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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structural insights into cellular control of the human CPEB3 prion, functionally regulated by a labile-amyloid-forming segment | |||||||||||||||||||||
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![]() | prion / amyloid / reversible / helical / PROTEIN FIBRIL | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of cytoplasmic translational elongation / : / CCR4-NOT complex / regulation of dendritic spine development / translation factor activity, RNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / apical dendrite / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of dendritic spine development ...negative regulation of cytoplasmic translational elongation / : / CCR4-NOT complex / regulation of dendritic spine development / translation factor activity, RNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / apical dendrite / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of cytoplasmic translation / long-term memory / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / cellular response to amino acid stimulus / regulation of synaptic plasticity / RNA stem-loop binding / ribosome binding / midbody / postsynaptic density / negative regulation of translation / neuron projection / dendrite / synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Flores MD / Sawaya MR / Boyer DR / Zink S / Fioriti L / Rodriguez JA | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a reversible amyloid fibril formed by the CPEB3 prion-like domain reveals a core sequence involved in translational regulation 著者: Flores MD / Sawaya MR / Boyer DR / Zink S / Fioriti L / Rodriguez JA | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 29.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 171.4 MB 171.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 668.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 668.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8spaMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40677_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40677_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Helical assembly of CPEB3 prion-like domain 1
全体 | 名称: Helical assembly of CPEB3 prion-like domain 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical assembly of CPEB3 prion-like domain 1
超分子 | 名称: Helical assembly of CPEB3 prion-like domain 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Truncated CPEB3 prion-like domain generated recombinantly |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23 kDa/nm |
-分子 #1: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3
分子 | 名称: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.279761 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: LSPSFGSTWS TGTTNAVEDS FFQGITPVNG TMLFQNFPHH VNPVFGGTF UniProtKB: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 200 | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |