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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40450 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CMKLR1 signaling complex | |||||||||
マップデータ | CMKLR1 complex map | |||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / Peptide agonist / Chemerin9 / Membrane protein / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / complement receptor activity / chemokine receptor activity / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / complement receptor mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / T cell migration ...adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / complement receptor activity / chemokine receptor activity / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / complement receptor mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / T cell migration / positive regulation of fat cell differentiation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of calcium-mediated signaling / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / skeletal system development / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G beta:gamma signalling through CDC42 / response to peptide hormone / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chemotaxis / GDP binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / positive regulation of cold-induced thermogenesis / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / cell division / GTPase activity / centrosome / synapse / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang X / Zhang C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2023 タイトル: Structural basis of G protein-Coupled receptor CMKLR1 activation and signaling induced by a chemerin-derived agonist. 著者: Xuan Zhang / Tina Weiß / Mary Hongying Cheng / Siqi Chen / Carla Katharina Ambrosius / Anne Sophie Czerniak / Kunpeng Li / Mingye Feng / Ivet Bahar / Annette G Beck-Sickinger / Cheng Zhang / 要旨: Chemokine-like receptor 1 (CMKLR1), also known as chemerin receptor 23 (ChemR23) or chemerin receptor 1, is a chemoattractant G protein-coupled receptor (GPCR) that responds to the adipokine chemerin ...Chemokine-like receptor 1 (CMKLR1), also known as chemerin receptor 23 (ChemR23) or chemerin receptor 1, is a chemoattractant G protein-coupled receptor (GPCR) that responds to the adipokine chemerin and is highly expressed in innate immune cells, including macrophages and neutrophils. The signaling pathways of CMKLR1 can lead to both pro- and anti-inflammatory effects depending on the ligands and physiological contexts. To understand the molecular mechanisms of CMKLR1 signaling, we determined a high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the CMKLR1-Gi signaling complex with chemerin9, a nanopeptide agonist derived from chemerin, which induced complex phenotypic changes of macrophages in our assays. The cryo-EM structure, together with molecular dynamics simulations and mutagenesis studies, revealed the molecular basis of CMKLR1 signaling by elucidating the interactions at the ligand-binding pocket and the agonist-induced conformational changes. Our results are expected to facilitate the development of small molecule CMKLR1 agonists that mimic the action of chemerin9 to promote the resolution of inflammation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40450.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40450-v30.xml emd-40450.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40450.png | 75.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40450.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_40450_half_map_1.map.gz emd_40450_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40450 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40450 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40450_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40450_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40450_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40450_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40450 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40450 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sg1MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CMKLR1 complex map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.848 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: CMKLR1 complex map half A
ファイル | emd_40450_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CMKLR1 complex map half_A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CMKLR1 complex map half B
ファイル | emd_40450_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CMKLR1 complex map half_B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Chemerin9-CMKLR1-Gi complex
全体 | 名称: Chemerin9-CMKLR1-Gi complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Chemerin9-CMKLR1-Gi complex
超分子 | 名称: Chemerin9-CMKLR1-Gi complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Chemerin-like receptor 1
分子 | 名称: Chemerin-like receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 33.079715 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: ARVTRIFLVV VYSIVCFLGI LGNGLVIIIA TFKMKKTVNM VWFLNLAVAD FLFNVFLPIH ITYAAMDYHW VFGTAMCKIS NFLLIHNMF TSVFLLTIIS SDRCISVLLP VWSQNHRSVR LAYMACMVIW VLAFFLSSPS LVFRDTANLH GKISCFNNFS L STPGSSSW ...文字列: ARVTRIFLVV VYSIVCFLGI LGNGLVIIIA TFKMKKTVNM VWFLNLAVAD FLFNVFLPIH ITYAAMDYHW VFGTAMCKIS NFLLIHNMF TSVFLLTIIS SDRCISVLLP VWSQNHRSVR LAYMACMVIW VLAFFLSSPS LVFRDTANLH GKISCFNNFS L STPGSSSW PTHSQMDPVG YSRHMVVTVT RFLCGFLVPV LIITACYLTI VCKLQRNRLA KTKKPFKIIV TIIITFFLCW CP YHTLNLL ELHHTAMPGS VFSLGLPLAT ALAIANSCMN PILYVFMGQD FKKFK UniProtKB: Chemerin-like receptor 1 |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 36.956383 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWDS YTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD DNQIVTSSGD T TCALWDIE ...文字列: DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWDS YTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD DNQIVTSSGD T TCALWDIE TGQQTTTFTG HTGDVMSLSL APDTRLFVSG ACDASAKLWD VREGMCRQTF TGHESDINAI CFFPNGNAFA TG SDDATCR LFDLRADQEL MTYSHDNIIC GITSVSFSKS GRLLLAGYDD FNCNVWDALK ADRAGVLAGH DNRVSCLGVT DDG MAVATG SWDSFLKIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: IAQARKLVQQ LKMEANIDRI KVSKAAADLM AYCEAHAKED PLLTPVPASQ NPFR UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.12266 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: TLSAEDKAAV ERSKMIDRNL REDGEKAARE VKLLLLGAGE SGKNTIVKQM KIIHEAGYSE EECKQYKAVV YSNTIQSIIA IIRAMGRLK IDFGDSARAD DARQLFVLAG AAEEGFMTAE LAGVIKRLWK DSGVQACFNR SREYQLNDSA AYYLNDLDRI A QPNYIPTQ ...文字列: TLSAEDKAAV ERSKMIDRNL REDGEKAARE VKLLLLGAGE SGKNTIVKQM KIIHEAGYSE EECKQYKAVV YSNTIQSIIA IIRAMGRLK IDFGDSARAD DARQLFVLAG AAEEGFMTAE LAGVIKRLWK DSGVQACFNR SREYQLNDSA AYYLNDLDRI A QPNYIPTQ QDVLRTRVKT TGIVETHFTF KDLHFKMFDV GAQRSERKKW IHCFEGVTAI IFCVALSDYD LVLAEDEEMN RM HASMKLF DSICNNKWFT DTSIILFLNK KDLFEEKIKK SPLTICYPEY AGSNTYEEAA AYIQCQFEDL NKRKDTKEIY THF TCSTDT KNVQFVFDAV TDVIIKNNLK DCGLF UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 |
-分子 #5: Chemerin 9
分子 | 名称: Chemerin 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.063161 KDa |
配列 | 文字列: YFPGQFAFS |
-分子 #6: scFv16
分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 28.634797 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL LEENLYFQGA SHHHHHHHH |
-分子 #7: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #8: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 242745 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |