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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40692 | |||||||||
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タイトル | Cleaved Ycf1p Dimer in the IFwide-beta conformation | |||||||||
マップデータ | Cleaved Ycf1p Dimer in the IFwide-beta conformation | |||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / Dimer / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Atorvastatin ADME / Paracetamol ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport ...ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Atorvastatin ADME / Paracetamol ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / vacuole fusion, non-autophagic / ABC-family proteins mediated transport / response to metal ion / fungal-type vacuole membrane / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / transmembrane transport / membrane raft / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Bickers SC / Benlekbir S / Rubinstein JL / Kanelis V | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of a dimeric ABC transporter 著者: Bickers SC / Benlekbir S / Rubinstein JL / Kanelis V | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40692.map.gz | 154.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40692-v30.xml emd-40692.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40692.png | 182.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40692.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_40692_half_map_1.map.gz emd_40692_half_map_2.map.gz | 151.7 MB 151.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40692 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40692_validation.pdf.gz | 880 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40692_full_validation.pdf.gz | 879.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40692_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40692_validation.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40692 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sq0MC 8sqmC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cleaved Ycf1p Dimer in the IFwide-beta conformation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_40692_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_40692_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cleaved Ycf1p IFwide-beta Dimer
全体 | 名称: Cleaved Ycf1p IFwide-beta Dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Cleaved Ycf1p IFwide-beta Dimer
超分子 | 名称: Cleaved Ycf1p IFwide-beta Dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Metal resistance protein YCF1
分子 | 名称: Metal resistance protein YCF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type Cd2+ transporter |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 174.024141 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAGNLVSWAC KLCRSPEGFG PISFYGDFTQ CFIDGVILNL SAIFMITFGI RDLVNLCKKK HSGIKYRRNW IIVSRMALVL LEIAFVSLA SLNISKEEAE NFTIVSQYAS TMLSLFVALA LHWIEYDRSV VANTVLLFYW LFETFGNFAK LINILIRHTY E GIWYSGQT ...文字列: MAGNLVSWAC KLCRSPEGFG PISFYGDFTQ CFIDGVILNL SAIFMITFGI RDLVNLCKKK HSGIKYRRNW IIVSRMALVL LEIAFVSLA SLNISKEEAE NFTIVSQYAS TMLSLFVALA LHWIEYDRSV VANTVLLFYW LFETFGNFAK LINILIRHTY E GIWYSGQT GFILTLFQVI TCASILLLEA LPKKPLMPHQ HIHQTLTRRK PNPYDSANIF SRITFSWMSG LMKTGYEKYL VE ADLYKLP RNFSSEELSQ KLEKNWENEL KQKSNPSLSW AICRTFGSKM LLAAFFKAIH DVLAFTQPQL LRILIKFVTD YNS ERQDDH SSLQGFENNH PQKLPIVRGF LIAFAMFLVG FTQTSVLHQY FLNVFNTGMY IKSALTALIY QKSLVLSNEA SGLS STGDI VNLMSVDVQK LQDLTQWLNL IWSGPFQIII CLYSLYKLLG NSMWVGVIIL VIMMPLNSFL MRIQKKLQKS QMKYK DERT RVISEILNNI KSLKLYAWEK PYREKLEEVR NNKELKNLTK LGCYMAVTSF QFNIVPFLVS CCTFAVFVYT EDRALT TDL VFPALTLFNL LSFPLMIIPM VLNSFIEASV SIGRLFTFFT NEELQPDSVQ RLPKVKNIGD VAINIGDDAT FLWQRKP EY KVALKNINFQ AKKGNLTCIV GKVGSGKTAL LSCMLGDLFR VKGFATVHGS VAYVSQVPWI MNGTVKENIL FGHRYDAE F YEKTIKACAL TIDLAILMDG DKTLVGEKGI SLSGGQKARL SLARAVYARA DTYLLDDPLA AVDEHVARHL IEHVLGPNG LLHTKTKVLA TNKVSALSIA DSIALLDNGE ITQQGTYDEI TKDADSPLWK LLNNYGKKNN GKSNEFGDSS ESSVRESSIP VEGELEQLQ KLNDLDFGNS DAISLRRASD ATLGSIDFGD DENIAKREHR EQGKVKWNIY LEYAKACNPK SVCVFILFIV I SMFLSVMG NVWLKHWSEV NSRYGSNPNA ARYLAIYFAL GIGSALATLI QTIVLWVFCT IHASKYLHNL MTNSVLRAPM TF FETTPIG RILNRFSNDI YKVDALLGRT FSQFFVNAVK VTFTITVICA TTWQFIFIII PLSVFYIYYQ QYYLRTSREL RRL DSITRS PIYSHFQETL GGLATVRGYS QQKRFSHINQ CRIDNNMSAF YPSINANRWL AYRLELIGSI IILGAATLSV FRLK QGTLT AGMVGLSLSY ALQITQTLNW IVRMTVEVET NIVSVERIKE YADLKSEAPL IVEGHRPPKE WPSQGDIKFN NYSTR YRPE LDLVLKHINI HIKPNEKVGI VGRTGAGKSS LTLALFRMIE ASEGNIVIDN IAINEIGLYD LRHKLSIIPQ DSQVFE GTV RENIDPINQY TDEAIWRALE LSHLKEHVLS MSNDGLDAQL TEGGGNLSVG QRQLLCLARA MLVPSKILVL DEATAAV DV ETDKVVQETI RTAFKDRTIL TIAHRLNTIM DSDRIIVLDN GKVAEFDSPG QLLSDNKSLF YSLCMEAGLV NENDYKDH D GDYKDHDIDY KDDDDK UniProtKB: Metal resistance protein YCF1 |
-分子 #2: Unknown peptide
分子 | 名称: Unknown peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 1.124378 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子 | 名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PTY |
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分子量 | 理論値: 734.039 Da |
Chemical component information | ChemComp-PTY: |
-分子 #4: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(pentadec...
分子 | 名称: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(pentadecanoyloxy)methyl]ethyl (12E)-hexadeca-9,12-dienoate タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: GP7 |
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分子量 | 理論値: 673.901 Da |
Chemical component information | ChemComp-GP7: |
-分子 #5: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
分子 | 名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: LPP |
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分子量 | 理論値: 648.891 Da |
Chemical component information | ChemComp-LPP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Cleaved Ycf1p monomer in the IFwide-beta conformation |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71014 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |