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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41028 | |||||||||
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タイトル | Transporter associated with antigen processing (TAP) bound to the 9-mer peptide ILKEPVHGV | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / antigen processing / peptide transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type antigen peptide transporter / ABC-type peptide antigen transporter activity / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP1 binding / TAP2 binding / peptide antigen transport / MHC class Ib protein binding ...antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type antigen peptide transporter / ABC-type peptide antigen transporter activity / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP1 binding / TAP2 binding / peptide antigen transport / MHC class Ib protein binding / cytosol to endoplasmic reticulum transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / centriolar satellite / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / ADP binding / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / response to molecule of bacterial origin / exoribonuclease H activity / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / transmembrane transport / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / host multivesicular body / defense response / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / protein transport / ER-Phagosome pathway / viral nucleocapsid / DNA recombination / adaptive immune response / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee J / Oldham ML / Chen J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Transporter associated with antigen processing (TAP) bound to the 9-mer peptide ILKEPVHGV 著者: Lee J / Oldham ML / Chen J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41028.map.gz | 230.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41028-v30.xml emd-41028.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41028_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41028.png | 40.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41028.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_41028_additional_1.map.gz emd_41028_half_map_1.map.gz emd_41028_half_map_2.map.gz | 122 MB 226.8 MB 226.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41028 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41028 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41028_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41028_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41028_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41028_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41028 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41028 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t4eMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41028.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.839 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_41028_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41028_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41028_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Transporter associated with antigen processing bound to the 9-mer...
全体 | 名称: Transporter associated with antigen processing bound to the 9-mer peptide ILKEPVHGV |
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要素 |
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-超分子 #1: Transporter associated with antigen processing bound to the 9-mer...
超分子 | 名称: Transporter associated with antigen processing bound to the 9-mer peptide ILKEPVHGV タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Complex of TAP1 and TAP2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 156 KDa |
-分子 #1: Antigen peptide transporter 1
分子 | 名称: Antigen peptide transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 81.034289 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASSRCPAPR GCRCLPGASL AWLGTVLLLL ADWVLLRTAL PRIFSLLVPT ALPLLRVWAV GLSRWAVLWL GACGVLRATV GSKSENAGA QGWLAALKPL AAALGLALPG LALFRELISW GAPGSADSTR LLHWGSHPTA FVVSYAAALP AAALWHKLGS L WVPGGQGG ...文字列: MASSRCPAPR GCRCLPGASL AWLGTVLLLL ADWVLLRTAL PRIFSLLVPT ALPLLRVWAV GLSRWAVLWL GACGVLRATV GSKSENAGA QGWLAALKPL AAALGLALPG LALFRELISW GAPGSADSTR LLHWGSHPTA FVVSYAAALP AAALWHKLGS L WVPGGQGG SGNPVRRLLG CLGSETRRLS LFLVLVVLSS LGEMAIPFFT GRLTDWILQD GSADTFTRNL TLMSILTIAS AV LEFVGDG IYNNTMGHVH SHLQGEVFGA VLRQETEFFQ QNQTGNIMSR VTEDTSTLSD SLSENLSLFL WYLVRGLCLL GIM LWGSVS LTMVTLITLP LLFLLPKKVG KWYQLLEVQV RESLAKSSQV AIEALSAMPT VRSFANEEGE AQKFREKLQE IKTL NQKEA VAYAVNSWTT SISGMLLKVG ILYIGGQLVT SGAVSSGNLV TFVLYQMQFT QAVEVLLSIY PRVQKAVGSS EKIFE YLDR TPRCPPSGLL TPLHLEGLVQ FQDVSFAYPN RPDVLVLQGL TFTLRPGEVT ALVGPNGSGK STVAALLQNL YQPTGG QLL LDGKPLPQYE HRYLHRQVAA VGQEPQVFGR SLQENIAYGL TQKPTMEEIT AAAVKSGAHS FISGLPQGYD TEVDEAG SQ LSGGQRQAVA LARALIRKPC VLILDDATSA LDANSQLQVE QLLYESPERY SRSVLLITQH LSLVEQADHI LFLEGGAI R EGGTHQQLME KKGCYWAMVQ APADAPE UniProtKB: Antigen peptide transporter 1 |
-分子 #2: Antigen peptide transporter 2
分子 | 名称: Antigen peptide transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 75.736508 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MRLPDLRPWT SLLLVDAALL WLLQGPLGTL LPQGLPGLWL EGTLRLGGLW GLLKLRGLLG FVGTLLLPLC LATPLTVSLR ALVAGASRA PPARVASAPW SWLLVGYGAA GLSWSLWAVL SPPGAQEKEQ DQVNNKVLMW RLLKLSRPDL PLLVAAFFFL V LAVLGETL ...文字列: MRLPDLRPWT SLLLVDAALL WLLQGPLGTL LPQGLPGLWL EGTLRLGGLW GLLKLRGLLG FVGTLLLPLC LATPLTVSLR ALVAGASRA PPARVASAPW SWLLVGYGAA GLSWSLWAVL SPPGAQEKEQ DQVNNKVLMW RLLKLSRPDL PLLVAAFFFL V LAVLGETL IPHYSGRVID ILGGDFDPHA FASAIFFMCL FSFGSSLSAG CRGGCFTYTM SRINLRIREQ LFSSLLRQDL GF FQETKTG ELNSRLSSDT TLMSNWLPLN ANVLLRSLVK VVGLYGFMLS ISPRLTLLSL LHMPFTIAAE KVYNTRHQEV LRE IQDAVA RAGQVVREAV GGLQTVRSFG AEEHEVCRYK EALEQCRQLY WRRDLERALY LLVRRVLHLG VQMLMLSCGL QQMQ DGELT QGSLLSFMIY QESVGSYVQT LVYIYGDMLS NVGAAEKVFS YMDRQPNLPS PGTLAPTTLQ GVVKFQDVSF AYPNR PDRP VLKGLTFTLR PGEVTALVGP NGSGKSTVAA LLQNLYQPTG GQVLLDEKPI SQYEHCYLHS QVVSVGQEPV LFSGSV RNN IAYGLQSCED DKVMAAAQAA HADDFIQEME HGIYTDVGEK GSQLAAGQKQ RLAIARALVR DPRVLILDEA TSALDVQ CE QALQDWNSRG DRTVLVIAHR LQTVQRAHQI LVLQEGKLQK LAQL UniProtKB: Antigen peptide transporter 2 |
-分子 #3: Transframe peptide
分子 | 名称: Transframe peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 993.199 Da |
配列 | 文字列: ILKEPVHGV UniProtKB: Gag-Pol polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |