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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42013 | |||||||||
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タイトル | Structural Basis of Human NOX5 Activation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | enzyme / oxidase / activation mechanism / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of fusion of sperm to egg plasma membrane / superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / cytoskeleton-dependent cytokinesis / NADPH oxidase complex / proton channel activity / superoxide anion generation / endothelial cell proliferation / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...regulation of fusion of sperm to egg plasma membrane / superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / cytoskeleton-dependent cytokinesis / NADPH oxidase complex / proton channel activity / superoxide anion generation / endothelial cell proliferation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / proton transmembrane transport / positive regulation of cytokine production / defense response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / angiogenesis / calcium ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / apoptotic process / endoplasmic reticulum / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Cui C / Jiang M / Sun J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Basis of Human NOX5 Activation 著者: Cui C / Jiang M / Sun J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42013.map.gz | 43.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42013-v30.xml emd-42013.xml | 23.3 KB 23.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_42013.png | 75.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42013.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_42013_additional_1.map.gz emd_42013_additional_2.map.gz emd_42013_additional_3.map.gz emd_42013_additional_4.map.gz emd_42013_half_map_1.map.gz emd_42013_half_map_2.map.gz | 40.4 MB 39.8 MB 39.8 MB 49.7 MB 48.8 MB 48.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42013 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42013_validation.pdf.gz | 719.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42013_full_validation.pdf.gz | 718.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42013_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42013_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42013 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.297 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #2
ファイル | emd_42013_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_42013_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #4
ファイル | emd_42013_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_42013_additional_4.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42013_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42013_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NADPH oxidase 5
全体 | 名称: NADPH oxidase 5 |
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要素 |
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-超分子 #1: NADPH oxidase 5
超分子 | 名称: NADPH oxidase 5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: NADPH oxidase 5
分子 | 名称: NADPH oxidase 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 82.118992 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSAEEDARWL RWVTQQFKTI AGEDGEISLQ EFKAALHVKE SFFAERFFAL FDSDRSGTIT LQELQEALTL LIHGSPMDKL KFLFQVYDI DGSGSIDPDE LRTVLQSCLR ESAISLPDEK LDQLTLALFE SADADGNGAI TFEELRDELQ RFPGVMENLT I SAAHWLTA ...文字列: MSAEEDARWL RWVTQQFKTI AGEDGEISLQ EFKAALHVKE SFFAERFFAL FDSDRSGTIT LQELQEALTL LIHGSPMDKL KFLFQVYDI DGSGSIDPDE LRTVLQSCLR ESAISLPDEK LDQLTLALFE SADADGNGAI TFEELRDELQ RFPGVMENLT I SAAHWLTA PAPRPRPRRP RQLTRAYWHN HRSQLFCLAT YAGLHVLLFG LAASAHRDLG ASVMVAKGCG QCLNFDCSFI AV LMLRRCL TWLRATWLAQ VLPLDQNIQF HQLMGYVVVG LSLVHTVAHT VNFVLQAQAE ASPFQFWELL LTTRPGIGWV HGS ASPTGV ALLLLLLLMF ICSSSCIRRS GHFEVFYWTH LSYLLVWLLL IFHGPNFWKW LLVPGILFFL EKAIGLAVSR MAAV CIMEV NLLPSKVTHL LIKRPPFFHY RPGDYLYLNI PTIARYEWHP FTISSAPEQK DTIWLHIRSQ GQWTNRLYES FKASD PLGR GSKRLSRSVT MRKSQRSSKG SEILLEKHKF CNIKCYIDGP YGTPTRRIFA SEHAVLIGAG IGITPFASIL QSIMYR HQK RKHTCPSCQH SWIEGVQDNM KLHKVDFIWI NRDQRSFEWF VSLLTKLEMD QAEEAQYGRF LELHMYMTSA LGKNDMK AI GLQMALDLLA NKEKKDSITG LQTRTQPGRP DWSKVFQKVA AEKKGKVQVF FCGSPALAKV LKGHCEKFGF RFFQENF UniProtKB: NADPH oxidase 5 |
-分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: FAD |
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分子量 | 理論値: 785.55 Da |
Chemical component information | ChemComp-FAD: |
-分子 #3: DODECANE
分子 | 名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: D12 |
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分子量 | 理論値: 170.335 Da |
Chemical component information | ChemComp-D12: |
-分子 #4: DECANE
分子 | 名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: D10 |
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分子量 | 理論値: 142.282 Da |
Chemical component information | ChemComp-D10: |
-分子 #5: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子 | 名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAP |
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分子量 | 理論値: 743.405 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAP: |
-分子 #6: HEME B/C
分子 | 名称: HEME B/C / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: HEB |
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分子量 | 理論値: 618.503 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEB: |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 220000 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |