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- EMDB-40455: Cryo-EM structure of Karyopherin-beta2 bound to HNRNPH2 PY-NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40455
タイトルCryo-EM structure of Karyopherin-beta2 bound to HNRNPH2 PY-NLS
マップデータ
試料
  • 複合体: Karyopherin-beta2 bound to hnRNP H2 PY-NLS
    • タンパク質・ペプチド: Transportin-1
    • タンパク質・ペプチド: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2, N-terminally processed
キーワードRNA-binding protein TNPO1 Cryo-EM KapB2 HNRNP / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / cilium / small GTPase binding ...Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / cilium / small GTPase binding / protein import into nucleus / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / : / Importin beta family / HEAT-like repeat / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain ...Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / : / Importin beta family / HEAT-like repeat / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2 / Transportin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Gonzalez A / Fung HYJ / Chook YM
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141461 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069909 米国
Welch FoundationI-1532 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS120465 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: A new Karyopherin-β2 binding PY-NLS epitope of HNRNPH2 linked to neurodevelopmental disorders.
著者: Abner Gonzalez / Hong Joo Kim / Brian D Freibaum / Ho Yee Joyce Fung / Chad A Brautigam / J Paul Taylor / Yuh Min Chook /
要旨: The HNRNPH2 proline-tyrosine nuclear localization signal (PY-NLS) is mutated in HNRNPH2-related X-linked neurodevelopmental disorder, causing the normally nuclear HNRNPH2 to accumulate in the ...The HNRNPH2 proline-tyrosine nuclear localization signal (PY-NLS) is mutated in HNRNPH2-related X-linked neurodevelopmental disorder, causing the normally nuclear HNRNPH2 to accumulate in the cytoplasm. We solved the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of Karyopherin-β2/Transportin-1 bound to the HNRNPH2 PY-NLS to understand importin-NLS recognition and disruption in disease. HNRNPH2 RPGPY is a typical R-X-P-Y motif comprising PY-NLS epitopes 2 and 3, followed by an additional Karyopherin-β2-binding epitope, we term epitope 4, at residues DRP; no density is present for PY-NLS epitope 1. Disease variant mutations at epitopes 2-4 impair Karyopherin-β2 binding and cause aberrant cytoplasmic accumulation in cells, emphasizing the role of nuclear import defect in disease. Sequence/structure analysis suggests that strong PY-NLS epitopes 4 are rare and thus far limited to close paralogs of HNRNPH2, HNRNPH1, and HNRNPF. Epitope 4-binidng hotspot Karyopherin-β2 W373 corresponds to close paralog Karyopherin-β2b/Transportin-2 W370, a pathological variant site in neurodevelopmental abnormalities, suggesting that Karyopherin-β2b/Transportin-2-HNRNPH2/H1/F interactions may be compromised in the abnormalities.
履歴
登録2023年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40455.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40455.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.42 Å/pix.
x 600 pix.
= 249. Å		0.42 Å/pix.
x 600 pix.
= 249. Å		0.42 Å/pix.
x 600 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.415 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.021
最小 - 最大-0.04081724 - 0.12058783
平均 (標準偏差)0.00033213876 (±0.0030574289)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40455_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40455_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Karyopherin-beta2 bound to hnRNP H2 PY-NLS

全体名称: Karyopherin-beta2 bound to hnRNP H2 PY-NLS
要素
  • 複合体: Karyopherin-beta2 bound to hnRNP H2 PY-NLS
    • タンパク質・ペプチド: Transportin-1
    • タンパク質・ペプチド: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2, N-terminally processed

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超分子 #1: Karyopherin-beta2 bound to hnRNP H2 PY-NLS

超分子名称: Karyopherin-beta2 bound to hnRNP H2 PY-NLS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transportin-1

分子名称: Transportin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.738812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GGSKMEYEWK PDEQGLQQIL QLLKESQSPD TTIQRTVQQK LEQLNQYPDF NNYLIFVLTK LKSEDEPTRS LSGLILKNNV KAHFQNFPN GVTDFIKSEC LNNIGDSSPL IRATVGILIT TIASKGELQN WPDLLPKLCS LLDSEDYNTC EGAFGALQKI C EDSAEILD ...文字列:
GGSKMEYEWK PDEQGLQQIL QLLKESQSPD TTIQRTVQQK LEQLNQYPDF NNYLIFVLTK LKSEDEPTRS LSGLILKNNV KAHFQNFPN GVTDFIKSEC LNNIGDSSPL IRATVGILIT TIASKGELQN WPDLLPKLCS LLDSEDYNTC EGAFGALQKI C EDSAEILD SDVLDRPLNI MIPKFLQFFK HSSPKIRSHA VACVNQFIIS RTQALMLHID SFIENLFALA GDEEPEVRKN VC RALVMLL EVRMDRLLPH MHNIVEYMLQ RTQDQDENVA LEACEFWLTL AEQPICKDVL VRHLPKLIPV LVNGMKYSDI DII LLKGDV EEDETIPDSE QDIRPRFHRS RTVAQQHDED GIEEEDDDDD EIDDDDTISD WNLRKCSAAA LDVLANVYRD ELLP HILPL LKELLFHHEW VVKESGILVL GAIAEGCMQG MIPYLPELIP HLIQCLSDKK ALVRSITCWT LSRYAHWVVS QPPDT YLKP LMTELLKRIL DSNKRVQEAA CSAFATLEEE ACTELVPYLA YILDTLVFAF SKYQHKNLLI LYDAIGTLAD SVGHHL NKP EYIQMLMPPL IQKWNMLKDE DKDLFPLLEC LSSVATALQS GFLPYCEPVY QRCVNLVQKT LAQAMLNNAQ PDQYEAP DK DFMIVALDLL SGLAEGLGGN IEQLVARSNI LTLMYQCMQD KMPEVRQSSF ALLGDLTKAC FQHVKPCIAD FMPILGTN L NPEFISVCNN ATWAIGEISI QMGIEMQPYI PMVLHQLVEI INRPNTPKTL LENTAITIGR LGYVCPQEVA PMLQQFIRP WCTSLRNIRD NEEKDSAFRG ICTMISVNPS GVIQDFIFFC DAVASWINPK DDLRDMFCKI LHGFKNQVGD ENWRRFSDQF PLPLKERLA AFYGV

UniProtKB: Transportin-1

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分子 #2: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2, N-terminally processed

分子名称: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2, N-terminally processed
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.993811 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GGSNSPDTAN DGFVRLRGLP FGCSKEEIVQ FFSGLEIVPN GMTLPVDFQG RSTGEAFVQF ASQEIAEKAL KKHKERIGHR YIEIFKSSR AEVRTHYDPP RKLMAMQRPG PYDRPGAGRG YNSIGRG

UniProtKB: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 nM NaCl, 2 mM BME, 0.003125% [w/v] NP-40
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 208572
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 7 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

詳細Initial docking performed using Chimera, then manual model building by Coot, ISOLDE in ChimerX and Phenix real-space refinement.
得られたモデル

PDB-8sgh:
Cryo-EM structure of Karyopherin-beta2 bound to HNRNPH2 PY-NLS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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