[日本語] English
万見
- EMDB-39540: Cryo-EM structure of hydroxylase in soluble methane monooxygenase... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39540
タイトルCryo-EM structure of hydroxylase in soluble methane monooxygenase from Methylosinus sporium 5
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of soluble methane monooxygenase hydroxylase
    • タンパク質・ペプチド: Methane monooxygenase
    • タンパク質・ペプチド: Methane monooxygenase
    • タンパク質・ペプチド: Methane monooxygenase
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: water
キーワードSoluble methane monooxygenase / Hydroxylase / Oxidoreductase / Diiron active site
機能・相同性
機能・相同性情報


methane metabolic process / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / : / : / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase ...Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / : / : / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methane monooxygenase / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus sporium (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Hwang Y / Ryu B / Pozharski E / Lee SJ
資金援助 韓国, 2件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2015M3D3A1A01064876 (C1 Gas Refinery) 韓国
Ministry of Education (MoE, Korea)2017R1A6A1A03015876 韓国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Heartbeat-like dynamics drives oxygen activation in methane monooxygenase
著者: Hwang Y / Ryu B / Lee DH / Hong HJ / Na JG / Song CG / Kang HG / Pozharski E / Lee SJ
履歴
登録2024年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_39540.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39540.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 128 pix.
= 108.544 Å		0.85 Å/pix.
x 129 pix.
= 109.392 Å		0.85 Å/pix.
x 165 pix.
= 139.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.848 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.85
最小 - 最大-3.0148625 - 4.6692114
平均 (標準偏差)0.029716397 (±0.46573827)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin967895
サイズ129165128
Spacing165129128
セルA: 139.92 Å / B: 109.392 Å / C: 108.544 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_39540_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_39540_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39540_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM structure of soluble methane monooxygenase hydroxylase

全体名称: Cryo-EM structure of soluble methane monooxygenase hydroxylase
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of soluble methane monooxygenase hydroxylase
    • タンパク質・ペプチド: Methane monooxygenase
    • タンパク質・ペプチド: Methane monooxygenase
    • タンパク質・ペプチド: Methane monooxygenase
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: water

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of soluble methane monooxygenase hydroxylase

超分子名称: Cryo-EM structure of soluble methane monooxygenase hydroxylase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Methylosinus sporium (バクテリア) / 株: 5

-
分子 #1: Methane monooxygenase

分子名称: Methane monooxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methylosinus sporium (バクテリア) / 株: 5
分子量理論値: 59.97923 KDa
配列文字列: MAISLATKAA TDALKVNRAP VGVEPQEVHK WLQSFNWDFK ENRTKYATKY HMANQTKEQF KVIAKEYARM EAAKDERQFG TLLDGLTRL GAGNKVHPRW GETMKVISNF LEVGEYNAIA ASAMLWDSAT AAEQKNGYLA QVLDEIRHTH QCAFINHYYS K HYHDPAGH ...文字列:
MAISLATKAA TDALKVNRAP VGVEPQEVHK WLQSFNWDFK ENRTKYATKY HMANQTKEQF KVIAKEYARM EAAKDERQFG TLLDGLTRL GAGNKVHPRW GETMKVISNF LEVGEYNAIA ASAMLWDSAT AAEQKNGYLA QVLDEIRHTH QCAFINHYYS K HYHDPAGH NDARRTRAIG PLWKGMKRVF ADGFISGDAV ECSVNLQLVG EACFTNPLIV AVTEWASANG DEITPTVFLS VE TDELRHM ANGYQTVVSI ANDPAAAKYL NTDLNNAFWT QQKYFTPALG YLFEYGSKFK VEPWVKTWNR WVYEDWGGIW IGR LGKYGV ESPRSLRDAK TDAYWAHHDL ALAAYALWPL GFARLALPDE EDQEWFEANY PGWADHYGKI YNEWKKLGYE DPKS GFIPY AWLLANGHDV YIDRVSQVPF IPSLAKGSGS LRVHEFNGKK HSLTDDWGER MWLSEPERYE CHNLFEQYEG RELSE VIAE GHGVRSDGKT LIAQPHVRGD NLWTLEDIKR AGCVFPNPLA KF

UniProtKB: Methane monooxygenase

-
分子 #2: Methane monooxygenase

分子名称: Methane monooxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methylosinus sporium (バクテリア) / 株: 5
分子量理論値: 45.239246 KDa
配列文字列: MSQPQSSQVT KRGLTDPERA AIIAAAVPDH ALDTQRKYHY FIQPRWKRLS EYEQLSCYAQ PNPDWIAGGL DWGDWTQKFH GGRPSWGNE STELRTTDWY RHRDPARRWH APYVKDKSEE ARYTQRFLAA YSSEGSIRTI DAYWRDEILN KYYGALLYNE Y GLFNAHSS ...文字列:
MSQPQSSQVT KRGLTDPERA AIIAAAVPDH ALDTQRKYHY FIQPRWKRLS EYEQLSCYAQ PNPDWIAGGL DWGDWTQKFH GGRPSWGNE STELRTTDWY RHRDPARRWH APYVKDKSEE ARYTQRFLAA YSSEGSIRTI DAYWRDEILN KYYGALLYNE Y GLFNAHSS VGRDCLSDTI RQSATFAGLD KVDNAQMIQM ERLFIAKLVP GFDASTDVPK KIWTTDPIYA GARGAVEEIW QG IQDWNEI LWAGHAVYDA TFGQFARREF FQRLATVYGD TLTPFFTAQS QTYFQTTRGA IEDLFVYCLA NDPEFGAHNR TFL NAWTEH YLARSVTALK DFVGIYAKVE KVAGATDRAG VSEALQRVFG DWKVDYADKI GFNIDVDQKV DAVLAGFKN

UniProtKB: Methane monooxygenase

-
分子 #3: Methane monooxygenase

分子名称: Methane monooxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methylosinus sporium (バクテリア) / 株: 5
分子量理論値: 19.379207 KDa
配列文字列:
MAKREPIHEN STRTEWEGKI AKLNSVDQAT KFIQDFRVAY SSPFRKSYDL DVDYQYIERK IEERLSVLKT EKLSVADLVT KATTGEDAA AVEAAWIAKM KAAESKYAAE RIHIEFRQLY KPPVLPVNVF LRTDAALGTI LMELRNTDYY ATPLEGLRKE R GVKVLHLQ A

UniProtKB: Methane monooxygenase

-
分子 #4: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

-
分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 61 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10001 / 平均電子線量: 65.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 3.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.445 µm / 倍率（補正後）: 58893 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4980770
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1mty

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 407859
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1mty


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: PHENIX (ver. 1.19.2_4158:)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8yrd:
Cryo-EM structure of hydroxylase in soluble methane monooxygenase from Methylosinus sporium 5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る