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万見
- EMDB-40351: The MicroED structure of proteinase K crystallized by suspended d... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40351
タイトルThe MicroED structure of proteinase K crystallized by suspended drop crystallization
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Proteinase K from Tritirachium album
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードMicroED / suspended drop crystallization / enzyme / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gillman C / Nicolas WJ / Martynowycz MW / Gonen T
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
Department of Defense (DOD, United States)HDTRA1-21-1-0004 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2023
タイトル: Design and implementation of suspended drop crystallization.
著者: Cody Gillman / William J Nicolas / Michael W Martynowycz / Tamir Gonen /
要旨: In this work, a novel crystal growth method termed suspended drop crystallization has been developed. Unlike traditional methods, this technique involves mixing protein and precipitant directly on an ...In this work, a novel crystal growth method termed suspended drop crystallization has been developed. Unlike traditional methods, this technique involves mixing protein and precipitant directly on an electron microscopy grid without any additional support layers. The grid is then suspended within a crystallization chamber designed in-house, allowing for vapor diffusion to occur from both sides of the drop. A UV-transparent window above and below the grid enables the monitoring of crystal growth via light, UV or fluorescence microscopy. Once crystals have formed, the grid can be removed and utilized for X-ray crystallography or microcrystal electron diffraction (MicroED) directly without having to manipulate the crystals. To demonstrate the efficacy of this method, crystals of the enzyme proteinase K were grown and its structure was determined by MicroED following focused ion beam/scanning electron microscopy milling to render the sample thin enough for cryoEM. Suspended drop crystallization overcomes many of the challenges associated with sample preparation, providing an alternative workflow for crystals embedded in viscous media, sensitive to mechanical stress and/or subject to preferred orientation on electron microscopy grids.
履歴
登録2023年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月31日-
マップ公開2023年5月31日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40351.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.47 Å/pix.
x 111 pix.
= 52.617 Å		0.47 Å/pix.
x 126 pix.
= 59.728 Å		0.51 Å/pix.
x 117 pix.
= 59.641 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.47403 Å / Y: 0.47403 Å / Z: 0.50975 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.470045
最小 - 最大-3.7039838 - 5.5067077
平均 (標準偏差)0.000104513456 (±0.9800252)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-101-59-10
サイズ126117111
Spacing111126117
セルA: 52.617085 Å / B: 59.7275 Å / C: 59.64075 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Proteinase K from Tritirachium album

全体名称: Proteinase K from Tritirachium album
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Proteinase K from Tritirachium album
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Proteinase K from Tritirachium album

超分子名称: Proteinase K from Tritirachium album / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.9 KDa

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分子 #1: Proteinase K

分子名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.930783 KDa
配列文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列:
AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTSI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA

UniProtKB: Proteinase K

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分子 #2: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 108 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度25 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 700 / 回折像の数: 700 / 平均電子線量: 0.64 e/Å2
詳細: Detector distance: 1550 mm Images collected 60 degrees from -30 to +30 tilt
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / カメラ長: 1550 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
傾斜角度: -30.0, 30.0
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 56301 / Number structure factors: 12774 / Fourier space coverage: 87 / R merge: 44.5 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: none / High resolution: 2.1 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 2.1 Å / 殻 - Low resolution: 30.42 Å / 殻 - Number structure factors: 12774 / 殻 - Phase residual: 31 / 殻 - Fourier space coverage: 87 / 殻 - Multiplicity: 4.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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