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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41195 | ||||||||||||
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タイトル | Tropomyosin-receptor kinase fused gene protein (TRK-fused gene protein; TFG) Low Complexity Domain (residues 237-327) G269V mutant, amyloid fiber | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | amyloid / mutation / Charcot-Marie-Tooth disease / Hereditary motor and sensory neuropathy with proximal dominant involvement / PROTEIN FIBRIL | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum exit site / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding ...COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum exit site / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rosenberg GM / Sawaya MR / Boyer DR / Ge P / Abskharon R / Eisenberg DS | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2023 タイトル: Fibril structures of TFG protein mutants validate the identification of TFG as a disease-related amyloid protein by the IMPAcT method. 著者: Gregory M Rosenberg / Romany Abskharon / David R Boyer / Peng Ge / Michael R Sawaya / David S Eisenberg / 要旨: We previously presented a bioinformatic method for identifying diseases that arise from a mutation in a protein's low-complexity domain that drives the protein into pathogenic amyloid fibrils. One ...We previously presented a bioinformatic method for identifying diseases that arise from a mutation in a protein's low-complexity domain that drives the protein into pathogenic amyloid fibrils. One protein so identified was the tropomyosin-receptor kinase-fused gene protein (TRK-fused gene protein or TFG). Mutations in TFG are associated with degenerative neurological conditions. Here, we present experimental evidence that confirms our prediction that these conditions are amyloid-related. We find that the low-complexity domain of TFG containing the disease-related mutations G269V or P285L forms amyloid fibrils, and we determine their structures using cryo-electron microscopy (cryo-EM). These structures are unmistakably amyloid in nature and confirm the propensity of the mutant TFG low-complexity domain to form amyloid fibrils. Also, despite resulting from a pathogenic mutation, the fibril structures bear some similarities to other amyloid structures that are thought to be nonpathogenic and even functional, but there are other factors that support these structures' relevance to disease, including an increased propensity to form amyloid compared with the wild-type sequence, structure-stabilizing influence from the mutant residues themselves, and double-protofilament amyloid cores. Our findings elucidate two potentially disease-relevant structures of a previously unknown amyloid and also show how the structural features of pathogenic amyloid fibrils may not conform to the features commonly associated with pathogenicity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41195.map.gz | 277.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41195-v30.xml emd-41195.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41195.png | 91 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41195.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_41195_half_map_1.map.gz emd_41195_half_map_2.map.gz | 245.1 MB 245.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41195 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41195 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41195_validation.pdf.gz | 861 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41195_full_validation.pdf.gz | 860.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41195_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41195_validation.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41195 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41195 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8teqMC 8terC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41195_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41195_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : amyloid fibril of protein TFG G269V
全体 | 名称: amyloid fibril of protein TFG G269V |
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要素 |
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-超分子 #1: amyloid fibril of protein TFG G269V
超分子 | 名称: amyloid fibril of protein TFG G269V / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain G269V mutant
分子 | 名称: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain G269V mutant タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.490789 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMVSKG EEDNMAIIKE FMRFKVHMEG SVNGHEFEIE GEGEGRPYEG TQTAKLKVTK GGPLPFAWD ILSPQFMYGS KAYVKHPADI PDYLKLSFPE GFKWERVMNF EDGGVVTVTQ DSSLQDGEFI YKVKLRGTNF P SDGPVMQK ...文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMVSKG EEDNMAIIKE FMRFKVHMEG SVNGHEFEIE GEGEGRPYEG TQTAKLKVTK GGPLPFAWD ILSPQFMYGS KAYVKHPADI PDYLKLSFPE GFKWERVMNF EDGGVVTVTQ DSSLQDGEFI YKVKLRGTNF P SDGPVMQK KTMGWEASSE RMYPEDGALK GEIKQRLKLK DGGHYDAEVK TTYKAKKPVQ LPGAYNVNIK LDITSHNEDY TI VEQYERA EGRHSTGGMD ELYKAGTMDP GQIEGQMYQQ YQQQAGYGAQ QPQAPPQQPQ QYVIQYSASY SQQTGPQQPQ QFQ GYGQQP TSQAPAPAFS GQPQQLPAQP PQQYQASNYP AQ UniProtKB: Uncharacterized protein, Protein TFG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 240 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 8 seconds, blot force 0. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 15192 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.93 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -3.07 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 31643 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 44.55 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8teq: |