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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40797 | |||||||||
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タイトル | BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 21N13, 21M20 and RM20A3 | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | germline targeting / HIV-1 Env / neutralizing antibody / non-human primate antibody / CD4 binding site / fusion peptide / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Macaca (オナガザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Ozorowski G / Torres JL / Zhang S / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Neutralizing antibodies induced in non-human primates by germline targeting Env trimer 著者: Caniels T / Ozorowski G / Ward AB / Sanders RW | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40797.map.gz | 230.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40797-v30.xml emd-40797.xml | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40797_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40797.png | 102.4 KB | ||
マスクデータ | emd_40797_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-40797.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_40797_half_map_1.map.gz emd_40797_half_map_2.map.gz | 226.9 MB 226.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40797 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40797 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40797_validation.pdf.gz | 1011.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40797_full_validation.pdf.gz | 1011 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40797_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40797_validation.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40797 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40797 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sw4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40797.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.044 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_40797_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_40797_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_40797_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : BG505 GT1.1 SOSIP in complex with 21N13 Fab, 21M20 Fab and RM20A3 Fab
+超分子 #1: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with 21N13 Fab, 21M20 Fab and RM20A3 Fab
+分子 #1: 21M20 heavy chain variable region
+分子 #2: 21M20 light chain variable region
+分子 #3: BG505 GT1.1 SOSIP gp120
+分子 #4: Envelope glycoprotein gp41
+分子 #5: RM20A3 heavy chain variable region
+分子 #6: RM20A3 light chain variable region
+分子 #7: 21N13 heavy chain variable region
+分子 #8: 21N13 light chain variable region
+分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Detergent added shortly before freezing | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 48.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 190000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |