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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40303 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of FtAlkB | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Alkane/xylene monooxygenase / Fatty acid desaturase domain / Fatty acid desaturase / monooxygenase activity / lipid metabolic process / plasma membrane / Alkane 1-monooxygenase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Fontimonas thermophila (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang J / Feng L | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure and mechanism of the alkane-oxidizing enzyme AlkB. 著者: Xue Guo / Jianxiu Zhang / Lei Han / Juliet Lee / Shoshana C Williams / Allison Forsberg / Yan Xu / Rachel Narehood Austin / Liang Feng / 要旨: Alkanes are the most energy-rich form of carbon and are widely dispersed in the environment. Their transformation by microbes represents a key step in the global carbon cycle. Alkane monooxygenase ...Alkanes are the most energy-rich form of carbon and are widely dispersed in the environment. Their transformation by microbes represents a key step in the global carbon cycle. Alkane monooxygenase (AlkB), a membrane-spanning metalloenzyme, converts straight chain alkanes to alcohols in the first step of the microbially-mediated degradation of alkanes, thereby playing a critical role in the global cycling of carbon and the bioremediation of oil. AlkB biodiversity is attributed to its ability to oxidize alkanes of various chain lengths, while individual AlkBs target a relatively narrow range. Mechanisms of substrate selectivity and catalytic activity remain elusive. Here we report the cryo-EM structure of AlkB, which provides a distinct architecture for membrane enzymes. Our structure and functional studies reveal an unexpected diiron center configuration and identify molecular determinants for substrate selectivity. These findings provide insight into the catalytic mechanism of AlkB and shed light on its function in alkane-degrading microorganisms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40303.map.gz | 22.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40303-v30.xml emd-40303.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40303_fsc.xml | 7.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40303.png | 134.3 KB | ||
マスクデータ | emd_40303_msk_1.map | 42.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_40303_additional_1.map.gz emd_40303_half_map_1.map.gz emd_40303_half_map_2.map.gz | 37.9 MB 39.8 MB 39.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40303 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40303 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40303_validation.pdf.gz | 751.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40303_full_validation.pdf.gz | 751.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40303_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40303_validation.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40303 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40303 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sbbMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_40303_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_40303_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40303_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40303_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FtAklB-Nanobody
全体 | 名称: FtAklB-Nanobody |
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要素 |
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-超分子 #1: FtAklB-Nanobody
超分子 | 名称: FtAklB-Nanobody / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Fontimonas thermophila (バクテリア) |
-分子 #1: Alkane 1-monooxygenase
分子 | 名称: Alkane 1-monooxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Fontimonas thermophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 45.56948 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MATSMGSHPG FGADSSGTIA YRDRKRPFWT LSVLWPVSPL IGIYLAHTTG VGAFFWLTLA VWYLIIPLLD WVLGDDQSNP PEAVVPALE SDRYYRILTY LTVPIHYVVL IGSAWYVSTH YGSMTWYDIL GLALSVGIVN GLAINTGHEL GHKKTELERW L AKIVLAVV ...文字列: MATSMGSHPG FGADSSGTIA YRDRKRPFWT LSVLWPVSPL IGIYLAHTTG VGAFFWLTLA VWYLIIPLLD WVLGDDQSNP PEAVVPALE SDRYYRILTY LTVPIHYVVL IGSAWYVSTH YGSMTWYDIL GLALSVGIVN GLAINTGHEL GHKKTELERW L AKIVLAVV GYGHFFIEHN KGHHKDVATP EDPASAPFGQ SIYRFALREI PGAIIRAWNS EKERLGRLGH SPWSLQNEVL QP LLITIPL YVGLIAVLGV KIIPFLLIQI VFGWWQLTSA NYIEHYGLLR QKLPDGRYER CQPYHSWNSN HVMSNLILFH LQR HSDHHA HPTRRYQSLR DFPDLPTLPS GYPLMFALSY FPPLWRAVMD RRVLDVCGRD ARKINIDPNQ REKIIHKFNL LTG |
-分子 #2: Nanobody
分子 | 名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 14.502039 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAQVQLQESG GGLVQAGGSL RLSCAASGTI SRYWTMGWYR QAPGKERELV AGISEGGSTN YADSVKGRFT ISRDNAKNTV YLQMNSLKP EDTAVYYCAV TYRGPWFNRD PHYYWGQGTQ VTVSSHHHHH H |
-分子 #3: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #4: DODECANE
分子 | 名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: D12 |
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分子量 | 理論値: 170.335 Da |
Chemical component information | ChemComp-D12: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |