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万見
- EMDB-41106: Zophobas morio black wasting virus strain UT-morio virion structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41106
タイトルZophobas morio black wasting virus strain UT-morio virion structure
マップデータZophobas morio black wasting virus UT-morio strain, capsid structure of mature virions
試料
  • ウイルス: Zophobas morio densovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')
キーワードCapsid / Virion / Parvovirus / Densovirus / Invertebrate / Insect / Pathogen / ssDNA / VIRUS / VIRUS-DNA complex
生物種Zophobas morio (甲虫) / Zophobas morio densovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Penzes JJ / Kaelber JT
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other government 米国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sequencing-free discovery by cryo-EM of a pathogenic parvovirus causing mass mortality of farmed beetles
著者: Penzes JJ / Holm M / Firlar E / Kaelber JT
履歴
登録2023年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月23日-
マップ公開2023年8月23日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41106.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41106.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Zophobas morio black wasting virus UT-morio strain, capsid structure of mature virions
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 448 pix.
= 452.928 Å		1.01 Å/pix.
x 448 pix.
= 452.928 Å		1.01 Å/pix.
x 448 pix.
= 452.928 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.011 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0261
最小 - 最大-0.04409496 - 0.12921801
平均 (標準偏差)0.0012053732 (±0.008476128)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 452.928 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41106_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41106_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zophobas morio densovirus

全体名称: Zophobas morio densovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Zophobas morio densovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')

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超分子 #1: Zophobas morio densovirus

超分子名称: Zophobas morio densovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Purified from Z. morio larvae displaying symptomes of Zophobas morio black wasting disease
NCBI-ID: 2750924 / 生物種: Zophobas morio densovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Zophobas morio (甲虫)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 28.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zophobas morio (甲虫)
分子量理論値: 65.638352 KDa
配列文字列: MPRVRPLGPN PQDRPNWDSM NDGQRRYAME QWNLARVRRG EYFDPPGDDD LPLTQADAID NFDLDLLGSP QEAEQPSQQS EDGVDDFLQ QVRDRQDLRD AGPSNAPQPN MADVEMAQVS SSSSGSKRGS DGSGPPSKVS KSGTSLPGTG GNLDGMARGG S GEGGATAI ...文字列:
MPRVRPLGPN PQDRPNWDSM NDGQRRYAME QWNLARVRRG EYFDPPGDDD LPLTQADAID NFDLDLLGSP QEAEQPSQQS EDGVDDFLQ QVRDRQDLRD AGPSNAPQPN MADVEMAQVS SSSSGSKRGS DGSGPPSKVS KSGTSLPGTG GNLDGMARGG S GEGGATAI LRPIGLHVEK FQQTYRKKWR FLTSANANVI LAEAASGERP ARWALTTGMA SIPWEYLFFY MSPAEYNRMK NY PGTFAKS ASVRIRTWNT RVAFQTGDTQ TANATLNQNK FLQVAKGIRS IPFICSTNRK YTYSDTEPMQ PTGFATLTSY EYR DGLKIA MYGYDNDSPD FAKKPPADAT GAEIYLQDYL TIYTNDARAT TGTKILAGFP PYKNFIEEFD ASACINTDVV AMDY DFSYA PLVPQFAPVP NNLITQNYNA SYPAGTKNEV TAAKTTDSSQ ATPPTQVRNA PRKYIQGPNA DTTFFDEEQN YLRVP IEQG GIFEEVNVET VHDTQMPSIN VGIRAVPKLT TIDETTQANS WLDAQGYFEV DCVLTTESVD PYTYIKGGCY SANTKS QLQ YFANDGRPIA KVYDNPNVYG RMQMIKTVKP

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分子 #2: DNA (5'-D(P*CP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*G)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Zophobas morio (甲虫)
分子量理論値: 573.43 Da
配列文字列:
(DC)(DG)

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分子 #3: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Zophobas morio (甲虫)
分子量理論値: 2.42062 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Zophobas morio (甲虫)
分子量理論値: 886.637 Da
配列文字列:
(DC)(DG)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: Phosphate-buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Purified virus from homogenized Z. morio larval tissue

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 43.16 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 93965
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio 3D model
最終 再構成使用したクラス数: 10 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 42219
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 35 / ソフトウェア - 名称: cisTEM

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8t9c:
Zophobas morio black wasting virus strain UT-morio virion structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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