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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41865 | |||||||||
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タイトル | DdmDE handover complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | DdmE / DdmD / pAgo / helicase / nuclease / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein / Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Bravo JPK / Taylor DW | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Plasmid targeting and destruction by the DdmDE bacterial defence system. 著者: Jack P K Bravo / Delisa A Ramos / Rodrigo Fregoso Ocampo / Caiden Ingram / David W Taylor / 要旨: Although eukaryotic Argonautes have a pivotal role in post-transcriptional gene regulation through nucleic acid cleavage, some short prokaryotic Argonaute variants (pAgos) rely on auxiliary nuclease ...Although eukaryotic Argonautes have a pivotal role in post-transcriptional gene regulation through nucleic acid cleavage, some short prokaryotic Argonaute variants (pAgos) rely on auxiliary nuclease factors for efficient foreign DNA degradation. Here we reveal the activation pathway of the DNA defence module DdmDE system, which rapidly eliminates small, multicopy plasmids from the Vibrio cholerae seventh pandemic strain (7PET). Through a combination of cryo-electron microscopy, biochemistry and in vivo plasmid clearance assays, we demonstrate that DdmE is a catalytically inactive, DNA-guided, DNA-targeting pAgo with a distinctive insertion domain. We observe that the helicase-nuclease DdmD transitions from an autoinhibited, dimeric complex to a monomeric state upon loading of single-stranded DNA targets. Furthermore, the complete structure of the DdmDE-guide-target handover complex provides a comprehensive view into how DNA recognition triggers processive plasmid destruction. Our work establishes a mechanistic foundation for how pAgos utilize ancillary factors to achieve plasmid clearance, and provides insights into anti-plasmid immunity in bacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41865.map.gz | 256.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41865-v30.xml emd-41865.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41865.png | 87.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41865.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_41865_additional_1.map.gz emd_41865_half_map_1.map.gz emd_41865_half_map_2.map.gz | 256.5 MB 474.7 MB 474.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41865 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41865 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41865_validation.pdf.gz | 759 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41865_full_validation.pdf.gz | 758.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41865_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41865_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41865 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41865 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41865.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_41865_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41865_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41865_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DdmD apo dimer
全体 | 名称: DdmD apo dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: DdmD apo dimer
超分子 | 名称: DdmD apo dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
-分子 #1: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein
