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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41089 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RSV preF in complex with Fab 2.4K | |||||||||
マップデータ | Sharpened map of of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab). Sharpened by DeepEMhancer | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / antibody / fusion protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated induction of syncytium formation / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Respiratory syncytial virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | McCool RS / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2023 タイトル: Vaccination with prefusion-stabilized respiratory syncytial virus fusion protein elicits antibodies targeting a membrane-proximal epitope. 著者: Ryan S McCool / Maryam Musayev / Sabrina M Bush / Alexandrine Derrien-Colemyn / Cory M Acreman / Daniel Wrapp / Tracy J Ruckwardt / Barney S Graham / John R Mascola / Jason S McLellan / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading cause of bronchiolitis and pneumonia in infants, infecting all children by age 5. RSV also causes substantial morbidity and mortality in older adults, ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading cause of bronchiolitis and pneumonia in infants, infecting all children by age 5. RSV also causes substantial morbidity and mortality in older adults, and a vaccine for older adults based on a prefusion-stabilized form of the viral F glycoprotein was recently approved by the FDA. Here, we investigate a set of antibodies that belong to the same public clonotype and were isolated from individuals vaccinated with a prefusion-stabilized RSV F protein. Our results reveal that these antibodies are highly potent and recognize a previously uncharacterized antigenic site on the prefusion F protein. Vaccination with prefusion RSV F proteins appears to boost the elicitation of these neutralizing antibodies, which are not commonly elicited by natural infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41089.map.gz | 204 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41089-v30.xml emd-41089.xml | 23.7 KB 23.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41089_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41089.png | 58.5 KB | ||
マスクデータ | emd_41089_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41089.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_41089_additional_1.map.gz emd_41089_half_map_1.map.gz emd_41089_half_map_2.map.gz | 108.4 MB 200.3 MB 200.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41089 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41089 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41089_validation.pdf.gz | 867.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41089_full_validation.pdf.gz | 866.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41089_validation.xml.gz | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41089_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41089 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41089 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t7aMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab). Sharpened by DeepEMhancer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.94 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41089_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map of of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM)...
ファイル | emd_41089_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM)...
ファイル | emd_41089_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM)...
ファイル | emd_41089_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with ...
全体 | 名称: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with Fab 2.4K |
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要素 |
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-超分子 #1: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with ...
超分子 | 名称: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with Fab 2.4K タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4 |
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-超分子 #2: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus
超分子 | 名称: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) |
-超分子 #3: Fab 2.4K
超分子 | 名称: Fab 2.4K / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F2
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス) / 株: A2 |
分子量 | 理論値: 9.498826 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK EIKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPAANN RARR UniProtKB: Fusion glycoprotein F0 |
-分子 #2: Fusion glycoprotein F1
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス) / 株: A2 |
分子量 | 理論値: 48.295859 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: FLGFLLGVGS AIASGVAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTSKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSIPN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS NNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP ...文字列: FLGFLLGVGS AIASGVAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTSKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSIPN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS NNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP LYGVIDTPCW KLHTSPLCTT NTKEGSNICL TRTDRGWYCD NAGSVSFFPQ AETCKVQSNR VFCDTMNSLT LP SEVNLCN VDIFNPKYDC KIMTSKTDVS SSVITSLGAI VSCYGKTKCT ASNKNRGIIK TFSNGCDYVS NKGVDTVSVG NTL YYVNKQ EGKSLYVKGE PIINFYDPLV FPSDEFDASI SQVNEKINQS LAFIRKSDEL LGSGYIPEAP RDGQAYVRKD GEWV LLSTF LGRSLEVLFQ GPGHHHHHHH HSAWSHPQFE K UniProtKB: Fusion glycoprotein F0 |
-分子 #3: 2.4K Fab Heavy Chain
分子 | 名称: 2.4K Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.694181 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGGE VKKPGASVKV SCKASGYTFT YYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISAYNGNTNY EQKFQGRVTM TTDTSTGTAY MELRSLTSD DTAVYYCARD RIVVVTAANY YGLDVWGQGT TVTVSS |
-分子 #4: 2.4K Fab Light Chain
分子 | 名称: 2.4K Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.447853 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQLTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YRPNNKNFLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR QSGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYHT TPLTFGGGTK VDIK |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.4 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |