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万見- EMDB-41418: Cryo-EM structure of HLA-B*73:01 bound to a 9mer peptide and two Fabs -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41418 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HLA-B*73:01 bound to a 9mer peptide and two Fabs | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HLA / MHC / FAB / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antigen processing and presentation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin ...antigen processing and presentation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / sensory perception of smell / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of cellular senescence / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular region / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Ross P / Adams EJ / Lodwick J / Zhao M / Slezak T / Kossiakoff A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of HLA-B*73:01 bound to a 9mer peptide and two Fabs 著者: Ross P / Adams EJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41418.map.gz | 4.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41418-v30.xml emd-41418.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41418_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41418.png | 119.2 KB | ||
マスクデータ | emd_41418_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41418.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_41418_half_map_1.map.gz emd_41418_half_map_2.map.gz | 49.7 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41418 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41418_validation.pdf.gz | 655.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41418_full_validation.pdf.gz | 654.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41418_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41418_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41418 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tnjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41418_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41418_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41418_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of B.1 and B.8 Fabs with single-chain P2R-B2M-HLA...
全体 | 名称: Ternary complex of B.1 and B.8 Fabs with single-chain P2R-B2M-HLA-B*73:01 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of B.1 and B.8 Fabs with single-chain P2R-B2M-HLA...
超分子 | 名称: Ternary complex of B.1 and B.8 Fabs with single-chain P2R-B2M-HLA-B*73:01 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 9mer peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
分子 | 名称: 9mer peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.165848 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: NRFLGDYVVG GGGSGGGGSG GGGSIQRTPK IQVYSRHPAE NGKSNFLNCY VSGFHPSDIE VDLLKNGERI EKVEHSDLSF SKDWSFYLL YYTEFTPTEK DEYACRVNHV TLSQPKIVKW DRDMGGGGSG GGGSGGGGSG GGGSGSHSMR YFHTSVSRPG R GEPRFITV ...文字列: NRFLGDYVVG GGGSGGGGSG GGGSIQRTPK IQVYSRHPAE NGKSNFLNCY VSGFHPSDIE VDLLKNGERI EKVEHSDLSF SKDWSFYLL YYTEFTPTEK DEYACRVNHV TLSQPKIVKW DRDMGGGGSG GGGSGGGGSG GGGSGSHSMR YFHTSVSRPG R GEPRFITV GYVDDTQFVR FDSDAASPRE EPRAPWIEQE GPEYWDRNTQ ICKAKAQTDR VGLRNLRGYY NQSEDGSHTW QT MYGCDMG PDGRLLRGYN QFAYDGKDYI ALNEDLRSWT AADTAAQITQ RKWEAARVAE QLRAYLEGEC VEWLRRHLEN GKE TLQRAD PPKTHVTHHP ISDHEATLRC WALGFYPAEI TLTWQRDGED QTQDTELVET RPAGDGTFQK WAAVVVPSGQ EQRY TCHVQ HEGLQEPLTL RWKPGGSGLE VLFQGPHHHH HHHH UniProtKB: Beta-2-microglobulin, MHC class I antigen |
-分子 #2: B.8 Fab light chain
分子 | 名称: B.8 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.523064 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSWSAYPFT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSWSAYPFT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #3: B.8 Fab heavy chain
分子 | 名称: B.8 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.684623 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSYSIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARLIFYMWSS AMDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSYSIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARLIFYMWSS AMDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD KTHT |
-分子 #4: B.1 Fab heavy chain
分子 | 名称: B.1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.284029 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSYYSIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYSYGNSWS YDPYYGAMDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSYYSIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYSYGNSWS YDPYYGAMDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTHT |
-分子 #5: B.1 Fab light chain
分子 | 名称: B.1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.478066 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYYWAPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYYWAPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
詳細: 10 mM HEPES 150 mM NaCl 0.02% sodium azide pH 7.2 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: 10 seconds at 20 watts using Solarus 950 Plasma Cleaner System (Gatan) | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | This sample was mono-disperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 86.65 / 当てはまり具合の基準: EMRinger | ||||||
得られたモデル | PDB-8tnj: |