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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41441 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of H7 hemagglutinin from A/Shanghai2/2013 H7N9 in complex with a human neutralizing antibody H7.HK2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | virus / antibody / influenza / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A/Shanghai/02/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å | |||||||||
データ登録者 | Morano NC / Becker JE / Wu X / Shapiro L | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of H7 hemagglutinin from A/Shanghai2/2013 H7N9 in complex with a human neutralizing antibody H7.HK1 著者: Morano NC / Wu X / Shapiro L | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41441.map.gz | 203.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41441-v30.xml emd-41441.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41441.png | 138.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41441.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_41441_half_map_1.map.gz emd_41441_half_map_2.map.gz | 200.8 MB 200.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41441 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41441 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41441_validation.pdf.gz | 851.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41441_full_validation.pdf.gz | 851.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41441_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41441_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41441 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41441 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8toaMC 8tnlC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41441_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41441_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : H7 hemagglutinin from A/Shanghai2/2013 H7N9 in complex with a hum...
全体 | 名称: H7 hemagglutinin from A/Shanghai2/2013 H7N9 in complex with a human neutralizing antibody H7.HK1 |
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要素 |
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-超分子 #1: H7 hemagglutinin from A/Shanghai2/2013 H7N9 in complex with a hum...
超分子 | 名称: H7 hemagglutinin from A/Shanghai2/2013 H7N9 in complex with a human neutralizing antibody H7.HK1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: H7.HK2 Neutralizing Antibody Heavy Chain
分子 | 名称: H7.HK2 Neutralizing Antibody Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.104523 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQGSGPG LLRPSETLSL TCSVSGVSIN SYYWSWVRQP PGKALEWIGY IYYSGNTNYN PSLESRVTIS VDRSKNQFSL KMTSVTAAD TARYFCARQG IFGDYGSDYW GPGTLVTVSS |
-分子 #2: H7.HK2 Neutralizing Antibody Light Chain
分子 | 名称: H7.HK2 Neutralizing Antibody Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.18963 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSNQSLQ HSNGYVHLDW YRQKPGQSPH LLIYLGFNRA SGVPDRFSGG GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQGLQT PFTFGPGTTV DLK |
-分子 #3: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Shanghai/02/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 63.075688 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MNTQILVFAL IAIIPTNADK ICLGHHAVSN GTKVNTLCER GVEVVNATET VERTNIPRIC SKGKRTVDLG QCGLLGTITG PPQCDQFLE FSADLIIERR EGSDVCYPGK FVNEEALRQI LRESGGIDKE AMGFTYSGIR TNGATSSCRR SGSSFYAEMK W LLSNTDNA ...文字列: MNTQILVFAL IAIIPTNADK ICLGHHAVSN GTKVNTLCER GVEVVNATET VERTNIPRIC SKGKRTVDLG QCGLLGTITG PPQCDQFLE FSADLIIERR EGSDVCYPGK FVNEEALRQI LRESGGIDKE AMGFTYSGIR TNGATSSCRR SGSSFYAEMK W LLSNTDNA AFPQMTKSYK NTRKNPALIV WGIHHSGSTA EQTKLYGSGN KLVTVGSSNY QQSFVPSPGA RTQVNGQSGR ID FHWLMLN PNDTVTFSFN GAFIAPDRAS FLRGKSMGIQ SGVQVDADCE GDCYYSGGTI ISNLPFQNID SRAVGKCPRY VKQ RSLLLA TGMKNVPEIP KGRRRRRRGL FGAIAGFIEN GWEGLIDGWY GFRHQNAQGE GTAADYKSTQ SAIDCITGKL NRLI EKTNQ QFELIDNEFT EVEKQIGNVI NWTRDSITEV WSYNAELLVA MENQHTIDLA DSEMDKLYER VKRQLRENAE EDGTG CFEI FHKCDDDCMA SIRNNTYDHS KYREEAMQNR IQIDGVSGRL VPRGSPGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLG HHH HHH UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 11 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.06 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 191469 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |