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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41569 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HmAb64 scFv in complex with CNE40 SOSIP trimer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HIV / Env / glycoprotein / mAb / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Chan K-W / Kong XP | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Human CD4-binding site antibody elicited by polyvalent DNA prime-protein boost vaccine neutralizes cross-clade tier-2-HIV strains. 著者: Shixia Wang / Kun-Wei Chan / Danlan Wei / Xiuwen Ma / Shuying Liu / Guangnan Hu / Saeyoung Park / Ruimin Pan / Ying Gu / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Kai Xu / Bob C Lin / Mark K Louder ...著者: Shixia Wang / Kun-Wei Chan / Danlan Wei / Xiuwen Ma / Shuying Liu / Guangnan Hu / Saeyoung Park / Ruimin Pan / Ying Gu / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Kai Xu / Bob C Lin / Mark K Louder / Krisha McKee / Nicole A Doria-Rose / David Montefiori / Michael S Seaman / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / James Arthos / Xiang-Peng Kong / Shan Lu / 要旨: The vaccine elicitation of HIV tier-2-neutralization antibodies has been a challenge. Here, we report the isolation and characterization of a CD4-binding site (CD4bs) specific monoclonal antibody, ...The vaccine elicitation of HIV tier-2-neutralization antibodies has been a challenge. Here, we report the isolation and characterization of a CD4-binding site (CD4bs) specific monoclonal antibody, HmAb64, from a human volunteer immunized with a polyvalent DNA prime-protein boost HIV vaccine. HmAb64 is derived from heavy chain variable germline gene IGHV1-18 and light chain germline gene IGKV1-39. It has a third heavy chain complementarity-determining region (CDR H3) of 15 amino acids. On a cross-clade panel of 208 HIV-1 pseudo-virus strains, HmAb64 neutralized 20 (10%), including tier-2 strains from clades B, BC, C, and G. The cryo-EM structure of the antigen-binding fragment of HmAb64 in complex with a CNE40 SOSIP trimer revealed details of its recognition; HmAb64 uses both heavy and light CDR3s to recognize the CD4-binding loop, a critical component of the CD4bs. This study demonstrates that a gp120-based vaccine can elicit antibodies capable of tier 2-HIV neutralization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41569.map.gz | 229.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41569-v30.xml emd-41569.xml | 20.4 KB 20.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41569.png | 75.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41569.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_41569_half_map_1.map.gz emd_41569_half_map_2.map.gz | 226.1 MB 226.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41569 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41569 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41569_validation.pdf.gz | 746.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41569_full_validation.pdf.gz | 745.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41569_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41569_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41569 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41569 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tr3MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.852 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41569_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41569_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 3D structure of HmAb64 Fv in complex with CNE40 SOSIP trimer
全体 | 名称: 3D structure of HmAb64 Fv in complex with CNE40 SOSIP trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: 3D structure of HmAb64 Fv in complex with CNE40 SOSIP trimer
超分子 | 名称: 3D structure of HmAb64 Fv in complex with CNE40 SOSIP trimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: HmAb64 Fv
超分子 | 名称: HmAb64 Fv / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: CNE40 SOSIP trimer
超分子 | 名称: CNE40 SOSIP trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: CNE40 SOSIP Envelope glycoprotein gp120
分子 | 名称: CNE40 SOSIP Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 55.018422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GNLWVTVYYG VPVWKEATTT LFCASDAKAY DTEVHNVWAT HACVPADPNP QEMLLKNVTE NFNMWKNEMV NQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNVKINSTS NETCIDSGNN STCNETYKEM RNCSFNATTV VRDKQQKMYA LFYKLDIVPL N SGYKNSSD ...文字列: GNLWVTVYYG VPVWKEATTT LFCASDAKAY DTEVHNVWAT HACVPADPNP QEMLLKNVTE NFNMWKNEMV NQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNVKINSTS NETCIDSGNN STCNETYKEM RNCSFNATTV VRDKQQKMYA LFYKLDIVPL N SGYKNSSD ETYRLINCNT SAITQACPKV SFDPIPIHYC TPAGYALLKC NNKTFNGTGP CNNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LL LNGSLAE EEIIIRSENL TNNAKTIIVH LKEPVNITCE RPNNNTRKSI RIGPGQTFYA TGDIIGNIRE AHCNISRSQW NKT LQGVGE KLAELFPNKT IVFKNSSGGD LEITTHSFNC RGEFFYCNTT DLFNSTYWSN GTYITQSNSS SINITLPCRI KQII NMWQE VGRAIYAPPI AGQITCISNI TGLLLLRDGG KEANGTEIFR PGGGDMRDNW RSELYKYKVV EIKPLGVAPT KCRRR VVER RRRRR UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #2: CNE40 SOSIP Transmembrane protein gp41
分子 | 名称: CNE40 SOSIP Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.205479 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASITLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLKAPEA QQHLLQLTVW GIKQLQTRVL AIERYLKDQQ LLGIWGCSG KLICCTAVPW NSSWSNKSQT EIWNNMTWMQ WDREINNYTD IIYRLLEESQ NQQENNEEDL LALD UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #3: HmAb64 Fv heavy chain
分子 | 名称: HmAb64 Fv heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.745402 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYDITWVRQA PGQGLEWMGW ISAYNGDTNY AQRLQGRVTM TTDTSTSTAY MELRSLRSD DTAVYYCARA KHTVLVTAMR WFDPWGQGTL VTVSS |
-分子 #4: HmAb64 Fv light chain
分子 | 名称: HmAb64 Fv light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.852093 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS NYLNWYQQKP GKAPKLLISA TSSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP DDFATYYCQ QSYSTPWTFG QGTKLEIKRT |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 27 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 56.76 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 316221 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |