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- EMDB-41713: Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal base-targeti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41713
タイトルLassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal base-targeting antibody Base-1
マップデータ
試料
  • 複合体: Heterotrimeric Lassa GPC bound to heterodimeric rabbit polyclonal base-targeting antibody Base-1
    • 複合体: Glycoprotein G1, Glycoprotein G2, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase fusion protein
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G1
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase fusion protein
    • 複合体: Polyclonal antibody Base-1 heavy chain, Polyclonal antibody Base-1 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Polyclonal antibody Base-1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Polyclonal antibody Base-1 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードLassa virus glycoprotein complex / GPC / immune complex / antibody / polyclonal antibody / base antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / lyase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus (ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Perrett HR / Brouwer PJM / Ward AB
資金援助 米国, オランダ, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1F31Al172358 米国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)Rubicon Fellowship オランダ
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI71438 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mapping of vaccine-induced humoral responses to the Lassa virus glycoprotein reveals off-target and immunodominant responses
著者: Brouwer PJM / Perrett HR / Nijhuis H / Lee W-H / Burger J / Lloyd NM / Himansu S / Beaumont T / Carfi A / Bukreyev A / Sanders RW / van Gils MJ / Ward AB
履歴
登録2023年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41713.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.56 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.56 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.253
最小 - 最大-0.65011156 - 1.3511515
平均 (標準偏差)-0.000980329 (±0.04458858)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41713_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_41713_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41713_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41713_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heterotrimeric Lassa GPC bound to heterodimeric rabbit polyclonal...

全体名称: Heterotrimeric Lassa GPC bound to heterodimeric rabbit polyclonal base-targeting antibody Base-1
要素
  • 複合体: Heterotrimeric Lassa GPC bound to heterodimeric rabbit polyclonal base-targeting antibody Base-1
    • 複合体: Glycoprotein G1, Glycoprotein G2, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase fusion protein
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G1
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase fusion protein
    • 複合体: Polyclonal antibody Base-1 heavy chain, Polyclonal antibody Base-1 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Polyclonal antibody Base-1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Polyclonal antibody Base-1 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Heterotrimeric Lassa GPC bound to heterodimeric rabbit polyclonal...

超分子名称: Heterotrimeric Lassa GPC bound to heterodimeric rabbit polyclonal base-targeting antibody Base-1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: Glycoprotein G1, Glycoprotein G2, 2-dehydro-3-deoxyphosphoglucona...

超分子名称: Glycoprotein G1, Glycoprotein G2, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase fusion protein
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976

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超分子 #3: Polyclonal antibody Base-1 heavy chain, Polyclonal antibody Base-...

超分子名称: Polyclonal antibody Base-1 heavy chain, Polyclonal antibody Base-1 light chain
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Glycoprotein G1

分子名称: Glycoprotein G1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976
分子量理論値: 29.010352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQT LELNMETLNM TMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKKNLY DHALMSIIST FHLSIPNFNQ YEAMSCDFNG G KISVQYNL ...文字列:
MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQT LELNMETLNM TMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKKNLY DHALMSIIST FHLSIPNFNQ YEAMSCDFNG G KISVQYNL SHSYAGDAAN HCGTVANGVL QTFMRMAWGG SYIALDSGCG NWDCIMTSYQ YLIIQNTTWE DHCQFSRPSP IG YLGLLSQ RTRDIYISRR LL

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #2: Polyclonal antibody Base-1 heavy chain

分子名称: Polyclonal antibody Base-1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.209344 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #3: Polyclonal antibody Base-1 light chain

分子名称: Polyclonal antibody Base-1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.124238 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #4: Glycoprotein G2, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hyd...

分子名称: Glycoprotein G2, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase fusion protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8
分子量理論値: 44.765047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GTFTWTLSDS EGKDTPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIQRLKAP AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MCIPYCNYSK YWYLNHTTTG RTSLPKCWLV SNGSYLNETH FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y MERQGGSG ...文字列:
GTFTWTLSDS EGKDTPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIQRLKAP AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MCIPYCNYSK YWYLNHTTTG RTSLPKCWLV SNGSYLNETH FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y MERQGGSG GSGGSGGSGG SEKAAKAEEA ARKMEELFKK HKIVAVLRAN SVEEAIEKAV AVFAGGVHLI EITFTVPDAD TV IKALSVL KEKGAIIGAG TVTSVEQCRK AVESGAEFIV SPHLDEEISQ FCKEKGVFYM PGVMTPTELV KAMKLGHDIL KLF PGEVVG PEFVKAMKGP FPNVKFVPTG GVDLDNVCEW FDAGVLAVGV GDALVEGDPD EVREKAKEFV EKIRGCTEGS LEWS HPQFE K

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8ejd

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 30182
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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