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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Avian Adeno-associated virus - empty capsid | |||||||||
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![]() | Adeno-associated virus / capsid / quail bronchitis / avianAAV / AAAV / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | |||||||||
![]() | Hsi J / Mietzsch M / Chipman P / Afione S / Zeher A / Huang R / Chiorini J / McKenna R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and antigenic characterization of the avian adeno-associated virus capsid. 著者: Jane Hsi / Mario Mietzsch / Paul Chipman / Sandra Afione / Allison Zeher / Rick Huang / John Chiorini / Robert McKenna / ![]() 要旨: AAVs are extensively studied as promising therapeutic gene delivery vectors. In order to circumvent pre-existing antibodies targeting primate-based AAV capsids, the AAAV capsid was evaluated as an ...AAVs are extensively studied as promising therapeutic gene delivery vectors. In order to circumvent pre-existing antibodies targeting primate-based AAV capsids, the AAAV capsid was evaluated as an alternative to primate-based therapeutic vectors. Despite the high sequence diversity, the AAAV capsid was found to bind to a common glycan receptor, terminal galactose, which is also utilized by other AAVs already being utilized in gene therapy trials. However, contrary to the initial hypothesis, AAAV was recognized by approximately 30% of human sera tested. Structural and sequence comparisons point to conserved epitopes in the fivefold region of the capsid as the reason determinant for the observed cross-reactivity. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 262 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 70.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 74.2 MB 74.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 981.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 980.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8teyMC ![]() 8texC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41209_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41209_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Avian adeno-associated virus
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Avian adeno-associated virus
超分子 | 名称: Avian adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 341671 / 生物種: Avian adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 60.2375 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAEGGGGPVG DAGQGADGVG NSSGNWHCDS QWLENGVVTR TTRTWVLPSY NNHLYKRIQG PSGGDNNNKF FGFSTPWGYF DYNRFHCHF SPRDWQRLIN NNWGIRPKAM RFRLFNIQVK EVTVQDSNTT IANNLTSTVQ VFADKDYQLP YVLGSATEGT F PPFPADIY ...文字列: MAEGGGGPVG DAGQGADGVG NSSGNWHCDS QWLENGVVTR TTRTWVLPSY NNHLYKRIQG PSGGDNNNKF FGFSTPWGYF DYNRFHCHF SPRDWQRLIN NNWGIRPKAM RFRLFNIQVK EVTVQDSNTT IANNLTSTVQ VFADKDYQLP YVLGSATEGT F PPFPADIY TIPQYGYCTL NYNNEAVDRS AFYCLDYFPS DMLRTGNNFE FTYTFEDVPF HSMFAHNQTL DRLMNPLVDQ YL WAFSSVS QAGSSGRALH YSRATKTNMA AQYRNWLPGP FFRDQQIFTG ASNITKNNVF SVWEKGKQWE LDNRTNLMQP GPA AATTFS GEPDRQAMQN TLAFSRTVYD QTTATTDRNQ ILITNEDEIR PTNSVGIDAW GAVPTNNQSI VTPGTRAAVN NQGA LPGMV WQNRDIYLQG PIWAKIPDTD NHFHPSPLIG GFGCKHPPPQ IFIKNTPVPA NPSETFQTAK VASFINQYST GQCTV EIFW ELKKETSKRW NPEIQFTSNF GNAADIQFAV SDTGSYSEPR PIGTRYLTKP L UniProtKB: Capsid protein |
-分子 #2: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 60 / 式: D5M |
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分子量 | 理論値: 331.222 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-D5M: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 11240 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |