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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41615 | |||||||||
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タイトル | The Capsid of Porcine Bocavirus 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Parvovirus / PBoV1 / Porcine Bocavirus / Capsid / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP2 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Porcine bocavirus 1 pig/ZJD/China/2006 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Velez M / Mietzsch M / McKenna R / Afione S / Zeher A / Huang R / Chiorini J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2023 タイトル: Structural Characterization of Canine Minute Virus, Rat and Porcine Bocavirus. 著者: Michael Velez / Mario Mietzsch / Jane Hsi / Logan Bell / Paul Chipman / Xiaofeng Fu / Robert McKenna / 要旨: is an expansive genus of the , with a wide range of vertebrate hosts. This study investigates Canine minute virus (CnMV), Rat bocavirus (RBoV), and Porcine bocavirus 1 (PBoV1). Both CnMV and PBoV1 ... is an expansive genus of the , with a wide range of vertebrate hosts. This study investigates Canine minute virus (CnMV), Rat bocavirus (RBoV), and Porcine bocavirus 1 (PBoV1). Both CnMV and PBoV1 have been found in gastrointestinal infections in their respective hosts, with CnMV responsible for spontaneous abortions in dogs, while PBoV has been associated with encephalomyelitis in piglets. The pathogenicity of the recently identified RBoV is currently unknown. To initiate the characterization of these viruses, their capsids structures were determined by cryo-electron microscopy at resolutions ranging from 2.3 to 2.7 Å. Compared to other parvoviruses, the CnMV, PBoV1, and RBoV capsids showed conserved features, such as the channel at the fivefold symmetry axis. However, major differences were observed at the two- and threefold axes. While CnMV displays prominent threefold protrusions, the same region is more recessed in PBoV1 and RBoV. Furthermore, the typical twofold axis depression of parvoviral capsids is absent in CnMV or very small in PBoV and RBoV. These capsid structures extend the structural portfolio for the genus and will allow future characterization of these pathogens on a molecular level. This is important, as no antivirals or vaccines exist for these viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41615.map.gz | 263 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41615-v30.xml emd-41615.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41615.png | 277.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41615.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_41615_half_map_1.map.gz emd_41615_half_map_2.map.gz | 110 MB 109.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41615 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41615 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41615_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41615_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41615_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41615_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41615 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41615 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41615.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.913 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41615_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41615_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Porcine bocavirus 1 pig/ZJD/China/2006
全体 | 名称: Porcine bocavirus 1 pig/ZJD/China/2006 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Porcine bocavirus 1 pig/ZJD/China/2006
超分子 | 名称: Porcine bocavirus 1 pig/ZJD/China/2006 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 795694 / 生物種: Porcine bocavirus 1 pig/ZJD/China/2006 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porcine bocavirus 1 pig/ZJD/China/2006 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 63.370266 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSSGGDPSED TGAGDGEQGG ESSAMAGRSG GGMGGGGGGG GSVGFSTGGW EGGTYFSDHT VTTTNTRQWY TGILNGHRYS KLAQTTGSN LQAAKPWVGI QTPWAYLNLN CYHCHFSPQD WQRLLNEYKA WRPKRMHVRI YNLQIKQITT VGADTLYQND L TAGVHIFC ...文字列: MSSGGDPSED TGAGDGEQGG ESSAMAGRSG GGMGGGGGGG GSVGFSTGGW EGGTYFSDHT VTTTNTRQWY TGILNGHRYS KLAQTTGSN LQAAKPWVGI QTPWAYLNLN CYHCHFSPQD WQRLLNEYKA WRPKRMHVRI YNLQIKQITT VGADTLYQND L TAGVHIFC DGSHQYPYAQ HPWDEGASPE LPNEIWKLPQ YAYFQYQGDL TDHATANTPQ NVESMLRSNI PLFLLENSNH EV LRTGEMT EFSFTFQSGW VTNDRAYCCP QSDFNPLVQT RRYYPTWNGS SNSYSYNRYG PYKKPSNWMP GPGLAYKGAT HTN QNPDDA RGPIVTTIAP RGTISVGSTP SNDAPNDGDN TISSDGVKQG GWQTAPVNGA CSRTDYPTLA FDPSDRSTNQ NIPT RNLDI DMTRWYRVHE PVRSGNGSTY YNVDDVWMYP NQVWNSTPIC RDNPIWDKVP RTDHHTLLDS SDGTLPMKHP PGNIF IKCA KIPIPTSNNT DSYLNIYVTG QVTYTVEWEV QRYQTKNWRP ELRTSAGTYN QHEIYNIGEN GTYNRANTFN ECMPTK CGI NRVL UniProtKB: VP2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98388 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |