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万見
- EMDB-40854: CH505 Disulfide Stapled SOSIP Bound to CH235.12 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40854
タイトルCH505 Disulfide Stapled SOSIP Bound to CH235.12 Fab
マップデータCH505 Disulfide Stapled SOSIP Bound to CH235.12 Fab
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 gp41
    • タンパク質・ペプチド: CH235.12 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: CH235.12 Light Chain
キーワードHIV-1 / Envelope / Env / Ectodomain / Fusion protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Henderson R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Microsecond dynamics control the HIV-1 Envelope conformation.
著者: Ashley L Bennett / Robert Edwards / Irina Kosheleva / Carrie Saunders / Yishak Bililign / Ashliegh Williams / Pimthada Bubphamala / Katayoun Manosouri / Kara Anasti / Kevin O Saunders / S ...著者: Ashley L Bennett / Robert Edwards / Irina Kosheleva / Carrie Saunders / Yishak Bililign / Ashliegh Williams / Pimthada Bubphamala / Katayoun Manosouri / Kara Anasti / Kevin O Saunders / S Munir Alam / Barton F Haynes / Priyamvada Acharya / Rory Henderson /
要旨: The HIV-1 Envelope (Env) glycoprotein facilitates host cell fusion through a complex series of receptor-induced structural changes. Although remarkable progress has been made in understanding the ...The HIV-1 Envelope (Env) glycoprotein facilitates host cell fusion through a complex series of receptor-induced structural changes. Although remarkable progress has been made in understanding the structures of various Env conformations, microsecond timescale dynamics have not been studied experimentally. Here, we used time-resolved, temperature-jump small-angle x-ray scattering to monitor structural rearrangements in an HIV-1 Env SOSIP ectodomain construct with microsecond precision. In two distinct Env variants, we detected a transition that correlated with known Env structure rearrangements with a time constant in the hundreds of microseconds range. A previously unknown structural transition was also observed, which occurred with a time constant below 10 μs, and involved an order-to-disorder transition in the trimer apex. Using this information, we engineered an Env SOSIP construct that locks the trimer in the prefusion closed state by connecting adjacent protomers via disulfides. Our findings show that the microsecond timescale structural dynamics play an essential role in controlling the Env conformation with impacts on vaccine design.
履歴
登録2023年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40854.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40854.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CH505 Disulfide Stapled SOSIP Bound to CH235.12 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 300 pix.
= 262.2 Å		0.87 Å/pix.
x 300 pix.
= 262.2 Å		0.87 Å/pix.
x 300 pix.
= 262.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.874 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.262
最小 - 最大-1.2079939 - 1.5956273
平均 (標準偏差)0.0014711602 (±0.043539308)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 262.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40854_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_40854_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_40854_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 gp41
    • タンパク質・ペプチド: CH235.12 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: CH235.12 Light Chain

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SUBSPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 51.446805 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ENLWVTVYYG VPVWKEAKTT LFCASDAKAY EKEVHNIWAT HACVPTDPNP QEMVLKNVTE NFNMWKNDMV DQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCCTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRCKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCDTS V ITQVCPKL ...文字列:
ENLWVTVYYG VPVWKEAKTT LFCASDAKAY EKEVHNIWAT HACVPTDPNP QEMVLKNVTE NFNMWKNDMV DQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCCTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRCKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCDTS V ITQVCPKL SFDPIPIHYC APAGYAILKC NNKTFTGTGP CNNVSTVQCT HGIKPVLSTQ LLLNGSLAEG EIIIRSENIT KN VKTIIVH LNESVKIECT RPNNKTRTSI RIGPGQAFYA TGQVIGDIRE AYCNINESKW NETLQRVSKK LKEYFPHKNI TFQ PSSGGD LEITTHSFNC GGEFFYCNTS SLFNRTYMAN STETNSTRTI TIHCRIKQII NMWQEVGRAM YAPPIAGNIT CISN ITGLL LTRDYGKNNT ETFRPGGGNM KDNWRSELYK YKVVKIEPLG VAPTRCKRRV V

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: HIV-1 gp41

分子名称: HIV-1 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 14.265115 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VFLGFLGAAG STMGAASMTL TVQARNLLSG TVWGIKQLQA RVLAVERYLR DQQLLGIWGC SGKLICCTNV PWNSSWSNRN LSEIWDNMT WLQWDKEISN YTQIIYGLLE ESQNQQEKNE QDLLALD

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分子 #3: CH235.12 Heavy Chain

分子名称: CH235.12 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.723414 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVRLAQYGGG VKRLGATMTL SCVASGYTFN DYYIHWVRQA PGQGFELLGY IDPANGRPDY AGALRERLSF YRDKSMETLY MDLRSLRYD DTAMYYCVRN VGTAGSLLHY DHWGSGSPVI VSS

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分子 #4: CH235.12 Light Chain

分子名称: CH235.12 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.561793 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPAT LSASPGERVT LTCRASRSVR NNVAWYQHKG GQSPRLLIYD ASTRAAGVPA RFSGSASGTE FTLAISNLES EDFTVYFCL QYNNWWTFGQ GTRVDI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.1
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116771
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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