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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40759 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of NKCC1 Fu_CTD | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | cotransporter / dimer / ion / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Moseng MA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Inhibition mechanism of NKCC1 involves the carboxyl terminus and long-range conformational coupling. 著者: Mitchell A Moseng / Chih-Chia Su / Kerri Rios / Meng Cui / Meinan Lyu / Przemyslaw Glaza / Philip A Klenotic / Eric Delpire / Edward W Yu / 要旨: The Na-K-2Cl cotransporter-1 (NKCC1) is an electroneutral Na-dependent transporter responsible for simultaneously translocating Na, K, and Cl ions into cells. In human tissue, NKCC1 plays a critical ...The Na-K-2Cl cotransporter-1 (NKCC1) is an electroneutral Na-dependent transporter responsible for simultaneously translocating Na, K, and Cl ions into cells. In human tissue, NKCC1 plays a critical role in regulating cytoplasmic volume, fluid intake, chloride homeostasis, and cell polarity. Here, we report four structures of human NKCC1 (hNKCC1), both in the absence and presence of loop diuretic (bumetanide or furosemide), using single-particle cryo-electron microscopy. These structures allow us to directly observe various novel conformations of the hNKCC1 dimer. They also reveal two drug-binding sites located at the transmembrane and cytosolic carboxyl-terminal domains, respectively. Together, our findings enable us to delineate an inhibition mechanism that involves a coupled movement between the cytosolic and transmembrane domains of hNKCC1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40759.map.gz | 230.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40759-v30.xml emd-40759.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40759_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40759.png | 108.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40759.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_40759_half_map_1.map.gz emd_40759_half_map_2.map.gz | 226.7 MB 226.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40759 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40759 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40759_validation.pdf.gz | 854.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40759_full_validation.pdf.gz | 854.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40759_validation.xml.gz | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40759_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40759 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40759 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40759.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40759_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40759_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NKCC1_Fu_CTD
全体 | 名称: NKCC1_Fu_CTD |
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要素 |
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-超分子 #1: NKCC1_Fu_CTD
超分子 | 名称: NKCC1_Fu_CTD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 12 member 2
分子 | 名称: Solute carrier family 12 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.190438 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SSTQALTYLN ALQHSIRLSG VEDHVKNFRP QCLVMTGAPN SRPALLHLVH DFTKNVGLMI CGHVHMGPRR QAMKEMSIDQ AKYQRWLIK NKMKAFYAPV HADDLREGAQ YLMQAAGLGR MKPNTLVLGF KKDWLQADMR DVDMYINLFH DAFDIQYGVV V IRLKEGLD ...文字列: SSTQALTYLN ALQHSIRLSG VEDHVKNFRP QCLVMTGAPN SRPALLHLVH DFTKNVGLMI CGHVHMGPRR QAMKEMSIDQ AKYQRWLIK NKMKAFYAPV HADDLREGAQ YLMQAAGLGR MKPNTLVLGF KKDWLQADMR DVDMYINLFH DAFDIQYGVV V IRLKEGLD ISHLQGQESK GPIVPLNVAD QKLLEASTQF QKKQGKNTID VWWLFDDGGL TLLIPYLLTT KKKWKDCKIR VF IGGKINR IDHDRRAMAT LLSKFRIDFS DIMVLGDINT KPKKENIIAF EEIIEPYRLH EDDKEQDIAD KMKEDEPWRI TDN ELELYK TKTYRQIRLN ELLKEHSSTA NIIVMSLPVA RKGAVSSALY MAWLEALSKD LPPILLVRGN HQSVLTF UniProtKB: Solute carrier family 12 member 2 |
-分子 #2: 5-(AMINOSULFONYL)-4-CHLORO-2-[(2-FURYLMETHYL)AMINO]BENZOIC ACID
分子 | 名称: 5-(AMINOSULFONYL)-4-CHLORO-2-[(2-FURYLMETHYL)AMINO]BENZOIC ACID タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: FUN |
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分子量 | 理論値: 330.744 Da |
Chemical component information | ChemComp-FUN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |