+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41911 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mechanically activated ion channel OSCA3.1 in nanodiscs | |||||||||
マップデータ | Map postprocessed with LocalDeblur | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Mechanically activated ion channel / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasmodesma / calcium-activated cation channel activity / chloroplast envelope / plant-type vacuole / mRNA binding / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Jojoa-Cruz S / Lee WH / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Structure-guided mutagenesis of OSCAs reveals differential activation to mechanical stimuli. 著者: Sebastian Jojoa-Cruz / Adrienne E Dubin / Wen-Hsin Lee / Andrew B Ward / 要旨: The dimeric two-pore OSCA/TMEM63 family has recently been identified as mechanically activated ion channels. Previously, based on the unique features of the structure of OSCA1.2, we postulated the ...The dimeric two-pore OSCA/TMEM63 family has recently been identified as mechanically activated ion channels. Previously, based on the unique features of the structure of OSCA1.2, we postulated the potential involvement of several structural elements in sensing membrane tension (Jojoa-Cruz et al., 2018). Interestingly, while OSCA1, 2, and 3 clades are activated by membrane stretch in cell-attached patches (i.e. they are stretch-activated channels), they differ in their ability to transduce membrane deformation induced by a blunt probe (poking). Here, in an effort to understand the domains contributing to mechanical signal transduction, we used cryo-electron microscopy to solve the structure of (At) OSCA3.1, which, unlike AtOSCA1.2, only produced stretch- but not poke-activated currents in our initial characterization (Murthy et al., 2018). Mutagenesis and electrophysiological assessment of conserved and divergent putative mechanosensitive features of OSCA1.2 reveal a selective disruption of the macroscopic currents elicited by poking without considerable effects on stretch-activated currents (SAC). Our results support the involvement of the amphipathic helix and lipid-interacting residues in the membrane fenestration in the response to poking. Our findings position these two structural elements as potential sources of functional diversity within the family. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41911.map.gz | 22.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-41911-v30.xml emd-41911.xml | 21 KB 21 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41911_fsc.xml | 7.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41911.png | 109.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41911.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_41911_additional_1.map.gz emd_41911_half_map_1.map.gz emd_41911_half_map_2.map.gz | 26.4 MB 22.4 MB 22.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41911 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41911_validation.pdf.gz | 794.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_41911_full_validation.pdf.gz | 793.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41911_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41911_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41911 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8u53MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Map postprocessed with LocalDeblur | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Map postprocessed with DeepEMhance
ファイル | emd_41911_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Map postprocessed with DeepEMhance | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_41911_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_41911_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : OSCA3.1 dimer in nanodisc
全体 | 名称: OSCA3.1 dimer in nanodisc |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: OSCA3.1 dimer in nanodisc
超分子 | 名称: OSCA3.1 dimer in nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 164 KDa |
-分子 #1: CSC1-like protein ERD4
分子 | 名称: CSC1-like protein ERD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: The last 10 residues (GTGTLEVLFQ) are leftover of a linker and protease site. コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 81.878898 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEFGSFLVSL GTSFVIFVIL MLLFTWLSRK SGNAPIYYPN RILKGLEPWE GTSLTRNPFA WMREALTSSE QDVVNLSGVD TAVHFVFLS TVLGIFACSS LLLLPTLLPL AATDNNIKNT KNATDTTSKG TFSQLDNLSM ANITKKSSRL WAFLGAVYWI S LVTYFFLW ...文字列: MEFGSFLVSL GTSFVIFVIL MLLFTWLSRK SGNAPIYYPN RILKGLEPWE GTSLTRNPFA WMREALTSSE QDVVNLSGVD TAVHFVFLS TVLGIFACSS LLLLPTLLPL AATDNNIKNT KNATDTTSKG TFSQLDNLSM ANITKKSSRL WAFLGAVYWI S LVTYFFLW KAYKHVSSLR AQALMSADVK PEQFAILVRD MPAPPDGQTQ KEFIDSYFRE IYPETFYRSL VATEN(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)K KKLARAEAIL AATNNRPTN KTGFCGLVGK QVD(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)AE KQQTAAVVFF TTRVAAASAA QSL HCQMVD KWTVTEAPEP RQLLWQNLNI KLFSRIIRQY FIYFFVAVTI LFYMIPIAFV SAITTLKNLQ RIIPFIKPVV EITA IRTVL ESFLPQIALI VFLAMLPKLL LFLSKAEGIP SQSHAIRAAS GKYFYFSVFN VFIGVTLAGT LFNTVKDIAK NPKLD MIIN LLATSLPKSA TFFLTYVALK FFIGYGLELS RIIPLIIFHL KKKYLCKTEA EVKEAWYPGD LSYATRVPGD MLILTI TFC YSVIAPLILI FGITYFGLGW LVLRNQALKV YVPSYESYGR MWPHIHQRIL AALFLFQVVM FGYLGAKTFF YTALVIP LI ITSLIFGYVC RQKFYGGFEH TALEVACREL KQSPDLEEIF RAYIPHSLSS HKPEEHEFKG AMSRYQDFNA IAGVGTGT L EVLFQ UniProtKB: CSC1-like protein ERD4 |
-分子 #2: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CPL |
---|---|
分子量 | 理論値: 758.06 Da |
Chemical component information | ChemComp-CPL: |
-分子 #3: [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl...
分子 | 名称: [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl] octadecanoate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: 82T |
---|---|
分子量 | 理論値: 481.603 Da |
Chemical component information | ChemComp-82T: |
-分子 #4: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 20 / 式: PLM |
---|---|
分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.2 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-38 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8375 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 詳細: Only micrographs with a CTF estimate of 2.6A or better were used for processing |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |