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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40273 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of VRC01-CH848.0358.80 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | HIV-1 / antibody / VRC01 / CH848.0358.80 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Henderson R / Zhou Y / Stalls V / Bartesaghi B / Acharya P | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for breadth development in the HIV-1 V3-glycan targeting DH270 antibody clonal lineage. 著者: Rory Henderson / Ye Zhou / Victoria Stalls / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Kshitij Wagh / Kara Anasti / Maggie Barr / Robert Parks / S Munir Alam / Bette Korber / Barton F Haynes / Alberto ...著者: Rory Henderson / Ye Zhou / Victoria Stalls / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Kshitij Wagh / Kara Anasti / Maggie Barr / Robert Parks / S Munir Alam / Bette Korber / Barton F Haynes / Alberto Bartesaghi / Priyamvada Acharya / 要旨: Antibody affinity maturation enables adaptive immune responses to a wide range of pathogens. In some individuals broadly neutralizing antibodies develop to recognize rapidly mutating pathogens with ...Antibody affinity maturation enables adaptive immune responses to a wide range of pathogens. In some individuals broadly neutralizing antibodies develop to recognize rapidly mutating pathogens with extensive sequence diversity. Vaccine design for pathogens such as HIV-1 and influenza has therefore focused on recapitulating the natural affinity maturation process. Here, we determine structures of antibodies in complex with HIV-1 Envelope for all observed members and ancestral states of the broadly neutralizing HIV-1 V3-glycan targeting DH270 antibody clonal B cell lineage. These structures track the development of neutralization breadth from the unmutated common ancestor and define affinity maturation at high spatial resolution. By elucidating contacts mediated by key mutations at different stages of antibody development we identified sites on the epitope-paratope interface that are the focus of affinity optimization. Thus, our results identify bottlenecks on the path to natural affinity maturation and reveal solutions for these that will inform immunogen design aimed at eliciting a broadly neutralizing immune response by vaccination. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural basis for breadth development in a HIV-1 neutralizing antibody 著者: Henderson R / Zhou Y / Stalls V / Wiehe K / Saunders KO / Wagh K / Anasti K / Barr M / Parks R / Alam SM / Korber B / Haynes BF / Bartesaghi A / Acharya P | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40273.map.gz | 117.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40273-v30.xml emd-40273.xml | 23.7 KB 23.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40273_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40273.png | 87.7 KB | ||
マスクデータ | emd_40273_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_40273_half_map_1.map.gz emd_40273_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40273 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40273 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40273_validation.pdf.gz | 891.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40273_full_validation.pdf.gz | 891.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40273_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40273_validation.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40273 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40273 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8salMC 8sanC 8saqC 8sarC 8sasC 8satC 8sauC 8savC 8sawC 8saxC 8sayC 8sazC 8sb0C 8sb1C 8sb2C 8sb3C 8sb4C 8sb5C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.066 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_40273_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40273_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40273_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : VRC01-CH848.0358.80
全体 | 名称: VRC01-CH848.0358.80 |
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要素 |
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-超分子 #1: VRC01-CH848.0358.80
超分子 | 名称: VRC01-CH848.0358.80 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: CH0848.3.D0358.80.06CHIM.DS.6R.SOSIP gp120
分子 | 名称: CH0848.3.D0358.80.06CHIM.DS.6R.SOSIP gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.415699 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLKNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCSNARSNVN VTSINNTIMG EMKNCSFNTT TEIRDKEKKE YALFYKPDVV PLNETSNTSE Y RLINCNTS ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLKNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCSNARSNVN VTSINNTIMG EMKNCSFNTT TEIRDKEKKE YALFYKPDVV PLNETSNTSE Y RLINCNTS ACTQACPKVT FEPIPIHYCA PAGYAILKCN NKTFNGTGPC SNVSTVQCTH GIRPVVSTQL LLNGSLAEKE IV IRSENLT NNAKIIIVHL NTSVEIVCTR PGNNTRKSVR IGPGQTFYAT GDIIGDIRQA HCNISEGQWN KTLHEVSKEL QKH FPNKTI KYERSAGGDM EIATHSFNCG GEFFYCNTSN LFNGTYNGTY INTSSTSYIT LQCRIKQIIN MWQGVGRCMY APPI AGNIT CKSNITGLLL TRDGGTKNNS NEETFRPAGG DMRDNWRSEL YKYKVVKIEP LGVAPTRCKR RVVGRRRRRR |
-分子 #2: CH0848.3.D0358.80.06CHIM.DS.6R.SOSIP gp41
分子 | 名称: CH0848.3.D0358.80.06CHIM.DS.6R.SOSIP gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: VCR01 variable heavy chain
分子 | 名称: VCR01 variable heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.801701 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGGQ MKKPGESMRI SCRASGYEFI DCTLNWIRLA PGKRPEWMGW LKPRGGAVNY ARPLQGRVTM TRDVYSDTAF LELRSLTVD DTAVYFCTRG KNCDYNWDFE HWGRGTPVIV SS |
-分子 #4: VCR01 variable light chain
分子 | 名称: VCR01 variable light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.270421 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGETAI ISCRTSQYGS (UNK)(UNK)LAWYQQRP GQAPRLVIYS GSTRAAGIPD RFSGSRWGPD YN LTISNLE SGDFGVYYCQ QYEFFGQGTK VQVD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | VRC01-CH848.0358.80 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.1 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |