

-
分子 #1: Albonoursin synthase

分子名称: Albonoursin synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア)
分子量理論値: 21.071307 KDa
組換発現生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
配列文字列: MLAHSSSESP PESLPDAWTV LKTRTAVRNY AKEPVDDALI EQLLEAMLAA PTASNRQAWS FMVVRRPAAV RRLRAFSPGV LGTPAFFVV ACVDRSLTDN LSPKLSQKIY DTSKLCVAMA VENLLLAAHA AGLGGCPVGS FRSDIVTSML GIPEHIEPML V VPIGRPAT ...文字列:
MLAHSSSESP PESLPDAWTV LKTRTAVRNY AKEPVDDALI EQLLEAMLAA PTASNRQAWS FMVVRRPAAV RRLRAFSPGV LGTPAFFVV ACVDRSLTDN LSPKLSQKIY DTSKLCVAMA VENLLLAAHA AGLGGCPVGS FRSDIVTSML GIPEHIEPML V VPIGRPAT ALVPSQRRAK NEVVNYESWG NRAAAPTA

UniProtKB: Albonoursin synthase

-
分子 #2: Protein AlbB

分子名称: Protein AlbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア)
分子量理論値: 11.583143 KDa
組換発現生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
配列文字列:
MNPGETVLPP QLREEIALLA VYLLSSGRGL LEEPADYGIY RCTDGARRAL QLLDEHGGST ARLTAVRERL DEVMFAPMGE DRDMGAILD DLCRQMADAL PEIETP

UniProtKB: Protein AlbB

-
分子 #3: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris

詳細: 20 mM NaCl, 150 mM Tris pH 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Grid was glow discharged for 60 seconds at 5 mA under vacuum
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Grid was plunge frozen into liquid ethane using the following parameters: blot force- 5, blot time 2 seconds.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3015 / 平均露光時間: 2.03063 sec. / 平均電子線量: 50.12 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 46.063 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 119.969 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
詳細: Final reconstruction was generated by a masked local refinement of the helically refined map. The mask encompassed one dimer of AlbA and two surrounding dimers of AlbB.
使用した粒子像数: 795765
Segment selection選択した数: 1202923 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial map was created using CryoSPARC HelixRefine on selected filament particles
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細A model of AlbAB was created using AlphaFold2 using MMseqs2 via ColabFold. The model was then fit into the cryoEM density using ChimeraX. The model was then iteratively refined using Coot v 0.9.8.1 and real-space refinement in Phenix v 1.20.1-4487.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 107.4
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8uc3:
Cryo-EM structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る