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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication reception conformation | |||||||||
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![]() | RNA polymerase / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å | |||||||||
![]() | Xue L / Chang T / Li Z / Zhao H / Li M / He J / Chen X / Xiong X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of Thogoto virus polymerase reveal unique RNA transcription and replication mechanisms among orthomyxoviruses. 著者: Lu Xue / Tiancai Chang / Zimu Li / Chenchen Wang / Heyu Zhao / Mei Li / Peng Tang / Xin Wen / Mengmeng Yu / Jiqin Wu / Xichen Bao / Xiaojun Wang / Peng Gong / Jun He / Xinwen Chen / Xiaoli Xiong / ![]() 要旨: Influenza viruses and thogotoviruses account for most recognized orthomyxoviruses. Thogotoviruses, exemplified by Thogoto virus (THOV), are capable of infecting humans using ticks as vectors. THOV ...Influenza viruses and thogotoviruses account for most recognized orthomyxoviruses. Thogotoviruses, exemplified by Thogoto virus (THOV), are capable of infecting humans using ticks as vectors. THOV transcribes mRNA without the extraneous 5' end sequences derived from cap-snatching in influenza virus mRNA. Here, we report cryo-EM structures to characterize THOV polymerase RNA synthesis initiation and elongation. The structures demonstrate that THOV RNA transcription and replication are able to start with short dinucleotide primers and that the polymerase cap-snatching machinery is likely non-functional. Triggered by RNA synthesis, asymmetric THOV polymerase dimers can form without the involvement of host factors. We confirm that, distinctive from influenza viruses, THOV-polymerase RNA synthesis is weakly dependent of the host factors ANP32A/B/E in human cells. This study demonstrates varied mechanisms in RNA synthesis and host factor utilization among orthomyxoviruses, providing insights into the mechanisms behind thogotoviruses' broad-infectivity range. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 53.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 24.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8z9qMC ![]() 8z85C ![]() 8z8jC ![]() 8z8nC ![]() 8z8xC ![]() 8z90C ![]() 8z97C ![]() 8z98C ![]() 8z9hC ![]() 8z9rC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.876 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39867_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39867_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication re...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication reception conformation |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication re...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication reception conformation タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Polymerase acidic protein
分子 | 名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 71.623445 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTDRPDHIDS RVWELSETQE DWITQVHGHV RRVVECWKYT ICCLISNMHT HRGAPQYDVF KWQDRSTIEW ICSKKKVQYP ERDTPDLYD NERAVAYKVL LVSDLSDHSP TSGIYHDLAF NLEGEAEESC ALVLRGSQLQ DIKGFLCRAL EWVVSNNLTQ E VVETISGE ...文字列: MTDRPDHIDS RVWELSETQE DWITQVHGHV RRVVECWKYT ICCLISNMHT HRGAPQYDVF KWQDRSTIEW ICSKKKVQYP ERDTPDLYD NERAVAYKVL LVSDLSDHSP TSGIYHDLAF NLEGEAEESC ALVLRGSQLQ DIKGFLCRAL EWVVSNNLTQ E VVETISGE AKLQFSVGTT FRTLLKRDTD WDVIPTPRVE PNVPRIEGRR WTQMKKLPLL KEKEGPPSPW RALLLGADSE YI VCPPGTD QEAISWIHSQ SEIECIRESK STPASVITCL TSSLQSFAEG NPVRSRIHED IIAFGINKKQ EKKQSASSSA SGE WKRAEY QVEEMSLPPW VEEEMVLLRS DQEDNWIELE KNAIYTEVDG VAEGLVDKYI EIVGRTKVAS VIEKWQIAAT RTFS QLHTD RSRITACPII TRDPSGNCQF WGMVLLGPHH VKRDTDNAPL LIAEIMGEDT EEKYPKHSVF SLKVEEKQFL LSLKI TSFS RNKLYTFSNI RRVLIQPASI YSQVVLSRAA ENNSLNLEVN PEIQLYLEGA QRGMTLYQWV RMILCLEFLM AIYNNP QME GFLANMRRLH MSRHAMMERR QVFLPFGSRP EDKVNECIIN NPIVAYLAKG WNSMPNVYY UniProtKB: Polymerase acidic protein |
-分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 81.432664 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNLFTPLSEI NPTTTQELLY AYTGPAPVAY GTRTRAVLEN IIRPYQYFYK EPNVQRALDI KTGCKEPEDI NVEGPSSGFH TASVLKLAD NFFRKYRPAM EKLKYWILVK LPKLKYAELS KGRQTYSFIH KRNLPAPIAL EETVEFLEQN LRRKIGPTLL S YCQAIADV ...文字列: MNLFTPLSEI NPTTTQELLY AYTGPAPVAY GTRTRAVLEN IIRPYQYFYK EPNVQRALDI KTGCKEPEDI NVEGPSSGFH TASVLKLAD NFFRKYRPAM EKLKYWILVK LPKLKYAELS KGRQTYSFIH KRNLPAPIAL EETVEFLEQN LRRKIGPTLL S YCQAIADV MELDETTYEG ARDPRPWDIQ LEEIDSDEED PLFRQVGREE TYTIKFSREE LWDQMRTLNT MWKHLERGRL NR RTIATPS MLIRGFVKIV EDAAKEILEN VPTSGVPVGG EEKLAKLASK QTFHTAVTGE LSGDQEKFNE CLDPDAMRLM WTV FLRKLG CPDWIMELFN IPFMVFKSKL ADMGEGLVYT KGKLTDRKPL GEMPSEFDDL VRNVVGNSIS CRLGMFMGMY NLTS TLLAL ISIEREELTG SHVESSDDFI HFFNCKTHEE MFKQAETLRL TLKLVGINMS PSKCILISPA GIGEFNSKFH HRDFV GNVA TELPALVPNG TNPMTDLAMG LNVIKHSVNT GQMNLCTGAL AMRIFNHAYK YAYMALGVTR RTRFMEENAI TPLLTN QGA SPVHSFSTMH LDEVALRRHL GLLDEETLRR ILNPNNPVTQ KGDPSMFFRI ENKMPQIMED YSVPSCFKYT LSRNRTI QD KPHKALLNKE ERYQRVTSII NKLFPEVLIQ EASAPGTVRE SLKRRLELVV ERSDLDEERK KRILSRIF UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit |
-分子 #3: Polymerase basic protein 2
分子 | 名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 94.418578 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDREEPAESE CTLRALVEEY NGACKEAPKE MSKQFTDYNT FKRYTTSKKD HAPQMRLVYS VRKPWPISMT PSKEIPLVFN GTKLKDTIL DLGESKRTRA NIVVPDYWSK YGSQTSLEVV NAILYAEDLK VQRFFSTEWG EIRYGRMLPF RKPVQACPTI E EVNPASIP ...文字列: MDREEPAESE CTLRALVEEY NGACKEAPKE MSKQFTDYNT FKRYTTSKKD HAPQMRLVYS VRKPWPISMT PSKEIPLVFN GTKLKDTIL DLGESKRTRA NIVVPDYWSK YGSQTSLEVV NAILYAEDLK VQRFFSTEWG EIRYGRMLPF RKPVQACPTI E EVNPASIP HTLLQVFCPQ YTTLDSKRKA HMGAVEKLKR VMEPICKVQT QESAVHIARS LIDSNKKWLP TVVDHTPRTA EM AHFLCSK YHYVHTNTQD LSDTRSIDNL CGELVKRSLK CRCPKETLVA NLDKITIQGR PMREVLADHD GELPYLGICR VAM GLSTHH TMKIRSTKFS ILNSDHPRIE VKKVFSLSPD VQVTIPYRRF KGKAKVYFQN DQIQGYFSCT DRQIDEIKIS APKN APLLE PLLDICYYGS FIEPGFEQTF GFYPAGKREF VDSFFMHHSK DHKAFLIHMG LDKDLSLPLS PELNWKEPAL SKVCR VTEL DSTVQPYTSA TREFVLGETL NVYTQHENGL ELLICPTEIR STRGPLPPGT NLSGSEFIDI YQDPFSRAKS LLKSTI LHA ERCKEFVGNM LEEYQDPAET TVQSLVPINT WGKSAKRKLQ EEITSDPDWH QCPRKRAKMS YLAIIAGSIQ DRDKKQT NV PRAFMLRGSQ IEYDMKATRG LVVDTTNRII VGGETVLREG KGGPEGYVQT GVFEEQPRCY LVDTPDHGLS MGLSRFCV H SQGRYFQYEK KISIWEETDN IKATIDSQRD LKRRRDIEEM VSKRARIVLE VLFQGPGHHH HHHHHSADYK DDDDKGGWS HPQFEKGGGS GGGGSGGSAW SHPQFEK UniProtKB: Polymerase basic protein 2 |
-分子 #4: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*A)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*A)-3') タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 3.375012 KDa |
配列 | 文字列: (ATP)GCAAAAACA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |