EMDB-41283: Cryo-EM of tri-pilus from S. islandicus REY15A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-41283

タイトル

Cryo-EM of tri-pilus from S. islandicus REY15A

マップデータ

Cryo-EM map of tri-pilus

試料

複合体: tri-pilus
- タンパク質・ペプチド: DUF973 family protein

キーワード

helical symmetry / type iv pili / archaeal pilus / filament / PROTEIN FIBRIL

機能・相同性

membrane / DUF973 family protein

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å

データ登録者

Eastep GN / Liu J / Rich-New ST / Egelman EH / Krupovic M / Wang F

資金援助

米国, 2件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM138756	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM122510	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM of tri-pilus from S. islandicus REY15A
著者: Eastep GN / Liu J / Rich-New ST / Egelman EH / Krupovic M / Wang F

履歴

登録	2023年7月19日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年1月10日	-
マップ公開	2024年1月10日	-
更新	2024年1月10日	-
現状	2024年1月10日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_41283.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_41283.map.gz	9.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-41283-v30.xml emd-41283.xml	13 KB 13 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_41283.png	112.8 KB
Filedesc metadata	emd-41283.cif.gz	4.6 KB
その他	emd_41283_half_map_1.map.gz emd_41283_half_map_2.map.gz	115.9 MB 115.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41283 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41283	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_41283_validation.pdf.gz	1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_41283_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	emd_41283_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_41283_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41283 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41283	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tibMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_41283.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Cryo-EM map of tri-pilus

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.08 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.175
最小 - 最大	-0.45676854 - 0.8577836
平均 (標準偏差)	0.0047622686 (±0.031404324)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイル

emd_41283_half_map_1.map

注釈

Half Map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイル

emd_41283_half_map_2.map

注釈

Half Map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : tri-pilus

全体	名称: tri-pilus
要素	複合体: tri-pilus タンパク質・ペプチド: DUF973 family protein

-
超分子 #1: tri-pilus

超分子	名称: tri-pilus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

-
分子 #1: DUF973 family protein

分子	名称: DUF973 family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
分子量	理論値: 14.053037 KDa
配列	文字列: MNMISRRKNA KALSGAVTAL ILVIASVIIA LVVVGFAFGL FGAFTGQGTV TQVGTATLSA GTGTLTVTLK NTGAATQVTG AIINGNAAS VSGQVTISAG QNTYSISLGG ISSSTLQNLV GSTISLTLQL SNGQTVTVSA IITS UniProtKB: DUF973 family protein

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 15.8 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -39.65 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 240930
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map A

-
ハーフマップ: Half Map B

-
試料の構成要素

-
全体 : tri-pilus

-
超分子 #1: tri-pilus

-
分子 #1: DUF973 family protein

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

-添付データ

-ハーフマップ: Half Map A

-ハーフマップ: Half Map B

-試料の構成要素

-全体 : tri-pilus

-超分子 #1: tri-pilus

-分子 #1: DUF973 family protein

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map A

-
ハーフマップ: Half Map B

-
試料の構成要素

-
全体 : tri-pilus

-
超分子 #1: tri-pilus

-
分子 #1: DUF973 family protein

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)