分子 | 名称: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 140.011953 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFMYSVFTCR YWRYIMVRLI KHQQLLGEYC MNVSIEEFTH FDFQLVPEPS PLDLVITESL KNHIEVNGVK SGALLPLPFQ TGIGKTYTA LNFLLQQMLE QVRSELKEEN TGKKSKRLLY YVTDSVDNVV SAKADLLKLI EKQTVKGEPR FTLEQQEYLK A QIVHLPNQ ...文字列: MFMYSVFTCR YWRYIMVRLI KHQQLLGEYC MNVSIEEFTH FDFQLVPEPS PLDLVITESL KNHIEVNGVK SGALLPLPFQ TGIGKTYTA LNFLLQQMLE QVRSELKEEN TGKKSKRLLY YVTDSVDNVV SAKADLLKLI EKQTVKGEPR FTLEQQEYLK A QIVHLPNQ SEQLLQCSDA VLNDVLIGFN LNAERDVQAE WSAISGLRRH ASNPEVKISL NRQAGYFYRN LIDRLQKKQK GA DRVLLSG SLLASVETLL PGEKIRNGSA HVAFLTTSKF LKGFHNTRSR YSPLRDLSGA VLIIDEIDKQ NQVILSELCK QQA QDLIWA IRTLRANFRD HQLESSPRYD KIEDLFEPLR ERLEEFGTNW NLAFAFNTEG ANLNERPVRL FSDRSFTHVS SATH KLSLK SDFLRRKNLI FSDEKVEGSL IEKHGLLTRF VNEADVIYQW FLGTMRKAVF QYWENVRGLE IEVRENRSLE GTFQE AVQS LLTHFNLQEF ESAVYESFDT RGLRQSAGGK ANKLSSSKSY HHTGLKLVEV AHNQGTRDTV NCKASFLNTS PSGVLA DMV DAGAVILGIS ATARADTVIH NFDFKYLNER LGNKLLSLSR EQKQRVNNYY HSRRNYKDNG VVLTVKYLNS RDAFLDA LL EEYKPEARSS HFILNHYLGI AESEQAFVRS WLSKLLASIK AFISSPDNRY MLSLLNRTLD TTRQNINDFI QFCCDKWA K EFNVKTKTFF GVNADWMRLV GYDEISKHLN TELGKVVVFS TYASMGAGKN PDYAVNLALE GESLISVADV TYSTQLRSD IDSIYLEKPT QLLLSDDYSH TANQLCQFHQ ILSLQENGEL SPKSAENWCR QQLMGMSRER SLQQYHQTSD YQSAVRKYIE QAVGRAGRT SLKRKQILLF VDSGLKEILA EESRDPSLFS HEYVALVNKA KSAGKSIVED RAVRRLFNLA QRNNKDGMLS I KALVHRLH NQPASKSDIQ EWQDIRTQLL RYPTVAFQPE RFNRLYLQSM TKGYYRYQGN LDGDPNSFEF FDRVPYGDMV SE EDCSLAT LVQNQYVRPW FERKGFACSW QKEANVMTPI MFTNIYKGAL GEQAVEAVLT AFDFTFEEVP NSIYERFDNR VIF AGIEQP IWLDSKYWKH EGNESSEGYS SKIALVEEEF GPSKFIYVNA LGDTSKPIRY LNSCFVETSP QLAKVIEIPA LIDD SNADT NRTAVQELIK WLHHS UniProtKB: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein |
-分子 #4: DdmE
分子 | 名称: DdmE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 79.195891 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVTPQLEPSS QGPLSTLIEQ ISIDTDWVDR SFAIYCVSYK GIDFSERPKR LVTLASETYK SGSVYCLVKG ANKEACYWVL LPKDSKLDL KDTSLAIKPS SAAELPTWQL ARLLIKAIPK VLSGTMPEIK RFESEGLYYL VKSKKLPKDH SGYELTTVEI D LAPCAALG ...文字列: MVTPQLEPSS QGPLSTLIEQ ISIDTDWVDR SFAIYCVSYK GIDFSERPKR LVTLASETYK SGSVYCLVKG ANKEACYWVL LPKDSKLDL KDTSLAIKPS SAAELPTWQL ARLLIKAIPK VLSGTMPEIK RFESEGLYYL VKSKKLPKDH SGYELTTVEI D LAPCAALG FKQTLSMGTK TFSPLSWFTL ENGEVQKKAR FATRYQLDDV GKLVSKSIKG DYIKKPLYSN AKNRIQAIDI TK ESYSGFQ LSKVGILEQF MQDLKQAYGD SVSVKLQRIP GEKHRFVSDT IVKNHYVGLF DALKEHRLVI CDLTENQDTD AAL TLLHGI EHLDINAEIA EVPIRGALNI LIVGNKDTYK SDEEDPYQVY RKKYQDTVFQ SCYPERLWNR QGQPNRHVVE VLLK ELLIK LEVHTRKHLI EYPSGPERCV YYMPQRPKDE SSEVRDEPWP VYASKLVGDE WQYTQATQEE LEDIELDLGN DKRHV FHGF ERSPVIYWPE TGDYAIFIDT GIQMLPEFEA VAERLRELKE GRSQDVPIAL LAQFIEENPE SKVINKLRAI LSEWDD VAP LPFDEFSTIA YKSSDEKQFY DWLREQGFFL KTSIRGQSEG FFNASLGFFY NREQGMYFAG GKGSPQSKIE TFSHLYL IK HSFDALPEEV ENLFDVYHLR HRLPTVTPYP FKHLREYVEM QRFRS UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: DNA (29-MER)
分子 | 名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 8.777658 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) |
-分子 #3: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*AP*C)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*AP*C)-3') タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 4.657059 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC) |
-分子 #5: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 3.301163 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1497134 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |