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- EMDB-41440: Cryo-EM structure of TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trim... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41440
タイトルCryo-EM structure of TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer ConC SOSIP
マップデータ
試料
  • 複合体: TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer ConC SOSIP
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: TRNM-f*01 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TRNM-f*01 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードAntibody / Vaccination / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å
データ登録者Roark RS / Morano NC / Shapiro LS / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Potent and broad HIV-1 neutralization in fusion peptide-primed SHIV-infected macaques.
著者: Hua Wang / Cheng Cheng / James L Dal Santo / Chen-Hsiang Shen / Tatsiana Bylund / Amy R Henry / Colin A Howe / Juyun Hwang / Nicholas C Morano / Daniel J Morris / Sergei Pletnev / Ryan S ...著者: Hua Wang / Cheng Cheng / James L Dal Santo / Chen-Hsiang Shen / Tatsiana Bylund / Amy R Henry / Colin A Howe / Juyun Hwang / Nicholas C Morano / Daniel J Morris / Sergei Pletnev / Ryan S Roark / Tongqing Zhou / Bryan T Hansen / Forrest H Hoyt / Timothy S Johnston / Shuyi Wang / Baoshan Zhang / David R Ambrozak / Jordan E Becker / Michael F Bender / Anita Changela / Ridhi Chaudhary / Martin Corcoran / Angela R Corrigan / Kathryn E Foulds / Yicheng Guo / Myungjin Lee / Yingying Li / Bob C Lin / Tracy Liu / Mark K Louder / Marco Mandolesi / Rosemarie D Mason / Krisha McKee / Vinod Nair / Sijy O'Dell / Adam S Olia / Li Ou / Amarendra Pegu / Nagarajan Raju / Reda Rawi / Jesmine Roberts-Torres / Edward K Sarfo / Mallika Sastry / Andrew J Schaub / Stephen D Schmidt / Chaim A Schramm / Cindi L Schwartz / Sarah C Smith / Tyler Stephens / Jonathan Stuckey / I-Ting Teng / John-Paul Todd / Yaroslav Tsybovsky / David J Van Wazer / Shuishu Wang / Nicole A Doria-Rose / Elizabeth R Fischer / Ivelin S Georgiev / Gunilla B Karlsson Hedestam / Zizhang Sheng / Ruth A Woodward / Daniel C Douek / Richard A Koup / Theodore C Pierson / Lawrence Shapiro / George M Shaw / John R Mascola / Peter D Kwong /
要旨: An antibody-based HIV-1 vaccine will require the induction of potent cross-reactive HIV-1-neutralizing responses. To demonstrate feasibility toward this goal, we combined vaccination targeting the ...An antibody-based HIV-1 vaccine will require the induction of potent cross-reactive HIV-1-neutralizing responses. To demonstrate feasibility toward this goal, we combined vaccination targeting the fusion-peptide site of vulnerability with infection by simian-human immunodeficiency virus (SHIV). In four macaques with vaccine-induced neutralizing responses, SHIV infection boosted plasma neutralization to 45%-77% breadth (geometric mean 50% inhibitory dilution [ID] ∼100) on a 208-strain panel. Molecular dissection of these responses by antibody isolation and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure determination revealed 15 of 16 antibody lineages with cross-clade neutralization to be directed toward the fusion-peptide site of vulnerability. In each macaque, isolated antibodies from memory B cells recapitulated the plasma-neutralizing response, with fusion-peptide-binding antibodies reaching breadths of 40%-60% (50% inhibitory concentration [IC] < 50 μg/mL) and total lineage-concentrations estimates of 50-200 μg/mL. Longitudinal mapping indicated that these responses arose prior to SHIV infection. Collectively, these results provide in vivo molecular examples for one to a few B cell lineages affording potent, broadly neutralizing plasma responses.
履歴
登録2023年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41440.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.084
最小 - 最大-0.11997668 - 0.3399646
平均 (標準偏差)0.0010210935 (±0.012236718)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41440_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41440_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer ConC SOSIP

全体名称: TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer ConC SOSIP
要素
  • 複合体: TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer ConC SOSIP
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: TRNM-f*01 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TRNM-f*01 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer ConC SOSIP

超分子名称: TRNM-f*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer ConC SOSIP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.737102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLWVTVYYGV PVWKEAKTTL FCASDAKAYE KEVHNVWATH ACVPTDPNPQ EMVLENVTEN FNMWKNDMVD QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC TNVNVTNTNN NNMKEEMKNC SFNTTTEIRD KKQKEYALFY RLDIVPLNEN SSEYRLINCN T STITQICP ...文字列:
NLWVTVYYGV PVWKEAKTTL FCASDAKAYE KEVHNVWATH ACVPTDPNPQ EMVLENVTEN FNMWKNDMVD QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC TNVNVTNTNN NNMKEEMKNC SFNTTTEIRD KKQKEYALFY RLDIVPLNEN SSEYRLINCN T STITQICP KVSFDPIPIH YCAPAGYAIL KCNNKTFNGT GPCNNVSTVQ CTHGIKPVVS TQLLLNGSLA EEEIIIRSEN LT DNAKTII VHLNESVEIN CTRPNNMTRK SIRIGPGQTF YALGDIIGDI RQPHCNISEA KWNKTLQRVK KKLKEHFPNK TIK FAPSSG GDLEITTHSF NCRGEFFYCN TSKLFNSTYN NTTSNSTITL PCRIKQIINM WQEVGRAMYA PPIAGNITCK SNIT GLLLT RDGGNNNNNT ETFRPGGGDM RDNWRSELYK YKVVEIKPLG IAPTKCKRRV VERRRRRR

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分子 #2: TRNM-f*01 heavy chain

分子名称: TRNM-f*01 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.923301 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG VVKPSETLSL TCAVSGDSIK SAYQYWNWIR QPRGKGPEWI GGVYSSSDST AYNPSLESRV SISRDTSNNR FSLNLRSVT ATDTATYFCA RSVRDSRGWG RYFLDTWGQG LLVTVSS

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分子 #3: TRNM-f*01 light chain

分子名称: TRNM-f*01 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 11.464811 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCRASQSIS TWLAWYQQKP GKAPKVLIYS ASILQSGVPS RFRGSGSGSD FTLTIGSLQI EDFATYFCQ QYTGSPFTFG GGTKVEIK

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分子 #4: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.174447 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGLGAVFLG FLGAAGSTMG AASNTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHMLQLGVW GFKQLQARVL AIERYLEVQQ LLGIWGCSG KLICCTAVPW NSSWSNKSQE DIWDNMTWMQ WDREIGNYTD TIYRLLEESQ FQQEINEKDL LALD

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 42 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: PBS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7tfo

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97698
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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