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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40701 | ||||||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta7-12) complex | ||||||||||||
マップデータ | The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta7-12) complex | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane proteins / protein folding / BAM complex / outer membrane protein / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space ...Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wu R / Noinaj N | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: BAM orchestrates OMP biogenesis using a beta-templating mechanism 著者: Wu R / Ryoo D / Kuo KM / Gumbart JC / Noinaj N | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40701.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40701-v30.xml emd-40701.xml | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40701.png | 47 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40701.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_40701_half_map_1.map.gz emd_40701_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40701 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40701_validation.pdf.gz | 996.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40701_full_validation.pdf.gz | 995.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40701_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40701_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40701 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta7-12) complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_40701_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_40701_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BAM/EspP(beta1-12)
全体 | 名称: BAM/EspP(beta1-12) |
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要素 |
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-超分子 #1: BAM/EspP(beta1-12)
超分子 | 名称: BAM/EspP(beta1-12) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamA
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 88.100305 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: VVKDIHFEGL QRVAVGAALL SMPVRTGDTV NDEDISNTIR ALFATGNFED VRVLRDGDTL LVQVKERPTI ASITFSGNKS VKDDMLKQN LEASGVRVGE SLDRTTIADI EKGLEDFYYS VGKYSASVKA VVTPLPRNRV DLKLVFQEGV SAEIQQINIV G NHAFTTDE ...文字列: VVKDIHFEGL QRVAVGAALL SMPVRTGDTV NDEDISNTIR ALFATGNFED VRVLRDGDTL LVQVKERPTI ASITFSGNKS VKDDMLKQN LEASGVRVGE SLDRTTIADI EKGLEDFYYS VGKYSASVKA VVTPLPRNRV DLKLVFQEGV SAEIQQINIV G NHAFTTDE LISHFQLRDE VPWWNVVGDR KYQKQKLAGD LETLRSYYLD RGYARFNIDS TQVSLTPDKK GIYVTVNITE GD QYKLSGV EVSGNLAGHS AEIEQLTKIE PGELYNGTKV TKMEDDIKKL LGRYGYAYPR VQSMPEINDA DKTVKLRVNV DAG NRFYVR KIRFEGNDTS KDAVLRREMR QMEGAWLGSD LVDQGKERLN RLGFFETVDT DTQRVPGSPD QVDVVYKVKE RNTG SFNFG IGYGTESGVS FQAGVQQDNW LGTGYAVGIN GTKNDYQTYA ELSVTNPYFT VDGVSLGGRL FYNDFQADDA DLSDY TNKS YGTDVTLGFP INEYNSLRAG LGYVHNSLSN MQPQVAMWRY LYSMGEHPST SDQDNSFKTD DFTFNYGWTY NKLDRG YFP TDGSRVNLTG KVTIPGSDNE YYKVTLDTAT YVPIDDDHKW VVLGRTRWGY GDGLGGKEMP FYENFYAGGS STVRGFQ SN TIGPKAVYFP HQASNYDPDY DYECATQDGA KDLCKSDDAV GGNAMAVASL EFITPTPFIS DKYANSVRTS FFWDMGTV W DTNWDSSQYS GYPDYSDPSN IRMSAGIALQ WMSPLGPLVF SYAQPFKKYD GDKAEQFQFN CGKTW UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamA |
-分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamB
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 39.77923 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDGK EIWSVSLAEK DGWFSKEPA LLSGGVTVSG GHVYIGSEKA QVYALNTSDG TVAWQTKVAG EALSRPVVSD GLVLIHTSNG QLQALNEADG A VKWTVNLD ...文字列: SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDGK EIWSVSLAEK DGWFSKEPA LLSGGVTVSG GHVYIGSEKA QVYALNTSDG TVAWQTKVAG EALSRPVVSD GLVLIHTSNG QLQALNEADG A VKWTVNLD MPSLSLRGES APTTAFGAAV VGGDNGRVSA VLMEQGQMIW QQRISQATGS TEIDRLSDVD TTPVVVNGVV FA LAYNGNL TALDLRSGQI MWKRELGSVN DFIVDGNRIY LVDQNDRVMA LTIDGGVTLW TQSDLLHRLL TSPVLYNGNL VVG DSEGYL HWINVEDGRF VAQQKVDSSG FQTEPVAADG KLLIQAKDGT VYSITR UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamB |
-分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamC
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 34.298109 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SSDSRYKRQV SGDEAYLEAA PLAELHAPAG MILPVTSGDY AIPVTNGSGA VGKALDIRPP AQPLALVSGA RTQFTGDTAS LLVENGRGN TLWPQVVSVL QAKNYTITQR DDAGQTLTTD WVQWNRLDED EQYRGRYQIS VKPQGYQQAV TVKLLNLEQA G KPVADAAS ...文字列: SSDSRYKRQV SGDEAYLEAA PLAELHAPAG MILPVTSGDY AIPVTNGSGA VGKALDIRPP AQPLALVSGA RTQFTGDTAS LLVENGRGN TLWPQVVSVL QAKNYTITQR DDAGQTLTTD WVQWNRLDED EQYRGRYQIS VKPQGYQQAV TVKLLNLEQA G KPVADAAS MQRYSTEMMN VISAGLDKSA TDAANAAQNR ASTTMDVQSA ADDTGLPMLV VRGPFNVVWQ RLPAALEKVG MK VTDSTRS QGNMAVTYKP LSDSDWQELG ASDPGLASGD YKLQVGDLDN RSSLQFIDPK GHTLTQSQND ALVAVFQAAF SK UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamC |
-分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamD
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 25.713676 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQA AIDRFIRLNP THPNIDYVM YMRGLTNMAL DDSALQGFFG VDRSDRDPQH ARAAFSDFSK LVRGYPNSQY TTDATKRLVF LKDRLAKYEY S VAEYYTER ...文字列: SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQA AIDRFIRLNP THPNIDYVM YMRGLTNMAL DDSALQGFFG VDRSDRDPQH ARAAFSDFSK LVRGYPNSQY TTDATKRLVF LKDRLAKYEY S VAEYYTER GAWVAVVNRV EGMLRDYPDT QATRDALPLM ENAYRQMQMN AQAEKVAKII AANSSNT UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamD |
-分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamE
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 10.28841 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: STLERVVYRP DINQGNYLTA NDVSKIRVGM TQQQVAYALG TPLMSDPFGT NTWFYVFRQQ PGHEGVTQQT LTLTFNSSGV LTNIDNKPA LSGN UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamE |
-分子 #6: Maltodextrin-binding protein,EspP(b7-12)
分子 | 名称: Maltodextrin-binding protein,EspP(b7-12) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 64.01616 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGAKIEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEKF PQVAATGDGP DIIFWAHDRF GGYAQSGLLA EITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI YNKDLLPNPP KTWEEIPALD KELKAKGKSA LMFNLQEPYF T WPLIAADG ...文字列: MGAKIEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEKF PQVAATGDGP DIIFWAHDRF GGYAQSGLLA EITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI YNKDLLPNPP KTWEEIPALD KELKAKGKSA LMFNLQEPYF T WPLIAADG GYAFKYENGK YDIKDVGVDN AGAKAGLTFL VDLIKNKHMN ADTDYSIAEA AFNKGETAMT INGPWAWSNI DT SKVNYGV TVLPTFKGQP SKPFVGVLSA GINAASPNKE LAKEFLENYL LTDEGLEAVN KDKPLGAVAL KSYEEELVKD PRI AATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTVDEALKD AQTGSIELVS APKDTNENVF KASKQTIGFS DVTP VITTR ETDDKITWSL TGYNTVANKE ATRNAAALFS VDYKAFLNEV AWIEPQACLV YGSVSGKQFA WKDQGMHLSM KDKDY NCLV YGTGVDVGKS FSGKDWKVTA RAGLGYQFDL LANGETVLRD ASGEKRIKGE KDSRMLMSVG LNAEIRDNVR FGLEFE KSA FGKYNVDNAV NANFRYSF UniProtKB: Maltodextrin-binding protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.47 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127499 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |