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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Apo Sialin at pH5.0 | ||||||||||||
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![]() | Transporter / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() sialic acid:proton symporter activity / sialic acid transport / D-glucuronate transmembrane transporter activity / Defective SLC17A5 causes Salla disease (SD) and ISSD / Organic anion transporters / sialic acid transmembrane transporter activity / carbohydrate:proton symporter activity / Sialic acid metabolism / monoatomic anion transport / amino acid transport ...sialic acid:proton symporter activity / sialic acid transport / D-glucuronate transmembrane transporter activity / Defective SLC17A5 causes Salla disease (SD) and ISSD / Organic anion transporters / sialic acid transmembrane transporter activity / carbohydrate:proton symporter activity / Sialic acid metabolism / monoatomic anion transport / amino acid transport / monoatomic ion transport / response to bacterium / synaptic vesicle membrane / basolateral plasma membrane / lysosome / lysosomal membrane / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | ||||||||||||
![]() | Schmiege P / Li X | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Apo Sialin at pH5.0 著者: Schmiege P / Li X | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 24.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 938.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 938 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8u3eMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41859_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41859_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Structure of Apo Sialin at pH5.0
全体 | 名称: Structure of Apo Sialin at pH5.0 |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of Apo Sialin at pH5.0
超分子 | 名称: Structure of Apo Sialin at pH5.0 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Sialin
分子 | 名称: Sialin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 55.681137 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKR SPVRDLARND GEESTDRTPL LPGAPRAEAA PVCCSARYNL AILAFFGFFI VYALRVNLSV ALVDMVDSNT TLEDNRTSK ACPEHSAPIK VHHNQTGKKY QWDAETQGWI LGSFFYGYII TQIPGGYVAS KIGGKMLLGF GILGTAVLTL F TPIAADLG ...文字列: MDYKDDDDKR SPVRDLARND GEESTDRTPL LPGAPRAEAA PVCCSARYNL AILAFFGFFI VYALRVNLSV ALVDMVDSNT TLEDNRTSK ACPEHSAPIK VHHNQTGKKY QWDAETQGWI LGSFFYGYII TQIPGGYVAS KIGGKMLLGF GILGTAVLTL F TPIAADLG VGPLIVLRAL EGLGEGVTFP AMHAMWSSWA PPLERSKLLS ISYAGAQLGT VISLPLSGII CYYMNWTYVF YF FGTIGIF WFLLWIWLVS DTPQKHKRIS HYEKEYILSS LRNQLSSQKS VPWVPILKSL PLWAIVVAHF SYNWTFYTLL TLL PTYMKE ILRFNVQENG FLSSLPYLGS WLCMILSGQA ADNLRAKWNF STLCVRRIFS LIGMIGPAVF LVAAGFIGCD YSLA VAFLT ISTTLGGFCS SGFSINHLDI APSYAGILLG ITNTFATIPG MVGPVIAKSL TPDNTVGEWQ TVFYIAAAIN VFGAI FFTL FAKGEVQNWA LNDHHGHRH UniProtKB: Sialin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 135283 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |