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- EMDB-41072: Human leukocyte antigen bound by two alloreactive antibody Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41072
タイトルHuman leukocyte antigen bound by two alloreactive antibody Fabs
マップデータ
試料
  • 複合体: L02/M07/A*01:01 complex
    • タンパク質・ペプチド: JTK191b_M07_Light
    • タンパク質・ペプチド: JTK191b_M07_Fab
    • タンパク質・ペプチド: JTK191b_L02_Light
    • タンパク質・ペプチド: JTK191b_L02_Fab
    • タンパク質・ペプチド: MHC class I antigen
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: HLA_A0101_peptide
キーワードantibody / human leukocyte antigen / graft rejection / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Kizziah JL / Killian JT / Diaz-Avalos R / Qiu S / Yang G / Green T / Lund FE
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)T32DK007545 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI007051 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI142737 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD024978 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA013148 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Topography of the HLA-A protein enforces shared and convergent immunodominant B cell and antibody alloresponses in transplant recipients
著者: Killian JT / King RG / Kizziah JL / Fucile CF / Diaz-Avalos R / Qiu S / Silva-Sanchez A / Mousseau BJ / Macon KJ / Callahan AR / Yang G / Hossain ME / Akther J / Houp JA / Rosenblum FD / ...著者: Killian JT / King RG / Kizziah JL / Fucile CF / Diaz-Avalos R / Qiu S / Silva-Sanchez A / Mousseau BJ / Macon KJ / Callahan AR / Yang G / Hossain ME / Akther J / Houp JA / Rosenblum FD / Porrett PM / Ong SC / Kumar V / Mobley JA / Saphire EO / Kearney JF / Randall TD / Rosenberg AF / Green TJ / Lund FE
履歴
登録2023年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.6019725 - 0.984094
平均 (標準偏差)-0.00021797427 (±0.012459543)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : L02/M07/A*01:01 complex

全体名称: L02/M07/A*01:01 complex
要素
  • 複合体: L02/M07/A*01:01 complex
    • タンパク質・ペプチド: JTK191b_M07_Light
    • タンパク質・ペプチド: JTK191b_M07_Fab
    • タンパク質・ペプチド: JTK191b_L02_Light
    • タンパク質・ペプチド: JTK191b_L02_Fab
    • タンパク質・ペプチド: MHC class I antigen
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: HLA_A0101_peptide

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超分子 #1: L02/M07/A*01:01 complex

超分子名称: L02/M07/A*01:01 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: JTK191b_M07_Light

分子名称: JTK191b_M07_Light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.514057 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIN NYLNWYQQKP GKAPKLLVYD ASNLETGVPS RFSGSRSGTN FTFTISSLQP EDIATYSCQ HYVNLLFTFG PGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIN NYLNWYQQKP GKAPKLLVYD ASNLETGVPS RFSGSRSGTN FTFTISSLQP EDIATYSCQ HYVNLLFTFG PGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #2: JTK191b_M07_Fab

分子名称: JTK191b_M07_Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.290279 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QITLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSVN TSGVAVGWIR QPPGKALEWL ALIYWDHNKR YSPSLQNRLT ITKDTSQSQV VLTMTNVDP VDTATYYCGH TTGYCSGGSC YSGWFDPWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
QITLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSVN TSGVAVGWIR QPPGKALEWL ALIYWDHNKR YSPSLQNRLT ITKDTSQSQV VLTMTNVDP VDTATYYCGH TTGYCSGGSC YSGWFDPWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKRVEPK

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分子 #3: JTK191b_L02_Light

分子名称: JTK191b_L02_Light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.352977 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
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DVQLTQSPSF VSASVGDRIT ITCRASQGIK SYLAWYQQKP GKAPKLLIYV GSSLQSGVPS RFSGSGFGTE FTLTITSLQP EDFASYYCQ QLNDYPITFG GGTKVEITRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: JTK191b_L02_Fab

分子名称: JTK191b_L02_Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.739482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
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QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSRGSIE SYYWSWIRQP PGKGLEWIGY IHYTGSTKYN PSLGTRVSIS VDTSENQLSL NLKSVTPAD SAVYYCAKVD HYGSGVFWSF EFWGQGKSVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEP

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分子 #5: MHC class I antigen

分子名称: MHC class I antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.992166 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GSHSMRYFFT SVSRPGRGEP RFIAVGYVDD TQFVRFDSDA ASQKMEPRAP WIEQEGPEYW DQETRNMKAH SQTDRANLGT LRGYYNQSE DGSHTIQIMY GCDVGPDGRF LRGYRQDAYD GKDYIALNED LRSWTAADMA AQITKRKWEA VHAAEQRRVY L EGRCVDGL RRYLENGKET LQR

UniProtKB: MHC class I antigen

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分子 #6: Beta-2-microglobulin

分子名称: Beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.879356 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MIQRTPKIQV YSRHPAENGK SNFLNCYVSG FHPSDIEVDL LKNGERIEKV EHSDLSFSKD WSFYLLYYTE FTPTEKDEYA CRVNHVTLS QPKIVKWDRD M

UniProtKB: Beta-2-microglobulin

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分子 #7: HLA_A0101_peptide

分子名称: HLA_A0101_peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.091191 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VTEHDTLLY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 252746
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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