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- EMDB-40671: Cryo-EM structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium smegmatis -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium smegmatis | |||||||||
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![]() | Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Lyase / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase Ech1-like / enoyl-CoA hydratase / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / fatty acid beta-oxidation / ClpP/crotonase-like domain superfamily / lyase activity / Enoyl-CoA hydratase EchA21![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
![]() | Shek R / Quispe J / Staker B / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium smegmatis 著者: Shek R / Quispe J / Staker B / Phan IQ / Barrett LQ / Van Voorhis WC | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 9.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 33.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 74.3 MB 74.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 695 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 694.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8soyMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40671_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40671_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Enoyl-CoA Hydratase hexamer
全体 | 名称: Enoyl-CoA Hydratase hexamer |
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要素 |
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-超分子 #1: Enoyl-CoA Hydratase hexamer
超分子 | 名称: Enoyl-CoA Hydratase hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Enoyl-CoA hydratase EchA21
分子 | 名称: Enoyl-CoA hydratase EchA21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.379848 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: YESVTVEVKD HVAQVTLIGP GKGNAMGPAF WEEMPDVFGT LDDDPDVRAI VLTGSGKNFS YGLDLPAMGA SLPALDAGAK SRSDFHKRL QKMQGAITAV ADCRTPTIAS VHGWCIGGGV DLISAVDIRY ASADAKFSVR EVKLAIVADV GSLARLPLIL S DGHLRELA ...文字列: YESVTVEVKD HVAQVTLIGP GKGNAMGPAF WEEMPDVFGT LDDDPDVRAI VLTGSGKNFS YGLDLPAMGA SLPALDAGAK SRSDFHKRL QKMQGAITAV ADCRTPTIAS VHGWCIGGGV DLISAVDIRY ASADAKFSVR EVKLAIVADV GSLARLPLIL S DGHLRELA LTGKDIDAAR AEKIGLVNDV YDDAEASLAA AHATAAEIAA NPPLTVAGVK DVLDAQRTAQ VAESLRYVAA WN SAFLPSK DLAEA UniProtKB: Enoyl-CoA hydratase EchA21 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | ![]() PDB-8soy: |