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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41274 | |||||||||
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タイトル | Yeast actin A167E mutant rabbit-like | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | actin filaments / cytoskeleton / cations / stiffness / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular bud neck contractile ring / fungal biofilm matrix / ascospore wall assembly / mitotic actomyosin contractile ring contraction / vacuole inheritance / actin cortical patch / Swr1 complex / Ino80 complex / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex ...cellular bud neck contractile ring / fungal biofilm matrix / ascospore wall assembly / mitotic actomyosin contractile ring contraction / vacuole inheritance / actin cortical patch / Swr1 complex / Ino80 complex / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / actin filament bundle / protein secretion / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / chromatin remodeling / hydrolase activity / DNA repair / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces (菌類) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Volkmann N / Hanein D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: yeast actin A167E mutant rabbit-like 著者: Volkmann N / Hanein D | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41274.map.gz | 5.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41274-v30.xml emd-41274.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41274.png | 141.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41274.cif.gz | 3.6 KB | ||
その他 | emd_41274_half_map_1.map.gz emd_41274_half_map_2.map.gz | 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41274 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41274 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41274.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.213 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41274_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41274_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : yeast actin A167E mutant filament
全体 | 名称: yeast actin A167E mutant filament |
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要素 |
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-超分子 #1: yeast actin A167E mutant filament
超分子 | 名称: yeast actin A167E mutant filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces (菌類) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 17.49 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -167.25 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 195534 |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |